Несколько иначе обстояло дело с подводными силами. В начале войны противник направил на Балтийское море 8 подводных лодок, которые вследствие малой эффективности их действий были возвращены. На Северном театре в начале войны действовало от 4 до 6 подводных лодок, а в 1942-1945 гг. - от 9 до 30, что заставило командование СФ искать новые формы и способы борьбы с ними.
Основными формами применения сил флота были совместные операции по содействию войскам на приморских направлениях и самостоятельные операции и систематические боевые действия по нарушению морских коммуникаций противника и защите своих коммуникаций (флот обеспечил перевозку 9,8 млн человек и более 94 млн т различных грузов).
Во Второй мировой войне наиболее универсальными и эффективными родами сил флота стали подводные лодки и авиация. От оружия подводных лодок погибло 19 из 42 авианосцев, 30% крейсеров и эсминцев, 65% транспортных судов. Серьезные потери понесли флоты воюющих сторон от ударов авиации. Потери наших кораблей составили на Черноморском флоте - 47%, на Балтийском флоте - 26%, на Северном флоте - 48% общего числа потерь кораблей и судов.
В целом за период Второй мировой войны от ударов авиации погибло 40% линкоров и около 30% крейсеров и эсминцев. Потери от минного оружия составили на Черноморском флоте - 24%, на Балтийском флоте - 49% и на Северном флоте - 22% общих потерь. Все эти потери явились следствием просчетов в оценке характера войны на море и места родов сил флота в операциях, а также недостаточно высоким уровнем научно-технического потенциала экономики.
Если говорить о роли воюющих стран во Второй мировой войне, то на море США сумели технически превзойти Японию на Тихом океане, создав мощную ударную авиацию и авианосный флот, а на суше СССР превзошел фашистскую Германию, создав мощные сухопутные войска, танки, авиацию и артиллерию. Этот опыт мировой и Великой Отечественной войн должен был лечь в основу послевоенного развития флота.
Для строительства и подготовки ВМФ в послевоенный период наибольшее значение имели следующие уроки:
1. Отсутствие в советской военной доктрине 20-30-х годов четко очерченной цели стратегических действий на море отрицательно сказалось на сбалансированности ВМФ по родам сил и классам боевых кораблей, системе базирования и оборудовании МТВД. Ни одна из альтернативных концепций строительства и применения ВМФ, имевших хождение в межвоенный период, на практике не подтвердилась. Реальное содержание боевых действий на море, из-за того что война приняла совсем иной характер, нежели предусматривала наша наступательная военная доктрина 30-х годов, не имело ничего общего с задачами, которые флоты отрабатывали в довоенное время. Определенные трудности в применении сил флота в годы войны возникли из-за неоправданного увлечения созданием минно-артиллерийских позиций даже в тех районах, где оперативная обстановка этого не требовала.
Не была решена должным образом проблема взаимодействия между видами ВС на стратегическом и оперативном уровне.
2. Не подтвердились предвоенные взгляды на тактическое предназначение надводных кораблей основных классов. Линкоры использовались исключительно в качестве кораблей огневой поддержки, большую часть времени проводя в базах. Крейсера применялись с высокой интенсивностью, однако их тактическое использование практически не совпадало с теми задачами, которые были положены в основу ТТЗ (тактико-технического задания) на их разработку. Ошибочность довоенных взглядов в отношении тактического предназначения торпедно-артиллерийских кораблей ярче всего выразилась в судьбе такого подкласса, как лидеры. Эсминцы превратились в наиболее универсальные артиллерийско-торпедные корабли, предназначенные главным образом для ведения систематических боевых действий, ставших по опыту войны основной формой боевых действий на море на оперативном уровне. Потребность в многообразном и сложном обеспечении боевых действий вызвала бурный рост класса сторожевых, противоминных и противолодочных кораблей, а также многократное увеличение в составе ВМФ числа боевых катеров различного предназначения: артиллерийских, сторожевых, противолодочных, десантных. К этому же вынуждала и общая обстановка, не позволявшая строить и в значительных масштабах использовать крупные корабли. В то же время не нашла подтверждения идея массированного использования торпедных катеров, проявилась несостоятельность расчетов на компенсацию несбалансированного развития флота в межвоенный период за счет усиленного развертывания так называемых москитных сил.
3. В боевых действиях на море решающее значение приобрела морская авиация. От способности завоевывать и удерживать господство в воздухе, от боевых возможностей ударной авиации ВВС флотов в решающей степени зависели ход и исход морских операций и систематических боевых действий. Авиация превратилась в главную ударную силу ВМФ, что намного превзошло самые смелые предположения, высказанные в предвоенный период. Вместе с тем в полной мере проявились ограниченные возможности базовой колесной и гидроавиации и резко сказалось отсутствие палубной авиации в составе ВМФ СССР. Последнее до предела сужало масштабы борьбы с ВМС противника в море и в базах, ограничивало возможности сил, принимавших участие в борьбе на коммуникациях, не позволяло организовывать полноценное оперативное прикрытие корабельных ударных групп, ДЕСО (десантов) и Кон (конвоев) на переходе морем за пределами тактического радиуса базовой истребительной авиации.
4. Значение подводных сил существенно возросло, война подтвердила предвоенные прогнозы советских военных ученых - подводные лодки, как и авиация, стали главным родом сил ВМФ. Опыт показал необходимость всестороннего и сложного боевого обеспечения действий подводных лодок другими родами сил флота, в первую очередь надводными кораблями и авиацией. Выявились крупные ошибки в развертывании группировок подводных сил на театрах, коренившиеся в неправильном понимании тактического предназначения малых и средних подводных лодок, завышенных ожиданиях от их применения против надводных боевых кораблей вероятных противников, непринятии в расчет ограниченной оперативной емкости закрытых морских театров, недооценке с точки зрения перспектив применения подводных лодок такого театра, как Северный, и переоценке (по содержанию задач флота в военное время) такого театра, как Тихоокеанский.
5. Отсутствие полноценных десантных сил ограничивало размах десантных операций, а в ряде случаев приводило к срыву операции (осенью 1943 г. на Керченском п-ве). Попытки решить эту проблему привлечением гражданских судов и плавсредств, мало приспособленных для этих целей, приводили к неоправданно высоким потерям.
6. Увлечение маневренными свойствами боевых кораблей в ущерб другим тактико-техническим характеристикам, присущее советскому кораблестроению в межвоенный период, себя не оправдало. Опыт войны потребовал выбора в пользу большей мореходности, автономности, живучести и более высокой оснащенности кораблей оружием и техническими средствами.
7. Опыт войны внес коррективы во взгляды на использование и перспективы развития отдельных видов оружия и морских вооружений.
Корабельная артиллерия. Огневое превосходство стало достигаться преимущественно за счет скорострельности и массирования огня, а не боевой меткости. Развитие корабельных артиллерийских комплексов пошло в сторону их автоматизации, с уменьшением размеров главных калибров и относительного снижения могущества боеприпасов. Выявилась тенденция придания главным калибрам свойств универсальных. Наиболее быстро эволюционировала зенитная артиллерия. Многократно возросло число установок ЗА на кораблях всех классов. Их эффективность выросла за счет увеличения числа стволов на одну установку, автоматизации, применения боеприпасов с дистанционными взрывателями.
Для огневой поддержки стало применяться ракетное оружие - установки залпового ракетного огня типа "Катюша".
Торпедное оружие. Наиболее существенными были результаты усилий по совершенствованию авиационных торпед и способов их применения. Торпедное оружие показало себя эффективным средством борьбы с кораблями всех классов и как наиболее перспективное для борьбы с подводными лодками.