Першою історичною працею Грушевського стала робота «Южно-русские господарские замки в половине XVI века». Після написання кількох історичних і історико-літературних статей і рецензій в журналах і газетах, на третім курсі університету Грушевський взявся до праці на запропоновану своїм керівником, професором Антоновичем тему: «История Киевской земли от смерти Ярослава до конца XIV века».
Ця робота отримала золоту медаль, бо була вже доволі серйозною, «достиглою», як казав про неї сам Грушевський. В 1891 році її видали у Києві, а молодого вченого зробили професорським стипендіатом на кафедрі руської історії.
Грушевський пише про ці події в автобіографії: «Перші роки університету я віддав праці в семінаріях (практич. заняттям) і викладам; з тих семінарійних праць була видрукувана потім одна (писана 1887 p., а кілька разів потім перероблена): «Южно-русские господарские замки в половине XVI века» – моя перша історична «праця» (перед тим було кілька історичних і історико-літературних статей і рецензій в журналах і газетах – вони вказані в покажчику «Наукового збірника» 1906 р.). З курсів і приватної лектури на розвій мого наукового світогляду й інтересів мали особливо курси й праці з сфери суспільної економії, економічної історії, археології, державного права й історії права. На третім курсі я взявся до більшої праці на предложену факультетом (проф. Антоновичем) тему: «История Киевской земли от смерти Ярослава до конца XIV века». Праця дістала золоту медаль, і я був зіставлений при університеті професорським стипендистом по кафедрі руської історії. Се була вже робота досить дозріла: викінчена в 1890 році й потім видана (Київ, 1891, ст. XVI – 520), вона викликала дуже похвальні відзиви в наукових сферах, і на її підставі пізніше я був предложений кандидатом на кафедру історії у Львові».
Грушевському пощастило з науковим керівником. Володимир Антонович був одним з головних представників українського національного руху другої половини XIX століття. Незважаючи на численні тактичні компроміси, головний курс громадської діяльності Володимира Антоновича був завжди послідовним, виправданим і патріотичним. Крім того, Антонович був найвидатнішим українським істориком того часу, фундатором традиції документалізму в української історіографії, саме він заснував першу українську школу істориків.
Вже своєю першою історичною роботою Грушевський спростував російський погляд на українську історію. Спираючись на історичні документи різних народів (арабського, перського, польського та багатьох інших), молодий історик довів, що київський період належить саме до української історії, а московська історія бере свій початок від заснування Московського князівства. Подібних поглядів на українське історичне минуле дотримувалися деякі польські історики. Але поляки вважали, що українська історія закінчувалася часом, коли українські землі увійшли до складу Польщі.
Грушевський у своїх наукових працях показав, що, хоча певний час українські землі належали полякам, народ боровся за існування своєї мови, звичаїв та традицій, тому нема підстав змішувати українську історію з польською.
У цей же період починається захоплення Грушевського соціологією. Великий вплив на формування соціологічних поглядів Грушевського мало його знайомство з ідеями О. Конта і Г. Спенсера. Ще з 1890-х років Грушевський вивчав праці представників французької соціологічної думки, насамперед Габріеля Тарда, Еміля Дюркгейма та Люсьєна Леві-Брюля. Як мислителю, що формувався під впливом народницької школи, йому імпонували погляди Е. Дюркгейма та його однодумців, які прагнули віднайти колективістське підґрунтя явищ історії і культури.
Коли Михайло Сергійович вже мав чимало зібраного матеріалу, йому почало здаватися, що чогось все ж не вистачає. Але він пам’ятав про обіцянку не брати участі в ніяких студентських гуртках. Тим часом політична ситуація у країні не змінювалася – українську мову за царським наказом повсюди забороняли. А молодий історик вже добре розумів, якою важливою є для нації власна мова. Крім того, Грушевському хотілося, щоб весь написаний ним матеріал побачив світ, потрапив до тих людей, кому була присвячена ця праця. Тому, незважаючи на батьківський наказ, юнак згодом починає свою широку соціальну діяльність. Під кінець свого навчання в університеті Грушевський вже був частим гостем у літературних і політичних українських кружках. Потім він самостійно займався організацією подібних гуртків.
Згодом молодий і талановитий публіцист став брати участь у закордонних українських виданнях, у виданні перших книжок «Записок Наукового товариства імені Шевченка». Перша така книжка вийшла у 1892 році і розпочиналася статтею Михайла Грушевського «Громадський рух на Вкраїні-Руси в XIII віці», що було для молодого вченого доволі почесно.
На початку 1891 року В. Антонович повернувся з подорожі по Галичині і розповів своєму найкращому учневі Михайлу Грушевському про плани кафедри української історії Львівського університету. Антоновича хотіли зробити її завідуючим, але він вже почував себе недостатньо енергійним для цього. Тому замість своєї кандидатури він запропонував молодого й перспективного Михайла Грушевського.
Грушевський не міг стримати радощів з приводу того, що його активна праця почала приносити плоди, що його поважають визнані вчені. Він добре знав і про українське культурне становище на Галичині, і те, що зацікавлені кияни сподівалися створити там всеукраїнський культурний, літературний і науковий центр. При концентруванні письменників і учених всієї України на Галичині можна було б ефективно використовувати сприятливі умови для боротьби проти заборони української мови в Російській імперії.
Молодий Грушевський відчував у собі великий потенціал. Скільки б не було написано або зроблено, йому завжди цього здавалося замало. Вже тоді, мабуть, відчував він, що на ньому лежить велика відповідальність за його народ. Думки про створення кафедри української історії не йшли з його голови ні на мить. Чи вартий він того, щоб стати завідуючим кафедрою? Ці сумніви змушували молодого Грушевського постійно самовдосконалюватися і працювати з великою віддачею.
У пошуках наукових джерел Михайло Сергійович працював на Поділлі, а саме у місті Кам’янець-Подільський, разом із своїм науковим керівником В. Антоновичем. Тут він вивчав у фондах історичного музею різноманітні рукописи, брав участь у засіданнях Подільського єпархіального Історикостатистичного комітету.
У цей час на дністровських кручах поблизу Старої Ушиці, біля Ушицького скельного монастиря доби XII—XIV століть, проходили розкопки, які очолили В. Антонович і Є. Сіцінський. Долучився до цих розкопок і Грушевський.
Під час цієї праці між Грушевським і Єхимом Сіцінським зав’язалася дружба. Сіцінський вирізняв молодого Грушевського з-поміж інших як дуже талановитого історика. Спеціально заради Грушевського Сіцінський протягом 1891—1893 років розшукував на Поділлі документи з проблематики, якою цікавився Грушевський. У цих пошуках йому допомогли священики сіл Летичівського повіту (Радівці, Галузинці, Липовці, Явтухи, Васютинці, Віньківці та ін.). У своєму листі до Грушевського від 1 грудня 1891 року Сіцінський писав: «Вельмишановний Михайло Сергійович! Висилаю Вам оригінал відповідей семи священиків… Зверху на відповідях я поставив адреси священиків на випадок, якщо буде потрібно Вам звернутися до кого-небудь з проханням пояснити написане…» Всі ці матеріали були використані Грушевським в статті «Етнографічні дані про Барську околичну шляхту до кінця ХVШ ст.» та в книзі й дисертації «Барське староство».
Дружба двох істориків згодом стала такою міцною, що все написане вони у першу чергу надсилали один одному на рецензію. Про це свідчить їхнє листування. У листі від 5 листопада 1891 року Сіцінський пише: «Сердечно дякую за надіслану книгу «Історія Київської землі». Не торкаючись її наукових принад (про що я не можу говорити), скажу тільки, що крізь серйозну наукову оболонку Вашої праці проглядає щира любов до свого рідного краю».
