Между тем Покровский подготовил следующий удар «старой касте»: осенью 1929 года сотрудники Центрального архива, который он возглавлял, донесли, что Академия наук скрывает материалы огромной историко-политической ценности: документы партий эсеров и кадетов, подлинники отречения Николая II и великого князя Михаила, бумаги Керенского и многое другое. Енукидзе еще в 1926 году был уведомлен о том, что в архивах Академии наук хранятся эти документы, но Политбюро воспользовалось «архивной историей» для завершения многолетней интриги, направленной против ее ученых. В октябре 1929 года в Ленинград прибыла Особая следственная комиссия в составе представителей ОГПУ Я. X. Петерса и Я. С. Агранова, прокурора РСФСР Н. В. Крыленко и Фигатнера, которая расценила хранение архивных документов как доказательство антисоветского заговора в Академии наук. К концу 30-х годов члены этой комиссии будут расстреляны, М. Н. Покровский дождется расправы с ненавистной «старой» Академией смертельно больным, но успеет порадоваться, что теперь она «такое же научное учреждение, как и всякое другое учреждение Советского Союза». Последствия этой «победы» прозорливо определил академик Павлов. 26 декабря 1929 года он говорил на заседании в честь столетия со дня рождения физиолога Ивана Михайловича Сеченова: «Мы живем под господством жестокого принципа: государство, власть — все. Личность обывателя — ничто. Жизнь, свобода, достоинство, убеждения, верования, привычки, возможность учиться, средства к жизни, пища, жилище, одежда — все в руках государства... А у обывателя только беспрекословное повиновение. На таком фундаменте, господа, не только нельзя построить культурное государство, но на нем не могло бы держаться долго какое бы то ни было государство. Без Иванов Михайловичей, с их чувством достоинства и долга, всякое государство обречено на гибель изнутри, несмотря ни на какие днепрост-рои и волховстрои».
В это время шли массовые аресты ученых Отделения гуманитарных наук и сотрудников аппарата Академии наук. Отправленный в отставку С. Ф. Ольденбург тоже ждал ареста, он и его домашние ложились спать одетыми, ночью прислушались к шагам на лестнице. Вернадский советовал Ольденбургу собрать вещи для тюрьмы, у обоих академиков уже был тюремный опыт. (Вещи, собранные для тюрьмы, годами хранились у людей «подударных» профессий, а таких профессий было не счесть. Приготовленный на случай ареста саквояж был у переводчика и поэта М. Л. Лозинского97, а маршал Г. К. Жуков хранил свой «арестный» чемоданчик до 1957 года.) В эти тревожные дни сын Елены Григорьевны Митя вспомнил, что видел в кладовой Музея этнографии «много бумаг Милюкова и каких-то бумаг кадетов... И Сергей тоже вспомнил... Когда все бежали из Петрограда кто куда, то к нему тащили все... Решили, что ночью, когда на лестнице никто не будет ходить в Правление, то Митя пойдет и посмотрит, что там есть наверху в кладовых», — писала она. Несколько ночей в квартиру тайком приносили корзины с документами и до утра жгли бумаги в печах. «Как жаль... Сколько здесь гибнет истории русского общества»; С. Ф. Ольденбург сказал Вернадскому, «что я чуть не плачу, когда жгут бумаги, т. к. здесь много ценного в историческом отношении. Вл. Ив. напал на меня — надо обязательно жечь... Если обыск будет у нас, могут пострадать многие люди... Горит, горит!» — горестно писала Е. Г. Ольденбург.
Особая следственная комиссия наметила контуры политического дела, а «творчески развить» его предстояло ленинградскому ОГПУ. Питерские чекисты стремились подготовить громкий судебный процесс, где подсудимыми станут известные ученые, среди которых четыре академика — историки С. Ф. Платонов, Е. В. Тарле, Н. П. Лихачев и М. К. Любавский. Сценарий обвинения сложился не сразу, со временем «преступное» хранение документов в архивах Академии отошло на второй план, и была вымышлена антисоветская организация «Всенародный союз борьбы за возрождение свободной России», в которую якобы входили ученые. «Всенародный союз» готовил государственный переворот, восстановление монархии, и академики уже распределили министерские посты в будущем правительстве. Фантазия чекистов не знала пределов: заговорщики были связаны с правительствами Германии, Франции и с Ватиканом; Германия готовила 100-тысячную армию для захвата Ленинграда, к ней должна была присоединиться французская авиация, а все расходы на военную кампанию брал на себя Ватикан, потому что «Всенародный союз» обещал Папе ввести в России церковную унию. В Академии якобы действовали немецкие шпионы и военная организация из сотрудников — бывших офицеров, державшая склады оружия в Институте русской литературы (Пушкинском Доме) и в Гатчинском дворце-музее. Роль главы «Всенародного союза» ОГПУ предназначило академику С. Ф. Платонову, который был известен политической приверженностью к монархизму.
Подтвердить всю эту галиматью должны были показания подследственных, поскольку иных доказательств у следствия не было и быть не могло. За полтора года через камеры Дома предварительного заключения прошло около 150 арестованных: историков, филологов, археологов, этнографов, среди них было немало людей преклонного возраста. Следователи добивались «признаний» подследственных угрозами, арестами их близких, содержанием в одиночных камерах и обещаниями свободы. Абсурдность обвинений порождала у узников чувство безнадежности, у некоторых из них начались психические расстройства, и постепенно часть подследственных стала подписывать составленные следователями протоколы или писать «признания» под их диктовку. Некоторых «сознавшихся» освобождали до конца следствия, на смену поступали новые арестованные, из лагерей и ссылки привозили ранее осужденных ученых. Следователи расширяли и перекраивали состав «липовой» организации, присоединили к ней «заговор краеведов» — организация большого политического процесса сулила им карьерные выгоды. За ходом дел наблюдало Политбюро, в 1930 — 1931 годах на его заседаниях ежемесячно обсуждался «вопрос об Академии наук». Оно не рискнуло проводить показательный судебный процесс, потому что ряд ученых имел международную известность, а нелепость обвинений была очевидна.
«Тройка» ленинградского ОГПУ заочно вынесла приговоры по «академическому делу»: в феврале 1931 года 29 человек было приговорено к расстрелу, а 53 — к различным срокам концлагеря. Через несколько месяцев часть смертных приговоров заменили лагерными сроками, но шестерых сотрудников Академии, в прошлом офицеров, расстреляли. В августе 1931 года «тройка» вынесла приговоры «руководителям антисоветской организации», в эту группу включили наиболее известных ученых, в том числе четырех академиков, — их осудили на пятилетнюю высылку «в отдаленные места СССР». В общей сложности было осуждено 115 человек, и «почти все из привлеченных по этому делу вышли больными и израненными невосстановимо, многие преждевременно умерли, пройдя ссылки, каторгу или лишение прав без лишения свободы», — писала Н. С. Штакельберг. В хронике советской жизни много свидетельств о таких преступлениях власти, но следует иметь в виду цели и последствия каждой из этих акций. В данном случае целью было абсолютное подчинение Академии наук, и она была достигнута: в начале 1930 года число академиков пополнилось еще несколькими учеными-коммунистами и партийными деятелями; коммунисты определяли политику Академии, и в феврале 1931 года ее Общее собрание лишило звания академиков арестованных Платонова, Тарле, Лихачева и Любавского. Возмущенный президент Академии наук А. П. Карпинский заявил на собрании, что отныне «мы будем представлять собой единственное в своем роде учреждение», — но нет, она превращалась в обычное советское научное учреждение. В 1931 году ее непременным секретарем стал новоиспеченный академик В. П. Волгин — автор работ по истории «социалистических и коммунистических идей домарксова периода».
Последствия «академического дела» не исчерпывались искалеченными и загубленными жизнями ученых, была уничтожена русская историческая школа, а с нею трагически завершилась целая эпоха нашей культуры. Символично, что в числе осужденных оказались племянник Достоевского А. А. Достоевский и внучатый племянник Чернышевского Н. А. Пыпин. Жертвами стали не только осужденные, но и их близкие: жена филолога Энгельгардта, Н. Е. Гаршина-Энгельгардт (родственница писателя Всеволода Гаршина) выбросилась из окна после ареста мужа, жена историка В. М. Бутенко повесилась, отец филолога Н. В. Измайлова бросился в Неву, узнав о расстрельном приговоре сына (позже Измайлову заменили расстрел ссылкой). Драматически сложилась судьба близких академика Сергея Федоровича Платонова. Его дочери Надежда, Вера, Наталья, Мария и Нина получили историко-филологическое образование, сын Михаил был химиком. Надежда жила в эмиграции, а оставшиеся в России дети Платонова успешно занимались наукой. Мария и Нина были арестованы по «академическому делу» и после года заключения отправлены вместе с отцом в ссылку в Самару. Наталья Сергеевна поехала в ссылку к мужу, Н. В. Измайлову, и провела там пять лет. С. Ф. Платонов умер в Самаре в 1933 году, а его дочери Мария, Нина и Наталья через несколько лет вернулись в Ленинград. Все они умерли во время блокады, а их брат, профессор химии Михаил Сергеевич Платонов был расстрелян в блокадном Ленинграде по ложному обвинению. Так погибла большая, дружная семья талантливых русских ученых. Академик М. К. Любавский умер в ссылке в 1936 году, Н. П. Лихачев вернулся в Ленинград в 1933 году лишенным права на работу и пенсию и мучительно умирал в полной нищете. Благополучнее других сложилась судьба Е. В. 1арле: в ссылке ему дали возможность заниматься научной работой, он вернулся в Ленинград в конце 1932 года и стал преподавать в ЛГУ. В этом «возвращении к жизни» известную роль сыграла его позиция на следствии (из ссылки он писал, что давал ложные показания под давлением) и ходатайства за него политических деятелей Франции, составленные по просьбе французских друзей "Тарле. В 1938 году Е. В. Тарле был восстановлен в звании академика. Еще одним следствием «академического дела» было отлучение от науки талантливой молодежи, продолжавшей традиции российской академической школы. Один из осужденных, участник кружка молодых историков С. В. Сигрист писал о судьбах своих товарищей: «...ради сытого куска и жизни в Ленинграде далеко не каждый из нас шел на проституирование любимой науки. Большинство поставило крест над научной работой, не писало бесстыдных статей, жило скромно по ссылкам. Мы добывали хлеб уроками языков и случайными заработками. В этом заключался наш подвиг. Так текла жизнь большинства моих однодельцев... Мирно и скромно закончили они свое печальное житие».
