В 1840 году адыги взяли форты Головинский, Лазарев, укрепление Вильяминовское и Михайловское. Вскоре русские войска выбили их с Черноморской береговой линии, но движение горцев усилилось, активизировался и Шамиль.
В сентябре 1840 года после ожесточенных боев у селений Ишкарты и Гимры Шамиль отступил. Русские войска, истощенные непрерывными боями, отошли на зимние квартиры.
В этом же году из-под ареста по доносу аварского хана Ахмеда из Хунзаха к Шамилю бежал Хаджи-Мурат и сделался его наибом. В 1841 году наиб Шамиля Кибит-Магома практически завершил окружение Аварского ханства – стратегического ключа к Нагорному Дагестану.
Чтобы удержать Аварию, туда были введены почти все свободные войска России на Кавказе – 17 рот и 40 орудий. В начале 1842 года Шамиль взял столицу Казикумухского ханства – аул Кумух, но был выбит оттуда.
В погоню за Шамилем был послан отряд генерала П. Х. Граббе – около 25 батальонов – с целью занять резиденцию имама, аул Дарго. В шестидневных боях в ичкерийских лесах отряд сильно потрепали воины имама и русские вернулись, понеся большие потери убитыми и ранеными – 2 генерала, 64 офицера, более 2 000 солдат. Отступление П. Х. Граббе произвело такое впечатление на бывшего в этот момент на Кавказе военного министра Чернышева, что он добился приказа временно приостановить новые военные экспедиции.
Поражение в Чечне ухудшило и без того напряженное положение в Нагорном Дагестане. Авария собственно была потеряна, так как русские войска еще до появления Шамиля здесь ежеминутно могли опасаться нападения местного населения. Внутри Аварии и Нагорного Дагестана русскими удерживалось несколько укрепленных селений – Гербегиль, Унцукуль, в 10 км к югу от аула Гимры, Гоцатль, Кумух, другие. Южная граница Дагестана на реке Самур прикрывалась Тифлисским и Ахтинским укреплениями. Именно опираясь на эти укрепления, оперировали полевые армии, обычно выступавшие в виде отдельных отрядов. Около 17 русских батальонов были разбросаны на огромном пространстве. Растерявшееся кавказское командование ничего не предприняло для того, чтобы сконцентрировать эти разбросанные по мелким укреплениям силы, чем с большим искусством воспользовался Шамиль. Когда в середине 1843 года он начал наступление на Аварию, большинство небольших русских отрядов погибло. Горцы взяли 6 укреплений, захватили 12 орудий, 4000 орудийных зарядов, 250 тысяч патронов. Лишь спешно переброшенный в Аварию самурский отряд помог удержать Хунзах. Шамиль занял Гербегиль и блокировал в Хунзахе русский отряд генерала Пасека. Сообщение с Закавказьем через Дагестан было прервано. Собранные русские войска в бою под Большими Казанищами отбросили Шамиля и отряд Пасека вырвался из окружения, но Авария была потеряна.
Шамиль расширил территорию имамата вдвое, имея под ружьем более 20 000 воинов.
В 1844 году командующим Отдельным Кавказским корпусом с чрезвычайными полномочиями был назначен граф М.С. Воронцов. Приказ царя гласил: «Разбить буде можно, скопище Шамиля, проникнув в центр его владычества, и в нем утвердиться».
Началась Даргинская экспедиция. Воронцову удалось дойти до Дарго, не встречая серьезного сопротивления, но когда пустой и зажженный горцами аул был занят Воронцовым, отряд, окруженный горцами и отрезанный от продовольственной базы, оказался в ловушке. Попытка подвезти продовольствие под сильным конвоем потерпела крах и лишь ослабила отряд. Воронцов попытался пробиться на линию, но беспрерывные атаки горцев настолько дезорганизовали отряд, что он, будучи уже невдалеке от укрепленной линии, принужден был прекратить свое продвижение. Только появление отряда генерала Фрейтага, действовавшего в чеченских лесах, спасло экспедицию, закончившуюся, в общем-то, неудачей, хотя Воронцов и получил за нее княжеский титул. Но восстание не разрослось – крестьяне практически не получили ничего и только терпели тяготы войны. Огромные средства, затрачиваемые на войну, только отчасти покрывались военной добычей; чрезвычайные военные налоги, во взимании которых наибы проявляли полный произвол, разоряли горское население. Наибы – начальники отдельных районов – широко практиковали различные поборы и штрафы, которые часто присваивали себе. Одновременно они стали принуждать население бесплатно работать на них. Наконец, имеются источники о раздаче земель наибам и лицам, приближенным к Шамилю. Отряды муртазеков стали использоваться для подавления возникающего то тут, то там недовольства наибами. Характер военных операций также изменился самым существенным образом.
Имамат стал отгораживаться от неприятеля стеной укрепленных аулов – война все более и более превращалась из маневренной в позиционную, в которой у Шамиля не было шансов. Среди горского населения появилась поговорка – «лучше просидеть год в яме-тюрьме, чем месяц пробыть в походе». Все более и более растет недовольство поборами наибов. Особенно сильно проявляется оно в Чечне, служившей для Нагорного Дагестана основной продовольственной базой. Большие закупки продовольствия, производившееся по низким ценам, переселение в Чечню колонистов-дагестанцев, назначение чеченскими наибами дагестанцев, постои дагестанцев в Чечне – все это, вместе взятое создало там атмосферу постоянного брожения, прорывавшегося в небольших выступлениях против отдельных наибов, как, например, восстание против Шамиля в 1843 году в Чеберлое.
Чеченцы перешли к оборонительной тактике против русских войск, непосредственно угрожавших разорением аулов. Соответственно с изменением обстановки изменилась и тактика русских войск. Прекращаются военные экспедиции в горы и русские переходят к позиционной войне – Воронцов сжимает имамат кольцом укреплений. Шамиль несколько раз пытался прорвать это кольцо.
В Дагестане русские войска в течение трех лет систематически осаждали укрепленные аулы. В Чечне, где русские войска при своем продвижении встречали помеху и препятствие в густых лесах, они производили систематическую рубку этих лесов; войска прорубали широкие, на ружейный, а иногда на пушечный выстрел, просеки и методически укрепляли занятое пространство. Началась длительная «осада Кавказа».
В 1843 году Шамиль прорвался через Сунженскую укрепленную линию в Кабарду, но был отбит и вернулся в Чечню. Попытавшись прорваться на дагестанское побережье Шамиль был разбит в сражении при Кутиши.
В 1848 году после вторичной осады М.С. Воронцов взял аул Гергебиль, но через год не взял аул Чох, хотя и отбил попытку горцев Шамиля пройти в Кахетию, построив за год до этого в Малой Чечне укрепление Урус-Мартан.
В 1850 году в результате военной экспедиции в Ингушнтию к карабулакам и галашевцам от имамата отошла его западная часть. Тогда же в Большой Чечне русские войска взяли и уничтожили построенное Шамилем укрепление – Шалинский окоп. В 1851–1852 годах были отбиты два похода имамата в Табасарань – Хаджи-Мурата и Бук-Муххамеда, разбитого у аула Шеляги. Шамиль поссорился с Хаджи Муратом, который перешел на сторону русских; за ним пошли и другие наибы.
На западном Кавказе племена адыгов штурмовали Черноморскую береговую линию. В 1849 году во главе адыгов встал сменивший Хаджи-Магомета и Сулеймана Эфенди Мухаммед Эммин. В мае 1851 года выступление посланца Шамиля было подавлено.
В Чечне в течение 1852 года шла упорная борьба между отрядами князя А.И. Барятинского и Шамиля. Несмотря на упорное сопротивление имамата А.И. Барятинский в начале года прошел через всю Чечню к Куринскому укреплению, что вызвало отпадение части аулов от Шамиля, который пытался удержать за собой Чечню, внезапно появляясь то в районе Владикавказа, то у Грозной; у аула Гурдали он разбил один из русских отрядов.
В 1853 году произошло крупное сражение на реке Мичак – последнего опорного пункта Шамиля. А. Барятинский, имея 10 батальонов, 18 эскадронов и 32 орудия, обошел Шамиля, собравшего 12 тысяч пехоты и 8 тысяч конницы. Горцы отступили с большими потерями.
После начала Крымской войны 1853–1856 годов Шамиль объявил, что отныне священная война с Россией будет вестись совместно с Турцией. Шамиль прорвался через Лезгинскую укрепленную линию и взял крепость Закаталы, но был снова отброшен в горы князем Долгоруковым-Аргутинским. В 1854 году Шамиль вторгся в Кахетию, но снова был отбит. Англия и Франция послали в помощь адыгам только польский отряд Ланинского. И хотя из-за угрозы англо-французского флота русские войска ликвидировали Черноморскую береговую линию, это не оказало существенного влияния на ход войны. Турки были разбиты в сражениях на реке Чолок, на Чингильских высотах и при Кюрюк-Дара, был взят Карс; турок разбили в их походе на Тифлис.
