Арестованных продержали в тюрьме три месяца, но в синагогах Варшавы продолжали молиться за победу поляков и пели польский национальный гимн. Евреи вели агитацию среди рабочих, нелегально перевозили оружие, и шестеро из них оказались в первой партии арестантов, отправленных на поселение в Сибирь. Поляки даже упрекали крестьян, "что они хуже жидов, потому что жиды пристали уже к панам, а они держат сторону москалей". В 1863 году восставшие уже сражались против русских войск в Польше, Литве и Белоруссии, и им важно было привлечь на свою сторону полмиллиона польских евреев. Повстанцы выпустили прокламацию на польском и еврейском языках, которая заканчивалась такими словами: "Когда с помощью Всевышнего освободим страну от московской неволи, мы сообща будем наслаждаться миром. Вы и дети ваши станете пользоваться всеми гражданскими правами без ограничений, ибо народное правительство не будет спрашивать о вере и происхождении, а только о месте рождения".

Эти обещания будущего равноправия привлекали молодежь, и в отрядах повстанцев появились еврейские добровольцы. Варшавская община собирала средства на нужды восстания, а когда повстанцам срочно нужны были деньги, они шли к богатым евреям и получали необходимое. Бывали даже случаи, когда евреи распространяли среди крестьян воззвания ксендзов и сообщали восставшим о передвижении русских войск. "Евреи были для нас якорем спасения, - писал участник восстания. - Они предостерегали нас от всякой опасности и охотно давали нам разные советы". Некий безымянный еврей провез через границу, с риском для жизни и безо всякого вознаграждения, тысячи снарядов для повстанцев. Барух Шепсес из Вильно рассылал по всей Литве нелегальную литературу. Аарон Эйзенберг, богатый торговец железом, спасал арестованных повстанцев и "считал своей обязанностью служить обществу, которое его предкам оказало гостеприимство". Леон Ионас погиб вместе с другими добровольцами, прикрывая отход своего отряда. Филипп Кагане потерял в бою правую руку и, оправившись от раны, вернулся в свой отряд и снова сражался. Александр Эдельштейн был изранен саблями, вылечившись, снова сражался, попал в плен, бежал из тюрьмы и погиб в одном из боев. Йосеф Абрам, портной из Желехова, не выдал под пытками расположение своего отряда и был замучен насмерть. Список евреев, участников того восстания, пестрит краткими сообщениями: "участвовал в битвах…, изранен саблями…, особо отличился…, взят в плен…, повешен…, расстрелян…, пронзен пулей…, погиб под Лодзью…" "Мы видели евреев в рядах борцов, - вспоминал современник, - мы видели их в организациях на постах руководителей, энергичных и активных, и даже некоторые паны че оказались такими щедрыми, как евреи". После подавления восстания, евреев - наравне с польскими повстанцами - сажали в тюрьмы, сдавали в солдаты, наказывали плетьми и ссылали в Сибирь на поселение и на каторгу.

Но польское восстание затронуло, в основном, немногочисленную еврейскую интеллигенцию. Все остальное еврейское население не участвовало в восстании, а в Литве и Белоруссии ему даже не сочувствовало. Многовековая неприязнь к евреям прорывалась время от времени, и бывали случаи, когда повстанцы расстреливали или вешали евреев за одно только подозрение в шпионаже. И опять, в который уж раз, евреи оказались между двух огней, и очень сложно было решить в тот момент, кого поддерживать, а кого остерегаться. "И поляки, и русские, - писал современник, - желают иметь евреев в своем лагере, и обе стороны требуют жертв и денег". Порой евреям не доверяли и те, и другие, и их нейтралитет во время военных действий рассматривали, как измену. "Я как-то спросил еврея-ремесленника в Вильно, - писал путешественник, - чью сторону держали евреи во время бывшего восстания: русских или поляков? На это последовал умный ответ: "Для нас, евреев, Россия - это отец, а Польша - мать. Когда отец с матерью ссорятся, тогда детям нет надобности вмешиваться в эту ссору".

Польское восстание подтолкнуло правительство к усиленной русификации Западного края, и это, конечно же, отразилось и на евреях. В 1870 году Александр II путешествовал по Царству Польскому и к своему удивлению увидел в городах и местечках массу евреев в долгополых костюмах и с длинными пейсами. Разгневавшись, царь приказал - для "слияния евреев с коренным населением" - "соблюдать во всей полноте" старые, неотмененные еще законы о запрещении еврейской одежды. Местные власти энергично взялись искоренять "безобразные костюмы и пейсы хасидов", и некий полицейский чин даже издал по этому поводу грозный приказ: "Весьма нужное! Немедленно объявить Гутману Раппопорту и Мордку Гольдраду, чтобы они изменили одежду свою на русскую или на немецкую по собственному их выбору, и чтобы обрезали пейсы по верхнюю часть уха - во избежание взыскания… Бороды разрешается носить обыкновенные, круглой формы, какие носят лица других исповеданий, но отнюдь не остроконечные, завитые или к низу раздвоенные…" Это наступление на бороды, пейсы и костюмы снова ни к чему не привело, но вопрос о "еврейской обособленности" поступил на рассмотрение Государственного Совета.

Незадолго до этого объявился в Вильно крещеный еврей из Минска по имени Яков Брафман и стал печатать в русской газете статьи о реформе еврейского быта. В этих статьях он цитировал и разъяснял некоторые документы еврейских общин, которые, как он уверял, раскрывали "тайны еврейского кагала" и будто бы доказывали, что евреи - это "государство в государстве" и законы страны для них не обязательны. Статьи Брафмана произвели впечатление на местные власти, его оставили в Вильно и поручили и далее собирать кагальные акты "для издания их с переводом на русский язык для правительственных соображений". Писатель Л.Леванда отметил тогда: "Известный вам архипройдоха Яков Александрович (Брафман), воспользовавшись теперешним настроением русского общества нашего края, приехал в Вильно, чтобы принести и свою лепту на алтарь, на котором хотелось бы многим изжарить и съесть его бывших единоверцев… Если бы вы видели, какого ученого и мыслителя он корчит из себя, благодаря чужим статьям, которые он выдает за свои!… Заносчивость его возрастает с каждым днем; суждения его… о мыслителях, которых он, впрочем, не читал и даже не видал, достойны - оплеух".

Вскоре Брафман издал за казенный счет свою знаменитую "Книгу кагала. Материалы для изучения еврейского быта", где собрал сотни подлинных постановлений из книги записей минской общины конца восемнадцатого - начала девятнадцатого века. Брафман плохо знал еврейский и русский языки, и потому переводили документы на русский язык ученики раввинского училища, "едва вышедшие из детства". Их перевод грешил многими ошибками, вплоть до полного искажения подлинного смысла, а разъяснения и комментарии Брафмана часто противоречили содержанию документов, потому что он не знал основ еврейского права и особенностей того времени, к которому эти документы относились. Это не помешало Брафману утверждать, что упраздненый к тому времени кагал на самом деле властвует в общинах, собирает в свою пользу налоги, поддерживает еврейскую национальную обособленность и вызывает вражду к христианам и к правительству. Вывод его был таков: следует распустить еврейскую общину и закрыть все ее религиозные и благотворительные учреждения, иначе "всемирный кагал" и дальше будет эксплуатировать население страны и, в конце концов, завоюет всю Россию.

Многие еврейские раввины и писатели доказывали тогда, что "Книга кагала" изобилует ошибками, добавлениями и умышленными искажениями. Вскоре ее издали вторично, за счет правительства, исправив ошибки перевода, и рассылали по многим учреждениям страны, чтобы чиновники были готовы к надвигавшейся "опасности". "Книга кагала" стала очень популярной в те времена: газеты ее цитировали, власти часто ссылались на нее, как на неоспоримый авторитет, а впоследствии то же самое делали и антисемиты. Даже члены Государственного Совета ознакомились с книгой Брафмана и учредили новую комиссию, поручив ей изыскать пути "к возможному ослаблению общественной связи евреев, их замкнутости и фанатизма".