Иван III не пользовался уважением духовенства, доказательством чему был конфликт с митрополитом Геронтием и нападки Иосифа Волоцкого. После смерти Геронтия в Москве был создан священный собор. Государь не допустил к участию в соборе новгородского архиепископа, непримиримого противника еретиков, и навязал собору кандидатуру симоновского архимандрита Зосимы Брадатого, относившегося к еретикам терпимо. Великий князь рассчитывал упрочить свою власть, посадив на митрополию послушного иерарха. Но его надежды не оправдались. Очень скоро владыка подвергся самым резким нападкам со стороны фанатиков. Волоцкий, не стесняясь чернил главу церкви. Ныне, писал он, на московском святом престоле сидит «злобесный волк», «первый отступник в святителях в нашей земли», «иже сына Божия попра и пречистую Богородицю похули…» Обличения Зосимы неизбежно бросали тень на его покровителя Ивана III. Обвинение в пособничестве еретикам грозило государю изрядными неприятностями. Инок Савва в «Послании на жидов и еретиков» писал: «Аще бо царь или князь…не поклоняется Богу нашему Спасу Господу Иисусу Христу,…той воистину раб есть и проклят!»
Несмотря на покровительство государя, Зосима недолго сидел на митрополичьем престоле. Духовенство не желало подчиняться еретику, и великому князю пришлось пожертвовать своим ставленником. В 1494 г. Зосима сложил сан «не по своей воле». Предлогом для низложения послужило излишнее пристрастие владыки к вину. Отставка Зосимы была воспринята, как признак слабости власти.
Завоевание земель усилило власть монарха и одновременно собрало в Москве многочисленную княжескую аристократию. Все дела Иван III решал с думой. Великие бояре отнюдь не были послушными и безгласными исполнителями его воли. При обсуждении дел члены думы и придворные не стеснялись возражать государю. Дворянин И. Берсень-Беклемишев, сделавший неплохую придворную карьеру, вспоминал на склоне лет, что Иван III любил и приближал к себе тех, кто возражал ему: «против собя стречю любил и тех жаловал, которые против его говаривали». Как писал Андрей Курбский, Иван III был «любосовестен» и ничего не начинал без длительных и «глубочайших» советов с боярами — «мудрыми и мужественными синклиты». В действительности взаимоотношения монарха с могущественной знатью не были идиллическими. Первый серьезный конфликт имел место осенью 1484 г., когда Иван III «поимал» бояр Василия и Ивана Тучко-Морозовых. Вотчины опальных были отобраны и возвращены лишь через три года. Конфликт с Морозовыми стал значительным событием в истории двора. Иван IV помнил о раздоре, унизившем его деда, и всю вину за происшедшее возлагал на бояр. Братья Тучко, писал царь в одном из своих писем, «многая поносная и укоризненная словеса деду нашему великому государю износили». Случай с Морозовыми доказывал, что государь до поры до времени терпел возражения бояр, но при подходящем случае жестоко расправлялся со строптивыми советниками. Имеются данные о том, что И.Б. Тучко-Морозов был первым из известных дворецких московского великого князя, а его брат В.Б. Тучко — боярином конюшим. В дни похода на Новгород В.Б. Тучко вместе с И.Ю. Патрикеевым продиктовал новгородцам условия капитуляции. Во время стояния на Угре Иван III послал боярина В. Б. Тучко к мятежным братьям для примирения с ними, а затем поручил ему сопровождать жену с детьми на Белоозеро. В случае гибели государя Тучко должен был обеспечить безопасность вдовы.
Конфликт в верхах разрастался, и современники склонны были приписать беду пагубному влиянию на великого князя «греков». И. Беклемишев, отстаивая незыблемость московских порядков, винил греков в перемене старых обычаев. На сколе лет он жаловался книжнику Максиму Греку, прибывшему на Русь с Афона: как пришла Софья «с вашими греки, так наша земля замешалася и пришли нестроения великие, как и у вас в Царегороде при ваших царях».
Московское боярство постоянно пополнялось знатными выходцами из соседних государств: царевичами из Орды, членами литовской великокняжеской династии и пр. Как правило, они получали щедрые земельные пожалования от московских государей. Члены византийской императорской семьи появились на Руси впервые. По своей знатности они далеко превосходили прочих пришельцев из-за рубежа. Тем не менее им пришлось познать немало унижений, когда они пытались укорениться в Москве.
В Италии у Софьи оставались брат Андрей и племянница Мария Палеолог. Великая княгиня выписала Марию в Москву и выдала ее замуж за Василия, сына белозерского князя Михаила Верейского. Согласно византийским обычаям, византийские императрицы держали личную канцелярию, могли распоряжаться своими драгоценностями и пр. Выдавая племянницу, Софья передала ей в приданное свое украшение — «саженье» с каменьями и жемчугом. Как повествуют московские официальные летописи, Иван III вздумал одарить «саженьем» Елену Волошанку по случаю рождения внука. До Софьи «саженье» носила первая жена государя Мария Тверская, и украшение должно было остаться в собственности старшей тверской ветви династии. Не найдя «саженья» в кремлевской казне, Иван III якобы пришел в страшный гнев и велел провести дознание. После розыска московские власти арестовали итальянского финансиста, объявленного пособником Софьи, а заодно взяли под стражу двух ювелиров, по-видимому переделавших «саженье» для Марии Палеолог. Семье Василия и Марии Верейских грозила опала, и они поспешно бежали за рубеж в Литву. История с «саженьем» поражает своей несообразностью. Женское украшение не имело значения княжеской регалии и не принадлежало к числу самых ценных вещей великокняжеской сокровищницы. «Саженье» было не более чем поводом к фактическому изгнанию из страны Василия Верейского и Марии Палеолог.
Удельный князь Михаил Верейский сохранял преданность Василию II Темному не протяжении всей смуты. Но это не оградило его от произвола Ивана III. По договору 1482 г. удельный князь «уступил» самую ценную свою отчину Белоозеро «и грамоту свою на то дал». Наследник княжич Василий Верейский имел все основания негодовать на государя. Его бегство в Литву отвечало целям Ивана III, как изгнание из страны Марии Палеолог.
