27 июня 1870 года владимирский губернатор получил из МВД циркуляр о переименовании Владимирской арестантской роты. 8 августа того же года он сообщил управляющему МВД о сделанном преобразовании и о назначении 28 июня 1870 года начальником исправительно-арестантского отделения бывшего командира роты армии поручика Бунина, а помощником его – поручика Метелицина.

При отделении остались бывшие служащие: старший надзиратель Федор Мозалевский, его помощник Карл Фрей, младшие надзиратели Филипп Михайлов, Николай Беккель, Петр Николаев, Трифон Егоров, Степан Глушко, Яким Нога, Илья Спиридонов, Герасим Бажаткин.

Реформирование тюремной системы в России в период царствования Александра II несло в себе основную задачу по централизации управления тюремным ведомством, осуществление контрольных функций, а также установление по всей территории России единой карательной практики.

Первым начальником Главного тюремного управления стал Михаил Николаевич Галкин-Враской, назначенный в апреле 1879 года. Он неоднократно выезжал для инспектирования в места заключения Российской империи. На посту начальника Главного тюремного управления Галкин-Враской занимался реформированием тюремной системы, способствовал преобразованию тюремного управления путем повышения роли губернских тюремных инспекторов, содействовал формированию служебного и правового положения чинов тюремной стражи и увеличении их денежного содержания и права на пенсию, а также создал необходимые условия для классификации и разъединения заключенных. (Тюремный вестник, 1896. № 2, с. 164–166.)

30 июня 1879 года утверждаются «Временные правила для первоначального руководства тюремным инспектором во время командировок с целью осмотра и ревизии учреждений, входящих в состав карательной системы». Этот нормативный документ определял порядок действий тюремных инспекторов. В их обязанность входили: сбор на местах, как в отдельных тюремных учреждениях гражданского ведомства, так и в губернских правлениях и иных присутственных местах, имеющих отношение к тюремной части, различных сведений, необходимых для самого полного ознакомления с существующим положением тюремных учреждений, а также для разработки различных законодательных, административных мероприятий по работе мест заключения; проведение ревизий тюремного хозяйства, делопроизводства в канцеляриях мест заключения и ссылки, а также условий и порядка содержания в тюрьмах лиц, подвергнутых в той или иной форме лишению свободы.

Тюремные инспектора имели право беспрепятственного входа во все части мест заключения, а также личного общения с содержащимися в означенных местах и обозрения всех дел и документов, имеющих какое-либо отношение к тюремному делопроизводству.

Затем учреждается Совет по тюремным делам. В состав Совета царским указом вводились высшие государственные чиновники.

30 марта 1879 года владимирский губернатор предложил начальнику Владимирского исправительного отделения обсудить вопрос о возможности построения своей больницы для арестантов, ввиду недостаточности средств Владимирского исправительно-арестантского отделения для удовлетворения расходов по содержанию и лечению арестантов в земской больнице.

Строительство больницы при отделении было задумано еще в 1870 году, но проект был отклонен до выплаты долгов за медицинское обслуживание арестантов Владимирской земской управе.

Число арестантов к 1879 году составило 440 человек, из них 300 человек отправлялись на работу вне отделения. 14 апреля 1879 года начальник отделения поделился своими соображениями: «Помещение больницы может быть устроено в том же здании, где помещается в настоящее время больничный покой с 20-ю кроватями».

Вопрос о расширении и переустройстве помещений необходимо было срочно решать. В итоге был создан строительный комитет.

9 июля 1902 года проекты и сметы на расширение и перестройку были готовы. Предусматривались следующие работы: 1) устройство камер ночного разъединения, 2) проведение водяного отопления, 3) канализации, 4) водопровода, 5) бетонирование сводов, 6) внутреннее оборудование корпусов, 7) асфальтовые работы, 8) малярные и штукатурные.

Контракт на производство всех этих работ был заключен с торговым домом «Э. Розен и В. Игнатьевич-Завилейский» в 1903 году, но работы продлились недолго. Торговый дом был объявлен несостоятельным должником. Новый контракт на завершение работ по расширению и переустройству исправительного отделения был заключен 19 мая 1904 года с фирмой «И.М. Либензон». 28 июля 1904 года проект и смета исполняющего дела губернского архитектора П.Г. Бейна на постройку трехэтажных мастерских отделения были утверждены.

В «Обзорах Владимирской губернии» отмечалось: на ремонт и расширение Владимирского исправительно-арестантского отделения в 1903 году израсходовано 128145 рублей 89 копеек. В 1904 году – 74 481 рубль 68 копеек. За 1905 год – 14 329 рублей 36 копеек и на работы по постройке нового здания для мастерских 29 126 рублей 97 копеек. За 1906 год – 1356 рублей 50 копеек. 18 февраля 1906 года младшим инженером П.И. Невским и губернским архитектором П.Г. Бейном при участии начальника исправительного отделения было произведено освидетельствование строительных работ. При осмотре оказалось, что внутреннее оборудование арестантских и административных корпусов не совсем закончено. Главное тюремное управление требовало завершить все работы к 1 октября 1906 года.

Указом Николая II от 13 декабря 1895 года Главное тюремное управление было передано в Министерство юстиции. Передача Главного тюремного управления в новое ведомство сопровождалась полным сохранением самостоятельности в своей деятельности. Жесткая централизация управления тюремными делами в одном ведомстве способствовала выведению российской пенитенциарной системы в число передовых. Известный тюрьмовед, юрист и психолог, профессор Московского университета, Государственного Московского психоневрологического института и Тулузской академии наук С.В. Познышев писал, что «сосредоточение управления тюрьмами в одном министерстве юстиции несомненно лучше, чем разделение тюрем между разными министерствами, например между министерством внутренних дел и министерством колоний, как во Франции, или между министерством внутренних дел и министерством юстиции, как в Пруссии» (Познышев С.В. Указ, с. 216).

Реформирование тюремной системы включало в себя изменение карательной политики, новый подход к решению вопросов обеспечения заключенных, их содержания, делопроизводству.

По циркуляру № 11 от 1904 года для арестантов вводились три вида порций:

После революции 1905 года тюрьмы России, в том числе и Владимирское арестантское отделение, были переполнены политическими заключенными. На 1 января 1903 года в арестантском отделении числилось 158 человек, в течение года поступило 293 человека. На 1 января 1904 года – 278 человек, в течение 1904 года поступило 327 человек. На 1 января 1905 года – 327 человек. За год поступило 356 человек. На 1 января 1906 года – 319 человек, в течение года поступило 1406 человек, освобождено 611 человек. На 1 января 1907 года – 790 человек.