На островах базировались отряд эскадренных миноносцев под командованием капитана 2 ранга С.Д. Солоухина, 2 сторожевых корабля, 6 торпедных катеров, несколько тральщиков и других судов флота и пограничных морских сил. Воздушное прикрытие осуществляли одна эскадрилья 71-го полка и 12-я отдельная истребительная авиационная эскадрилья. На островных аэродромах базировались одна эскадрилья 57-го авиационного полка, 15-я и 85-я морские эскадрильи ближних разведчиков.

К началу войны на островах размещались части 3-й отдельной стрелковой бригады (командир — полковник П.М. Гаврилов) и батальон 16-й стрелковой дивизии из состава войск Прибалтийского Особого военного округа, 69-й отдельный пулеметный батальон, пограничные, инженерные и строительные подразделения. Всего гарнизон Моонзундских островов насчитывал 23 663 человека, имел на вооружении 142 орудия береговой, полевой и зенитной артиллерии, 795 пулеметов.

Штаб береговой обороны Балтийского района размещался на острове Сааремаа (Эзель), на котором также находились штаб и подразделения 10-го пограничного отряда, охрана водного района, отдельный инженерный батальон, батальон связи, авторота, две санитарные роты. Сухопутную и морскую оборону осуществляли основные силы 3-й отдельной стрелковой бригады и береговая артиллерия. Гарнизон острова насчитывал около 16 000 человек.

Всего на острове Сааремаа находилось шесть батарей береговой обороны, насчитывавших 23 орудия калибра 100–180 мм. К середине августа 1941 года были дополнительно установлены еще четыре береговые батареи (8 орудий калибра 100–130 мм) в районах Талику, Кейгусте и на островах Муху (Моон) и Абрука.

Противовоздушную оборону острова осуществляли пять, зенитных батарей, имевших на вооружении 76-мм зенитные орудия, которые располагались в различных местах (батарея капитана В.Г. Дроздова в районе Кихельконна, остальные — в районе Карузе, Когула и на полуострове Сырве).

На острове Хийумаа (Даго) был создан Северный укрепленный сектор береговой обороны Балтийского района (комендант — полковник А.С. Константинов, военком — полковой комиссар М.С. Биленко, начальник штаба — полковник П.В. Савельев).

На острове в разных стадиях строительства находилось еще шесть береговых батарей, но, к сожалению, к началу боевых действий их так и не успели ввести в строй. Сухопутную оборону обеспечивали два батальона и артиллерийский дивизион 3-й отдельной стрелковой бригады, два инженерных батальона. Противовоздушную оборону осуществляли две зенитные батареи, имевшие на вооружении 76-мм орудия. Гарнизон острова насчитывал около 5000 человек.

24, Стационарная открытая …… 4 … 130 … М. Каырусе … Капитан Шелков С.М.

25, Стационарная открытая …… 4 … 130 … Мыс Ундва … ст. лейтенант Зинов А.С.

43, Стационарная открытая …… 3 … 130 … П-ов Кюбассаар … ст. лейтенант Букоткин В.Г.

49, Стационарная открытая …… 4 … 100 … Мыс Паммана … Данные не установлены

315, Башенная …… 4 … 180 … Мыс Сырве … Капитан Стебель A.M.

317, Башенная …… 4 … 180 … Мыс Ни-насте … Ст. лейтенант Османов Д.

1, Стационарнаяоткрытая …… 2 … 152 … Бухта Кейгусте … В строй не введена

б/н, Стационарная открытая …… 2 … 152 … Бухта Лыу … В строй не введена

б/н, Стационарная открытая …… 4 … 180 … П-ов Хундсорт … В строй не введена

б/н, Стационарная открытая …… 3 … 305 … П-ов Сырве … В строй не введена

12, Стационарная открытая …… 3 … 152 … Район Кярдла … Капитан Корзун Г.А.

26, Стационарная открытая …… 4 … 130 … Мыс Тахкуна … Данные не установлены

42, Стационарная открытая …… 4 … 130 … Маяк Ристна … Капитан Волков Ф.И.

44, Стационарная открытая …… 4 … 130 … Мыс Тохфри … Ст. лейтенант Катаев М.А.

149, Стационарная открытая …… 4 … 100 … Мыс Палли … Ст. лейтенант Чесноков С.С.

316, Башенная …… 4 … 180 … Мыс Тахкуна … капитан Никифоров А.А.

Береговые батареи, установленные на острове Осмуссаар, прикрывали подходы к военно-морским базам Палдиски, Рига, Таллинн. В северной и западной частях острова размещались:

— башенная батарея № 314 (четыре 180-мм орудия) под командованием капитана И.Т. Клещенко;

— стационарная открытая батарея № 90 (три 130-мм орудия) под командованием капитана А.И. Панова;

— 45-мм противокатерная батарея.

Воздушное прикрытие осуществляли две зенитно-артиллерийские батареи, имевшие на вооружении 76- и 85-мм орудия.

Подходы к военно-морской базе Палдиски охраняли установленная на полуострове Пакри стационарная 130-мм батарея и две береговые батареи (130-мм и 152-мм), размешенные на островах Малый Рогге (Вяйке Пакри) и Большой Рогге (Суур Пакри), где также были установлены и зенитные орудия. От воздушного нападения противника саму базу непосредственно защищал 83-й зенитно-артиллерийский дивизион, имевший на вооружении двенадцать 76-мм орудий.

Военно-морская база Ханко (командир — генерал-майор С.И. Кабанов, военком — бригадный комиссар А.Л. Раскин, начальник штаба — капитан 2 ранга П.Г. Максимов) входила в систему обороны Ленинграда, обеспечивая устойчивость северного фланга минно-артиллерийской позиции и контролируя морские коммуникации в Финском заливе. Полуостров Ханко (Гангут) был передан Финляндией в аренду Советскому Союзу по договору от 12 марта 1940 года.

К началу боевых действий на полуострове дислоцировались:

— дивизион малых подводных лодок (3 ед.);

— отряды торпедных катеров и малых охотников, звено сторожевых катеров;

— охрана водного района;

— укрепленный сектор береговой обороны (комендант — генерал-майор И.Н. Димитриев, начальник штаба — майор Н.С. Кузьмин), в который входили 29-й (капитан Б.М. Гранин) и 30-й (капитан Г.Р. Кудряшов) отдельные артиллерийские дивизионы;

— две железнодорожные батареи (№ 9 и № 17);

— участок ПВО (18, 93 и 236-й отдельные зенитные дивизионы) под командованием майора Г.Г. Мухамедова;

— 8-я отдельная стрелковая бригада (командир — генерал-майор Н.П. Симоняк, начальник штаба — капитан Г.Р. Кетляров);

— 297-й отдельный танковый батальон капитана КЛ. Зыкова, имевший на вооружении танки Т-26 и пулеметные танкетки;

— пограничный отряд майора А.Д. Губина;

— отдельные инженерные и строительные части окружного подчинения;

— управление железной дороги с 8-м железнодорожным батальоном;

— санитарный отдел с военно-морским госпиталем;

— управление коменданта города;

— тыл базы.

Военно-воздушные силы базы состояли из одной эскадрильи 13-го истребительного полка (23И-153и И-16) под командованием майора А.В. Ильина и 81-й авиационной эскадрильи ближних разведчиков (12 МБР-2) под командованием капитана В.Н. Каштанкина.

Всего гарнизон военно-морской базы насчитывал около 25 000 человек.

Прикрытие базы со стороны моря осуществляли 10 стационарных береговых батарей (всего 36 орудий калибра 45–305 мм).

После начала боевых действий противокатерная оборона полуострова была дополнительно усилена еще тремя батареями (по два 45-мм орудия), установленными на островах Куэн, Бреншер и Густавсверн. Противовоздушную оборону базы обеспечивали около 50 орудий зенитных батарей, размещенных в разных местах Ханко и на островах Руссарэ, Деден, Тальхольмарне, Гуннарсэрар.