Благоприятной была система базирования флота, который на всем протяжении северного побережья Черного моря от Одессы до Батуми имел хорошо оборудованные базы и порты.

Главной военно-морской базой флота являлся Севастополь, в котором имелись многочисленные бухты, обеспечивающие стоянку кораблей, укрытые под землей склады с топливом, боеприпасами, военным снаряжением.

Расположенная на Крымском полуострове база занимала господствующее положение на Черноморском театре, обеспечивая маневр силами флота в любом направлении и досягаемость румынских нефтепромыслов в Плоешти и нефтехранилищ в Констанце.

В связи с этим обстоятельством в Севастополе базировались основные силы Черноморского флота — эскадра, отряд легких сил, бригады крейсеров, подводных лодок, торпедных катеров и других кораблей. Так, корабли эскадры стояли на якорях в Северной и Южной бухтах Севастополя.

Оборона военно-морской базы осуществлялась силами охраны водного района (командир — контр-адмирал В.Г. Фадеев, военком — полковой комиссар Б.В. Сучков, начальник штаба — капитан 2 ранга В.И. Морозов), в которые входили два дивизиона тральщиков, дивизион сторожевых катеров, охрана рейдов, береговая база и судоремонтная мастерская. Подходы к Северной бухте со стороны моря были прикрыты минными заграждениями, тремя рядами бонов и противолодочными сетями.

В районе базы была установлена круглосуточная позиция дальнего дозора, расположенная за внешней кромкой минного заграждения, а за его внутренней кромкой находились четыре круглосуточные позиции ближнего противолодочного дозора, который несли эсминцы, тральщики, морские охотники.

Противокатерная оборона осуществлялась силами охраны водного района во взаимодействии с другими силами и дозорной службой, для чего в оперативном подчинении командира ОВР находился противокатерный дивизион береговой обороны (4 батареи 45-мм орудий).

Для своевременного обнаружения подхода подводных лодок и торпедных катеров противника к зонам бонового заграждения в распоряжении командира охраны рейдов находились гидроакустическая станция и два сигнально-наблюдательных поста. Для огневого воздействия по противнику на Константиновском равелине, рядом с зенитной батареей, располагались пулеметные расчеты.

На начало войны все корабли охраны водного района главной базы флота находились в Стрелецкой бухте, за исключением одного дивизиона базовых тральщиков, который после окончания флотского учения зашел для заправки топливом в Одесский порт.

Сухопутную оборону Крыма и Севастополя обеспечивали части 9-го стрелкового корпуса Одесского военного округа и взаимодействующие с ним береговая оборона, корабли и авиация флота. Для улучшения организации противовоздушной и противодесантной обороны главной военно-морской базы в мае 1941 года вся территория, начиная от центра Севастополя, была разделена на три сектора, Севастопольский и Балаклавский боевые участки, подчиненные коменданту береговой обороны. Для занятия обороны на этих участках были привлечены все части Севастопольского гарнизона, включая и Военно-морское училище.

Большую силу представляла собой береговая оборона главной военно-морской базы (начальник артиллерии — полковник Б.Э. Файн), где было сосредоточено около половины всей береговой артиллерии Черноморского флота. Три отдельных артиллерийских дивизиона (10 береговых батарей), расположенных по побережью от Николаевки до Балаклавы, обеспечивали надежное прикрытие базы от нападения противника с морского направления.

Летом 1941 года для обеспечения обороны Крымского полуострова с суши был сформирован Каркинитский сектор береговой обороны, в который вошли 120-й отдельный артиллерийский дивизион и несколько отдельных батарей (всего 8 стационарных и 2 подвижные батареи). На Арабатской стрелке, в 8 км от Геническа, была также установлена батарея (4 орудия 127-мм калибра).

2, Стационарная …… 100 … 4 … Константиновский мыс … Ст. лейтенант Дзампаев С.З.

8, Стационарная …… 45 … 4 … Южная сторона … Данные не установлены.

10, Стационарная …… 203 … 4 … Р-н Мамашай … Капитан Матушенко М.В.

13, Стационарная …… 120 … 4 … Южная сторона … Данные не установлены.

14, Стационарная …… 152 … 4 … Стрелецкая бухта … Ст. лейтенант Халиф Г.И.

18, Стационарная …… 152 … 4 … Мыс Феолент … Лейтенат Дмитриев Н.И.

19, Стационарная …… 152 … 4 … X. Максимовичи … Капитан Драпушко М.С.

30, Башенная …… 305 … 4 … Д. Любимовка … Капитан Александер Г.А.

35, Башенная …… 305 … 4 … Мыс Херсонес … Ст. лейтенант Лещенко А.Я.

54[158], Стационарная …… 102 … 4 … Д. Николаевка … Лейтенант Заика И.И.

Противовоздушную оборону Севастополя обеспечивали 61-й флотский (командир— подполковник В.П. Горский) и два оперативно приданных зенитно-артиллерийских полка, несколько отдельных дивизионов, 215-й отдельный дивизион аэростатов заграждения (полковник И. Вакатов), пулеметный и прожекторный батальоны, батальон ВНОС, отдельная радиорота, оснащенная радиоулавливателями типа «РУС-1», дымомаскировочный отряд. В стадии формирования находился 62-й флотский зенитно-артиллерийский полк (командир — подполковник Н.С. Ушаков).

Всего 100 зенитных орудий калибра 76–85 мм, установленных в районах Евпатории, Саки, Сарабуза, на господствующих высотах Мекензиевых Гор, Сапун-Горе, 46 зенитных пулеметов и 27 прожекторов охраняли небо над Севастополем.

На аэродромах Евпатории и Качи базировались 8-й (командир — полковник К.И. Юмашев) и 32-й (командир — майор Н.З. Павлов) истребительные полки 62-й авиационной бригады, насчитывавшие около 100 самолетов.

Была сильно укреплена и Одесская военно-морская база (командир — контр-адмирал Г.В. Жуков, военком — полковой комиссар СИ. Дитятковский, начальник штаба — капитан 2 ранга К.И. Деревянко), включавшая в свой состав береговую артиллерию, Очаковский укрепленный сектор, 32-ю отдельную роту ВНОС, отдельную химическую роту, отдельный стрелковый взвод и другие подразделения.

В Одессе базировались крейсер «Коминтерн», эсминец «Шаумян», отдельный дивизион канонерских лодок (4 ед.), 2-я бригада торпедных катеров (23 ед.), три эскадрильи морской авиации. Охрану водного района обеспечивали два дивизиона тральщиков, отряд сторожевых катеров, подразделения охраны рейда.

Акватория Одесского порта была образована несколькими молами и волноломами, делившими базу на несколько гаваней, в которых были оборудованы несколько причалов для стоянки кораблей. Вход в порт закрывался боновыми заграждениями.

Внушительной силой являлась береговая артиллерия, которая была представлена тремя артиллерийскими дивизионами (6 стационарных и 6 подвижных батарей), насчитывавшими 44 орудия калибра 76–203 мм.

Очаковский укрепленный сектор (комендант — майор П.З. Базилевич) береговой обороны контролировал вход в Днепровско-Бугский лиман. В его состав входили четыре береговые батареи (16 орудий калибра 45–203 мм), установленные в районе Очакова и на острове Первомайский, и 26-й отдельный зенитно-артиллерийский дивизион (6 батарей). После начала боевых действий сектор был усилен пятью орудиями 75-мм калибра, которые были установлены в районе Очакова и на Лагерной косе.