В первый месяц кампании 1869 года Бутаков практиковал «крейсерства» на рейде, при котором суда, двигаясь полным ходом, по очереди огибали суда, стоявшие на рейде, выписывая сложные восьмерки. Затем флагман добивался слаженности в маневрах отрядов однотипных судов1497.
29 января 1868 года Бутакова назначили старшим флагманом Балтийского флота. 1 января 1869 года ему пожаловали аренду по 2000 рублей на 12 лет. А 3 июля 1869 года на Транзундском рейде проходил высочайший смотр флоту, и довольный Александр II пожаловал моряку звание генерал-адъютанта со следующими словами: «Я тебя благодарю прежде всех и поздравляю моим генерал-адъютантом. Я уверен, что ты останешься таким, каким я тебя всегда знал». По повелению Императора Бутакова командировали на Черное море. Затем, в 1870—1876 годах, вице-адмирал командовал броненосной эскадрой в финляндских шхерах и Балтийском море. В 1871 году он был удостоен ордена Св. Владимира II степени, 1 января 1874 года — ордена Белого орла, в 1875 году получил прусский орден Красного орла I степени и шведский орден Меча1.
Не всегда все обходилось гладко. Из-за технических недостатков судов летом 1869 года при повороте броненосная батарея «Кремль» протаранила фрегат «Олег», быстро затонувший. Только решительные действия экипажа спасли получившую пробоину броненосную лодку «Русалка». Потому Бутаков поддержал предложения лейтенанта С.О. Макарова иметь на кораблях готовые пластыри и оборудовать трюмы водоотливной системой труб. Уже летом 1870 года предложенный Макаровым пластырь применили при спасении парохода «Ильмень». Бутаков поддерживал новаторскую деятельность офицеров, которые занимались усовершенствованиями в разных отраслях морского дела, и успехи изобретателей отмечал в приказах. При нем были испытаны и одобрены механический привод штурвала, «стволики» в стволах крупнокалиберных орудий для удешевления учебных стрельб1498 1499.
Сам вице-адмирал нередко предлагал усовершенствования. Он немало занимался минным делом. В 1867 году на эскадре Бутаков организовал временную школу минеров. С 1868 года на специально оборудованной канонерской лодке проводили опыты с подведением мины под дно неприятельского корабля. Параллельно испытывали первые образцы трала. Занимавшийся минным делом лейтенант В.А. Терентьев зимой читал курс лекций офицерам, чем предвосхитил минные офицерские классы, созданные в Кронштадте через несколько лет. Деятельность Бутакова по исследованию возможностей минного оружия была оценена комиссией Путятина. В кампанию 1869 года моряки продолжили опыты с применением шестовых мин. Осенью вице-адмирал основал минную школу для офицеров, в первую очередь добровольцев. С кампании 1870 года учения с атаками минных катеров на броненосцы стали систематическими. С 1873 года для отражения минных атак начали применять введенные Бутаковым на некоторых кораблях электрические прожекторы. В 1874 году на.флоте учредили должность заведующего минной частью, а 1 октября — Минные офицерские классы и Минную школу для матросов. Во многом это явилось заслугой Г.И. Бутакова1.
По проекту Бутакова в 1874 году на броненосном фрегате «Петропавловск» установили по бортам десять четырехфунтовых пушек на станках, позволяющих стрелять по атакующим миноносцам. Фрегат стал первым в мире кораблем с противоминной артиллерией1500 1501.
Проводили на эскадре учения и по использованию тарана; чертежи эволюций после кампании раздали офицерам для руководства. Иностранные офицеры, приезжавшие в Россию для изучения опыта, интересовались именно этой стороной дела1502.
Бутаков с неудовольствием воспринял уменьшение срока службы после военной реформы до 7 лет. Он считал, что этого мало для подготовки технических специалистов1503. Со временем его опасения оправдались. Проблему решили увеличением численности сверхсрочников на флоте и набором матросов из числа рабочих, имевших представление о технике.
После заседания Морского технического комитета в феврале 1877 года, на котором рассматривали тип современного броненосца, Бутаков подготовил и подал записку, в которой утверждал, что Россия не имеет ни броненосного, ни крейсерского флота, располагая массой прекрасных, но единичных судов. Он предложил строить крейсеры и броненосцы сериями, проектируя их в соответствии с предполагаемыми задачами флотов, и готовить для них кадры1504.
С началом Русско-турецкой войны 1877—1878 годов генерал-адмирал принял командование броненосной эскадрой Балтийского флота. Бутакову поручили командование отрядом этой эскадры1505. В начале войны отряд вице-адмирала установил минные заграждения у Выборга, Дина-мюнде и Свеаборга. Когда весной 1878 года возникла опасность появления британского флота, Г.И. Бутаков предложил держать отряды минных катеров в Кронштадте, Свеаборге, Роченсальме, Бьорке, Нарве, послать в Свеаборг отряд броненосцев, создать на побережье линии оптического телеграфа, связав им наблюдательные пункты со столицей, установить минные банки в разных местах Финского залива. Он показал слабость обороны Кронштадта и Санкт-Петербурга. По рекомендации флотоводца совещание приняло решение усилить минные заграждения, прикрыв их артиллерией береговых батарей и кораблей, дополнительно оснащенных мортирами1.
В 1877 году Г.И. Бутакова наградили орденом Св. Александра Невского1506 1507. 16 апреля 1878 года его произвели в адмиралы и вскоре назначили начальником береговой и морской обороны Свеаборга. Моряк привел в Свеаборг отряд старых броненосцев. В новом качестве он занимался многочисленными работами по усилению крепости, подготовке мин заграждения и т. п. Пришлось исправлять многие недочеты мирного времени, в том числе и следствия злоупотреблений1508.
Участник обороны Севастополя настолько привык пренебрегать собственной безопасностью, что немало труда стоило доказать, что ему следует управлять боевыми действиями с командного пункта, расположенного на горе, а не идти в бой впереди эскадры1509.
Бутаков, имея флаг последовательно на броненосном фрегате «Петропавловск» и пароходе «Смелый», плавал в Финском заливе1510. Занимаясь вопросами подготовки судов, стоявших в Свеаборге, летом 1878 года Бутаков приказом ввел первый в мире шлюпочный трал для обнаррке-ния и уничтожения якорных мин1511.
После заключения Берлинского договора 1 июля 1878 года Бутаков с эскадрой вернулся в Кронштадт. Адмирала перевели на берег. Однако он не отошел от дел флота. В 1879 —1880 годах моряк разработал и организовал морскую игру, которая под его руководством проходила еженедельно в собрании Русского технического общества1512.
1 января 1881 года Г.И. Бутакова назначили главным командиром Санкт-Петербургского порта1513. Вскоре после вступления в должность адмирал подал управляющему Морским министерством записку о перспективах развития флотов. Он полагал, что Россия, как великая держава, должна иметь на Балтике флот, равный флотам Германии, Швеции и Дании, на Черном море — турецкому, а на Дальнем Востоке — китайскому и японскому. Адмирал считал, что необходимо для Балтийского флота иметь 12, а для Черноморского — 8 броненосцев типа «Петр Великий», дополненных миноносками типа «Батум»1514. Он возражал против постройки кораблей за границей: «Корпуса броненосцев и даже больших крейсеров должны безусловно быть построены на наших отечественных верфях, но это не должно служить препятствием к приобретению из заграницы всех тех материалов, которые мы не можем легко и своевременно получить от отечественных заводов»1.
Сохраняя интересы России, адмирал выступил против невыгодного контракта с Балтийским заводом на постройку броненосного фрегата «Владимир Мономах», считал, что запрошенная сумма чрезмерна, и требовал ее обоснования1515 1516. Инженер завода А.Н. Самойлов подсчитал, что смету завысили на 25 процентов. Тяжба Бутакова с управляющим Балтийским заводом М.И. Казн вылилась в скандал. Статья на страницах газеты «Голос» намекала, что за спиной управляющего стояли «сильные мира сего». Под давлением свыше редакции пришлось давать опровержение1517. Однако начиналось новое царствование, и 13 июля Великого князя Константина Николаевича освободили от должности генерал-адмирала, его сменил Великий князь Алексей, а управляющим Морским министерством стал И.А. Шестаков. Последний был другом Бутакова, но вынужден был пожертвовать дружбой. В марте 1882 года Бутакова сняли с должности главного командира порта и назначили в Государственный совет. Адмирал тяжело переживал свое увольнение и в ночь на 31 мая 1882 года скончался от апоплексического удара1518.
