Мария родилась недоношенной, и вначале казалось, что она не выживет. По ходившим в Англии слухам дитя умерло, но это было просто принятие желаемого за действительное при английском дворе, который был склонен выслушивать любые новости, которые могли бы дестабилизировать Шотландию. На самом же деле Мария вскоре окрепла и стала здоровой, и в возрасте девяти месяцев, 9 сентября 1543 года, она была коронована в церкви замка Стерлинг, в окружении трех графов, несущих от ее имени королевскую корону, скипетр и меч.
То, что королева Мария была слишком юна, дало Шотландии передышку от английских нападений. Если бы Генрих VIII попытался вторгнуться в страну, в которой совсем недавно умер король и которой правила принцесса-дитя, это посчитали бы нерыцарским и неблагородным. Вместо этого английский король выбрал политику сватовства, в надежде устроить брак между Марией и своим сыном Эдуардом, объединив тем самым обе нации под властью Тюдоров. Он начал с того, что отпустил шотландских дворян, плененных на Солвей Мосс, при условии, что они будут выступать за союз с Англией.
Однако шотландский двор, рассмотрев предложение Генриха, отверг его в интересах брака с Франциском, дофином Франции. Шотландия выбрала союз с государством, принадлежащим римско-католической церкви, решение, которое обрадовало мать Марии, Марию де Гиз, чей брак с Яковом V был направлен на укрепление связи между Шотландией и Францией. Мария и Франциск были еще детьми, но планировалось, что в будущем они поженятся и Франциск взойдет на трон Франции с Марией, которая станет королевой, объединив тем самым Шотландию и Францию. А до того времени Франция обязуется защищать Шотландию от любых нападений Англии.
Обещание защиты со стороны Франции была подтверждено еще раз, в частности после того, как Генрих VIII перешел от политики дипломатии к запугиванию, дабы убедить шотландцев, что его сын — более подобающий жених для Марии Стюарт. Его войска пиратствовал и уничтожали посевы, сжигали деревни и нападали на города и села вдоль границы. «Грубое ухаживание», как известно, продолжалось даже после смерти Генриха в 1547 году. Все завершилось в битве при Пинки-Клей, в которой англичане под руководством сына Генриха VIII, короля Эдуарда VI (претендующего на роль «поклонника»), наголову разбили шотландскую армию. После этой бойни было решено, что ради собственной безопасности Мария должна уехать во Францию, где она будет вне досягаемости со стороны Англии и где она смогла бы подготовиться к браку с Франциском. 7 августа 1548 года, в возрасте шести лет, она отплыла на галеоне в порт Росков.
Первые несколько лет при французском дворе были самым идиллическим периодом жизни Марии. Она была окружена роскошью, ограждена от зла и росла, чтобы любить своего будущего мужа, дофина. В возрасте шестнадцати лет они поженились, а на следующий год Франциск и Мария стали королем и королевой Франции. Казалось, что все способствовало ее триумфальному возвращению в Шотландию, пока ее муж, который всегда был слабого здоровья, серьезно не заболел. Воспаление уха, которым он страдал с детства, усугубилось, процесс распространился на мозг, и начал развиваться абсцесс. В 1560 году, не пробыв королем и года, Франциск умер. Мария овдовела.
С этого времени жизнь Марии неоднократно омрачалась трагическими событиями. Вернувшись в Шотландию в 1561 году, она обнаружила, что страна совершенно переменилась. Во время своего длительного отсутствия Мария утвердилась в католической вере, ее же шотландские подданные все больше и больше склонялись к протестантской церкви. Мария была терпимой к желаниям большинства и вначале правила относительно успешно, но в 1565 году она сочеталась браком со своим кузеном, Генри Стюартом, лордом Дарили, шаг, после которого звезда Марии исподволь, но все быстрее и быстрее покатилась вниз. Дарнли оказался злобным и безжалостным, алчущим власти человеком, из-за которого Мария лишилась верности шотландских дворян. На следующий год Мария сама убедилась в жестоком характере своего мужа, когда он убил прямо у нее на глазах ее же секретаря Дэвида Риччо. Всем стало ясно, что ради Шотландии необходимо было избавиться от Дарнли. Историки спорят, кто из них, Мария или шотландские дворяне, организовал заговор, но в ночь на 9 февраля 1567 года дом Дарнли загорелся, а он сам, пытаясь выбраться, задохнулся. Единственная польза, которую принес этот брак, — появление сына и престолонаследника Иакова.
Следующее замужество Марии с Джеймсом Хепберном, четвертым графом Босуэлским, едва ли было более счастливым. К лету 1567 года протестантские дворяне Шотландии лишились последних иллюзий в отношении своей католической королевы; они изгнали Босуэла и заключили в тюрьму Марию, принудив ее отречься от короны в пользу четырнадцатимесячного сына Якова VI, в то время как ее сводный брат, граф Меррейский, выступал в качестве регента. На следующий год Мария, бежав из заключения, собрала армию из шести тысяч солдат и совершила еще одну, последнюю попытку вернуть себе корону. Ее войско столкнулось с армией регента у небольшой деревушки Лэнгсайд, неподалеку от Глазго, и Мария наблюдала за сражением с вершины соседнего холма. Хотя ее отряды численностью превосходили противника, но дисциплины у них не было, и Мария видела, как ее войско просто разорвали. Когда поражение стало неизбежным, ей ничего не оставалось, как спасаться бегством. Лучше всего для нее было бы направиться на восток, к побережью, а затем во Францию, но это означало бы пересечь территорию, подвластную ее брату, и вместо этого она направилась на юг, в Англию, где, как она надеялась, ее кузина, королева Елизавета I, даст ей убежище.
Мария совершила ужасную ошибку. Елизавета не предложила Марии ничего, кроме еще одного заключения. Официальной причиной ее ареста была смерть Дарнли, однако действительная причина состояла в том, что Мария представляла собой угрозу Елизавете, поскольку английские католики считали Марию истинной королевой Англии.
Благодаря своей бабушке, Маргарет Тюдор, старшей сестре Генриха VIII, Мария действительно притязала на английский трон, но у последнего выжившего отпрыска Генриха, Елизаветы I, имелось на него, пожалуй, преимущественное право. Однако Елизавета была объявлена католиками незаконнорожденной, так как являлась дочерью Анны Болейн, второй жены Генриха, после того как он расторгнул брак с Екатериной Арагонской вопреки запрету папы. Английские католики не признавали развода Генриха VIII, они не признавали последующей его женитьбы на Анне Болейн, и они заведомо не считали их дочь Елизавету королевой. Католики рассматривали Елизавету как мерзкого узурпатора.
Марию лишили свободы; ее поочередно перевозили из одного замка в другой, из одного поместья в другое. Хотя Елизавета считала ее одной из наиболее опасных фигур в Англии, но многие англичане признавали, что были восхищены ее грациозными манерами, ее ясным умом и ее редкостной красотой. Уильям Сесил, государственный канцлер Елизаветы, отмечал «ее лукавство и чарующее воздействие на всех мужчин»; похожее наблюдение сделал и Николас Уайт, эмиссар Сесила: «У нее была к тому же обольстительная привлекательность, милый шотландский акцент и пытливый ум, оттененные сдержанностью». Но годы шли, она старела, здоровье ее ухудшалось, и она начала терять надежду. Ее тюремщик, сэр Эмиас Паулет, пуританин, оказался неуязвим для ее чар и обращался с ней все более и более сурово.
К 1586 году, после 18 лет заключения, она потеряла все свои привилегии. Ее содержали в Чартли Холле в Стаффордшире, и больше ей не дозволялось лечиться на водах в Бакстоне, которые прежде помогали облегчить ее страдания во время частых приступов ревматизма. Во время своего последнего посещения Бакстона она алмазом начертала на оконном стекле: «Бакстон, чьи теплые воды прославили тебя, наверное, я больше не приеду сюда никогда. Прощай». Похоже, что она подозревала, что ее лишат и той небольшой свободы, которая еще была у нее. Растущие страдания Марии усугублялись действиями ее девятнадцатилетнего сына, короля Шотландии Якова VI. Она всегда надеялась, что в один прекрасный день ее отпустят и она вернется в Шотландию, чтобы разделить власть со своим сыном, которого она не видела с тех пор, как ему исполнился один год. Однако Яков не чувствовал никакой привязанности к своей матери. Его вырастили и воспитали враги Марии, внушившие Якову, что его мать убила его отца, чтобы выйти замуж за своего любовника. Яков презирал ее и боялся, что если она вернется, то постарается захватить его корону.
