Работу Мельгунова отличает самое резкое неприятие революционного насилия, самый строгий суд над проявлениями красного террора, которые были свойственны и Короленко. Непримиримость оценок Мельгуновым красного террора как раз и объясняется во многом его возмущением по поводу дискредитации большевиками, сделавшими ставку на насилие, социалистического движения и социалистической мысли. Историка ужасно тяготило «пятно варварства», оставленное коммунистами на чистом облике многовековой мечты человечества, и он, как представитель одного из социалистических течений, чувствовал и свою собственную вину за случившееся. На этот счет Мельгунов откровенно высказался в своем заключительном слове на процессе по делу «Тактического центра»: «И красный, и белый террор для меня ненавистны. Но красный террор для меня мучителен потому, что я социалист и косвенно принимаю ответственность за то, что здесь происходит». Позднее историк подчеркивал, что красный террор для него более омерзителен, чем белый, так как он творится «под знаменем революции, под знаком обновления мира». Под этими словами подписался бы и Короленко, которые не единожды обвинял в тех же грехах большевиков.

В этой связи показательно критика Мельгуновым взглядов А.М. Горького, который в брошюре «О русском крестьянстве» упрощенно высказался о первоистоках красного террора: «Жестокость форм революции я объясняю исключительной жестокостью русского народа… Когда в «зверстве» обвиняют вождей революции… я рассматриваю это обвинение, как ложь и клевету, неизбежные в борьбе политических партий или… как добросовестное заблуждение… «Недавний раб» стал самым разнузданным деспотом, как только приобрел возможность быть владыкой ближнего своего». Приведя эти слова, которые не мог бы ни при каких обстоятельствах сказать Короленко, Мельгунов вынес такой приговор автору «Песни о буревестнике»: «Итак, русский писатель, не только сочувствующий русскому коммунизму, но и имевший с ним более прямые связи, снимает ответственность с творцов террористической системы и переносит ее на темноту народную… Едва ли есть надобность защищать русского крестьянина, да и русского рабочего от клеветы Горького: темен русский народ, жестока, может быть, русская толпа, но не народная психология, не народная мысль творила теории, взлелеянные большевистской идеологией…»

В своей книге Мельгунов приводит множество фактов того, что именно руководители большевиков являлись главными вдохновителями и организаторами красного террора – от самых массовых расстрелов заложников осенью 1918 г. до расправ с белогвардейцами в Крыму в 1920 г. И надо отдать ему должное, что как профессиональный историк, он всегда опирался только на факты, считая, что «толкование догадок – занятие довольно бесплодное». К примеру, Мельгунов ничего не домысливал по поводу, пожалуй, самого страшного инцидента красного террора, связанного с расстрелом царской семьи в Екатеринбурге и других членов императорского дома. В условиях «недостаточности улик» он пришел к выводу, который сегодня уже вполне можно оспорить на основе новых документальных доказательств. По мнению автора, высказанному более подробно в книге «Судьба императора Николая II после отречения», не было заранее составленного единого «московского плана» по устранению представителей дома Романовых, а екатеринбургская трагедия – это скорее преступление партийных изуверов, а не «дьявольский замысел, задуманный в центре и планомерно им осуществленный». И даже особая роль Ленина в этих событиях подвергалась им сомнению: «В действительности позиция Ленина в эти дни была иной: он полагал, что в случае крушения большевизма тактически выгодно содействовать восстановлению реакционной монархии».

На самом деле единый замысел тогда, конечно, был, и не назвать его «дьявольским» весьма затруднительно. Далеко не случайно жертвами красного террора пали в ночь с 12 на 13 июня 1918 г. под Пермью в Мотовилихинском районе великий князь Михаил Александрович, в ночь с 16 на 17 июля 1918 г. в Екатеринбурге – царская семья в полном составе, в ночь с 17 на 18 июля 1918 г. под Алапаевском – великая княгиня Елизавета Федоровна, великий князь Сергей Михайлович, сыновья великого князя Константина Константиновича – Игорь, Иоанн, Константин, князь В. Палей, а также сопровождавшие их лица. Позднее, в феврале 1919 г., в Петропавловской крепости были расстреляны великие князья Павел Александрович, Николай Михайлович, Георгий Михайлович и Дмитрий Константинович. И хотя этот план осуществлялся довольно длительное время, основные претенденты на царский престол были уничтожены всего лишь за месяц с небольшим.

Что касается событий в Екатеринбурге, то в их преддверии, в начале июля 1918 г., член президиума Уралсовета Исай Голощекин (партийная кличка Филипп) уезжает в Москву, где живет на квартире Я.М. Свердлова. Именно в эти дни при участии Ленина, как подтверждал позднее в своих дневниках Л.Д. Троцкий, и было решено ликвидировать царскую семью, но сделать это так, будто решение о ликвидации приняли местные власти без указаний из центра в условиях приближения к городу белогвардейских частей.

13 июля по прямому проводу состоялся продолжительный разговор председателя Уралсовета с В.И. Лениным по поводу «военного обзора и охраны бывшего царя». А через три дня, 16 июля, в Москву ушла таинственная телеграмма, которая была найдена лишь недавно. Она была послана из Екатеринбурга кружным путем – через главу Петросовета Г.Е. Зиновьева – на адрес «Свердлову, копия Ленину» и принята 16 июля в 21 час 22 минуты, за несколько часов до расстрела: «Из Екатеринбурга по прямому проводу передают следующее: сообщите <в> Москву, что условленный с Филипповым (Голощекиным. – С.Д.) суд по военным обстоятельствам не терпит отлагательства, ждать не можем. Если ваше мнение противоположно, сейчас же вне всякой очереди сообщите. Голощекин. Сафаров. Снеситесь по этому поводу сами с Екатеринбургом». Подпись – «Зиновьев».

Лишь в 1968 г. А. Акимов, работавший в охране Ленина, рассказал, что в тот же день по поручению Я.М. Свердлова он отнес на телеграф на Мясницкой улице телеграмму с утверждением решения Уралсовета СНК и ВЦИК за подписью Ленина и Свердлова. Для конспирации Акимов, угрожая пистолетом, забрал на телеграфе не только копию телеграммы, но и саму ленту.

Факт получения этого указания из Москвы подтверждал сам Я.Х. Юровский в своей «Записке». После свершения жуткого убийства в Москву из Екатеринбурга уходит еще одна шифрованная, составленная из ряда цифр телеграмма: «Передайте Свердлову, что всю семию постигла участ главы официално семия погибнет при евакуации Белобородов». (Эта телеграмма, в которой сохранена орфография оригинала, даже выставлялась на продажу на аукционе «Сотбис» вместе с другими документами, собранными следователем Н.А. Соколовым.) Далее последовали переговоры Белобородова и Свердлова о согласовании текста публикации об убийстве в советских газетах с ложью о том, что убит был только Николай II.

Как писал Мельгунов, эту «кошмарную потаенную расправу» могли «совершить лишь те, кто в момент своего действия потерял человеческий облик», и именно поэтому «даже большевистская власть не нашла в себе смелости сказать правду о том, что произошло в подвале дома Ипатьева… Она наложила запрет молчания и на уста непосредственных убийц». Факт смерти всей семьи был раскрыт в советской печати только в 1921 г., а многие свидетельства участников расправы остались тайной вплоть до крушения СССР.

Отверг Мельгунов в своей книге о красном терроре и другой распространенный миф о том, что красный террор породил именно белый террор: «Пытаются доказать, что красный террор вызван эксцессами белых. Тот, кто признает хронологию канвой истории и прочтет эту книгу, увидит, как мало правдоподобия и достоверности в этом утверждении». Примерно того же взгляда придерживался и Короленко, показавший на десятках примерах, что именно сами большевики порождали и проводили в жизнь теорию и практику террора…

В своих трудах, в том числе в книге «Трагедия адмирала Колчака», Мельгунов доказывал, в частности, что Колчак, любивший повторять: «Дисциплина есть основание свободы» и «Мы рабы положения», – никак не может восприниматься в качестве главного реакционера так называемой «русской Вандеи», сторонника беспощадного белого террора, а, наоборот, должен расцениваться как человек, сдерживавший сползание режима в сторону «реставраторства» и озверения. «Колчаковщина» появилась задолго до Колчака, и он в ней был совсем неповинен.