Однако сегодня достаточно распространенную точку зрения о попытках Хайзенберга воспрепятствовать разработке атомной бомбы в фашистской Германии поставили под сомнение. Причиной этого стали обнародованные в 2005 году черновики письма великого датчанина своему ученику. Это незаконченное и неотправленное письмо было написано в 1957 году. В нем есть такие строки: «Я лично помню каждое слово наших бесед, происходивших на фоне глубокой печали и напряжения для всех нас здесь, в Дании. В особенности сильное впечатление на меня, как и на всех, с кем вы разговаривали в институте, произвела ваша абсолютная убежденность в том, что Германия победит и что посему глупо с нашей стороны надеяться на другой исход войны и проявлять сдержанность по поводу германских предложений о сотрудничестве. Я также отчетливо помню нашу беседу в моем кабинете в институте, в ходе которой вы в туманных выражениях говорили так, что ваша манера не давала мне повода усомниться: под вашим руководством в Германии делается все для того, чтобы создать атомную бомбу. Вы сказали, что нет смысла говорить о деталях. поскольку вы с ними знакомы и последние два года работали в той или иной мере исключительно над подготовкой этого проекта. Я молча слушал вас, поскольку речь шла о важной для всего человечества проблеме, в которой, несмотря на нашу дружбу, нас следовало рассматривать как представителей двух противоположных сторон в смертельной битве».

Однако свидетельство великого датского физика убедило не всех. Часть исследователей продолжает придерживаться прежней версии. Даже нашли объяснение письму Нильса Бора. Опубликовавший его историк Финн Асеруд считает, что к этим текстам следует подходить с осторожностью: они написаны через 16 лет после встречи ученика и учителя в Копенгагене и явно отражают, сколь нелегкой для Бора была попытка точно изложить свои воспоминания. Оправдывающее немецкого физика толкование эпизода предлагает в книге воспоминаний и исследователь Эдвард Теллер: «Информация, которую я собрал, приводит меня к мысли, что Хайзенберг отправился к Бору за моральным советом. Я также полагаю, что встреча состояла из двух частей. В помещении Хайзенберг, опасаясь, что нацисты прослушивают дом, сообщил, что работает на свою страну. Затем, гуляя по саду, Хайзенберг объяснил, что участвует в нацистском проекте. Он добавил, что, к счастью, сделать атомную бомбу для Германии невозможно, и он надеется, что британским и американским ученым это тоже не удастся. Почему Бор не рассказал о второй части беседы? Причина может быть простой. Как только Хайзенберг сказал, что работает для своей страны. Бор перестал его слушать».

Райнер Карлш, автор книги «Бомба Гитлера. Тайная история немецких испытаний ядерного оружия», вышедшей в свет в 2005 году, проанализировав множество документов, пришел к выводу: «Невозможно достоверно утверждать, был ли это на самом деле вклад немецких ученых в сопротивление нацизму, как утверждали они сами после окончания войны, или на пути их разработок возникли трудности иного рода. Хотя некоторые факты, свидетельствующие о сопротивлении ученых, налицо. Стали известны слова Вернера Хайзенберга об «активном» и «пассивном» сопротивлении физиков. «Я сознательно возглавил «Урановый проект», чтобы, насколько это было возможно, затормозить его развитие», — говорил он. Но при жизни он так и не решился опубликовать эти слова — даже для послевоенной Германии это было слишком».

Документы того времени показывают, что, когда речь заходила о возможной передаче разработок немецких физиков-ядерщиков в промышленное производство, Хайзенберг прибегал к разного рода «тормозам». Одним из них Р. Карлш считает явно заниженные суммы, которые ученый запрашивал на свои исследования. По мнению историка, он делал это умышленно, вводя в заблуждение военных относительно реальности создания атомного оружия в обозримые сроки. Известно, например, что, когда рейхсминистр вооружений Альберт Шпеер летом 1942 года задал физику вопрос о том, сколько денег необходимо его группе для успешной работы, Хайзенберг ответил: «40 000 рейхсмарок». По тем временам эта сумма была попросту смешной для подобных проектов, и физик не мог не понимать такую простую истину. Для сравнения отметим, что «Манхэттенский проект» в США, связанный с аналогичными исследованиями, получил в качестве финансирования около 2 миллиардов долларов. После более чем скромного запроса Хайзенберга рейхсминистр вооружений, видимо, понял, что получить положительные результаты с данной командой ученых невозможно. Об этом он доложил Гитлеру. Фюрер отреагировал сдержанно: «Это же фундаментальные исследования, они не оказывают решающего влияния на исход войны».

«Тормозом» в реализации проекта можно считать и длительные сроки, которые физики просили для окончания разработок. Мол, раз мы не обещаем в ближайшее время создать «оружие возмездия», вам придется сосредоточиться на производстве других видов вооружения. Так и произошло. 4 июня 1942 года имперский министр вооружений Альберт Шпеер провел расширенное совещание по «Урановому проекту». На нем присутствовали как физики — Хайзенберг, Ган, Дибнер, так и военное руководство — фельдмаршал Мильх, начальник Управления армейских вооружений генерал фон Лееб, генерал-полковник Фромм, ведавший поставками боевой техники для вермахта. После неудачи под Москвой и затянувшихся боев под Ленинградом гитлеровцы жаждали быстрых и впечатляющих побед, поэтому и вспомнили о потенциале разрабатываемого «сверхоружия».

Военные, подходившие к вопросу с практической точки зрения, поставили перед учеными два конкретных вопроса: «Возможно ли создание атомной бомбы?» и «Когда это можно ожидать?» Хайзенберг долго, вдаваясь в технические подробности, рассказывал генеральскому составу о результатах трехлетних исследований. Из его доклада следовало, что немецкие физики видели свою задачу в создании уранового котла на медленных нейтронах. Стало быть, атомная бомба попросту представлялась им взрывающимся урановым реактором. Хайзенберг также сообщил, что если говорить об устройстве с ядерной взрывчаткой, то оно будет чересчур громоздким, чтобы доставить его к цели с помощью артиллерийского снаряда или самолета. Поэтому ученый настаивал на создании уранового котла, который мог бы стать стационарным источником энергии или двигателем на военном корабле. Таким образом, на вопрос о возможности создания атомной бомбы Хайзенберг, по сути, ответил отрицательно. И в дальнейшем его группа «сверхоружие» не разрабатывала. Уже упомянутый российский историк В. Белоконь считает: «Компромиссом с властями стала программа создания «атомной машины» — энергетической установки. Это устраивало и тех и других, поскольку Гитлеру докладывали о перспективах создания глобальных атомных подводных лодок и даже самолетов с атомными двигателями, позволяющими летать неделями, если не месяцами, без дозаправок».

На вопрос о том, как скоро «Урановый проект» сможет дать реальные результаты, Хайзенберг также ответил весьма уклончиво: «От двух до пяти лет, даже если мы получим всю необходимую материальную поддержку». Поэтому военные, присутствовавшие на совещании, поняли, что на быстрые успехи в создании атомного оружия рассчитывать не приходится. Несколько позже физик сделал еще более неутешительное заявление: «Создание действующей бомбы возможно лишь ко времени следующего конфликта».

23 июня 1942 года Шпеер в очередной раз доложил Гитлеру о проблемах военной промышленности. Информация об «Урановом проекте» фигурировала в нем лишь как 16-й пункт. Другими словами, благодаря усилиям Хайзенберга разработки в этом направлении стали восприниматься как весьма долгосрочные и не стоящие пристального внимания.

Генерал-майор НКВД Валентин Кравченко, возглавлявший спецотдел по надзору за атомными исследованиями и пытавшийся еще в 1945 году ответить на вопрос, почему же фашисты не создали атомную бомбу, пришел к выводу: «…не было воли ученых к созданию ядерного оружия. Слишком страшными представлялись им возможные последствия применения атомного „чудо-оружия“».