На чолі козацького війська, або «коша», стояв виборний кошовий отаман. Військо поділялося на полки, підпорядковані виборним полковникам. У свою чергу полк поділявся на сотні, а сотні – на десятки, або курені, якими керували відповідно сотники та курінні отамани. Крім того, на Січі існували й інші посади. Так, скарбник та підскарбій зберігали військові скарби; обозний керував гарматами та постачанням військового припасу; писар – військовою писарнею, підписував разом з кошовим офіційні документи і підтверджував їх військовою печаткою, на якій був напис: «Печать Війська Запорозького» або «лицарства Запорозького» чи «козацького».
З часом січове козацтво перетворилося на своєрідний лицарський орден, що вимагав від своїх членів суворої дисципліни й самопожертви. В Запорозьку Січ міг потрапити кожний бажаючий, але за таких умов: бути вільною й нежонатою людиною (перебування в ній жінок та дітей суворо заборонялося), розмовляти українською мовою, сповідувати православну віру й пройти певне військове навчання. У вільний від військової справи час козаки займалися різними ремеслами, торгівлею, випасанням худоби та коней, рільництвом, бортництвом, полюванням та рибальством. Але для багатьох козакування згодом перетворилося на постійне заняття.
Козаки були чудовими зброярами, виробляли порох. Зі зброї у вжитку в них були рушниці, якими вони почали озброюватися з 1511 року, пістолі, списи, шаблі, самопали, келепи – бойові молотки, сагайдаки, якірці, ножі, панцери, пищалі та гармати. Але особливо відзначалися майстри запорозьких бойових човнів. Їхні швидкоплинні веслові дубичайки вироблялися зі стовбурів липи або верби. Вони вміщували близько 50—70 козаків зі зброєю і кілька гармат. Ці човни успішно змагалися з турецькими галерами, були маневрові й легко долали відстані до Кафи, Варни, Стамбула та інших поселень на узбережжі Чорного моря.
Козацьке військо, як і будь-яке інше, мало свою військову атрибутику, тобто клейноди, – корогви (прапори), булави, перначі, бунчуки, печатку з гербом тощо.
Усі важливі питання свого життя козаки вирішували на загальних або військових зборах. За звичаєм вони відбувалися в перший день кожного Нового року, першого жовтня, тобто в день Покрови – храмового свята Січі, а також на другий чи третій день Великодня. Але в разі необхідності ради могли збиратися й частіше. На них козацтво обговорювало різні проблеми: про мир або «розмир» із супротивниками, організацію військових походів, розподіл земель і угідь, покарання злочинців, вибори військової старшини тощо. Усі учасники цих рад мали рівні права, які вони доводили гучними вигуками. У вирішуванні питання частіше перемагала та сторона, що найголосніше кричала. Не згодну з рішенням ради меншість примушували до покори більшості. Інколи з цією метою використовувалися погрози або биття. Попри всі недоліки такої системи самоврядування, вона, безперечно, мала певні демократичні елементи, що дає підстави вважати Запорозьку Січ козацькою республікою.
Цікаве свідчення про козацьке самоврядування залишив посол Венеціанської республіки Альберто Віміні. Перебуваючи в 1650 році в Запорозькій Січі, він зазначав, що «в раді козаки обмірковують справи, підтримують свої погляди без чванства, маючи на меті спричинитися для загального добра. Якщо визнають кращими погляди інших, без впертості приєднуються до більш правдивого. Через те я сказав би, що ця Республіка може рівнятися до спартанської».
Запорозька Січ стала осередком і твердинею козацтва. Там воно гуртувалося, звідти нападало, там і переховувалося під час небезпеки.
У 1568-му або 1572 році король Речі Посполитої Сигізмунд ІІ Август найняв на державну службу 300 козаків, які були записані в реєстр (список). На відміну від запорозьких козаків, вони стали складовою частиною польсько-литовського війська. Але реєстрове козацтво не було рівним у правах із польсько-литовською шляхтою.
Козаки, обороняючи кордон від татар, вважали, що служать державі. Через те вони не корилися нікому, крім своєї виборної козацької старшини, не знали ніяких обов’язків, крім військових, не платили ніяких – ні державних, ні панських – податків, не відбували панщини, не корилися поміщикам та їхнім судам. Навпаки, вони вважали, що люди, які оселилися на порожніх землях, захищених козаками, повинні платити їм податки. Уряд Речі Посполитої визнавав за козаками тільки деякі права, та й то лише за реєстровими. Але ж не всі козаки були занесені до реєстру, а багато з них навіть не хотіло туди записуватися. Проте реєстрові й нереєстрові козаки однаково воювали проти татар і допомагали державі, через те зовсім не хотіли знати ніяких різниць у «правах і свободах» козацьких.
Уже наприкінці XVI століття Військо Запорозьке завоювало своїми походами гучну славу не тільки в Україні, а й по всій Європі. Так, гетьман Іван Михайлович Сулима мав золотий портрет Папи Римського Павла V – за те, що здобув у битві турецьку галеру і подарував папі триста звільнених бранців.
Православні владики у своєму меморіалі, датованому 1621 роком, так характеризували козацтво: «Щодо козаків – то про сих рицарських людей знаємо, що вони наш рід, наші брати і правовірні християни. Про них думають, що вони простаки, не мають ані знання, ані розуму й були намовлені духовними. Однак вони мають природжений дотеп і Богом подарований розум, і ревність та любов до віри, побожности і церкви між ними живуть і процвітають здавна. Се ж бо те плем’я славного народу Руського, з насіння Яфетового, що воювало Грецьке цісарство морем Чорним і сухопуттю. Се з того покоління військо, що за Олега, монарха руського, в своїх моноксилах по морю й по землі (приробивши до човнів колеса) плавало і Константинополь штурмувало. Се ж вони за Володимира, святого монарха руського, воювали Грецію, Македонію, Ілірик. Се ж їх предки разом з Володимиром хрестилися, віру християнську від Константинопольської церкви приймали і по сей день в сій вірі родяться, хрестяться і живуть. Живуть не як погане, а як християне; мають своїх пресвітерів, учаться письма, знають Бога і закон свій».
Залишив нам опис козацького війська і прусський посол Вайнбер: «Це немолоді, хоробрі люди, на добрих конях, кожний з довгою рушницею в роді шотландських; мають з собою десять польних гармат (декотрі від цісарів Фердинанда III і Рудольфа II), цілим серцем бажають бою».
Ці горді й волелюбні люди не припиняли боротьби з Річчю Посполитою, і в результаті Народно-визвольної війни 1648—1654 років під проводом Богдана Хмельницького була створена Українська козацька держава на чолі з гетьманом. І хоча українських володарів булави обирали, тобто Гетьманщина була чимось на зразок козацької республіки, в очах українців гетьман мав незаперечну владу, не меншу, ніж влада будь-якого короля або царя. Такої ж думки був і Хмельницький: «Я доказав уже, про що не мислив зразу; тепер докажу, що намислив: визволю з лядської (польської) неволі руський (український) народ увесь! Попереду воював я за свою шкоду і кривду, тепер воюватиму – за нашу православну віру. Поможе мені в тім весь народ, по сам Люблін, під Краків, і я народу не відступлю, бо то права рука наша. А щоб ви, підбивши селян, не вдарили на козаків, матиму їх двісті, триста тисяч. За границю війною не піду; на турчина й татарина шаблі не підійму! Досить маю тепер на Вкраїні, на Поділлі й Волині. А ставши над Віслою, скажу дальшим ляхам: «Сидіть і мовчіть, ляхи!» І дуків (воєвод) і князів туди зажену! А як будуть за Віслою брикати, знайду я їх і там, певно! Не стане мені на Вкраїні нога ні одного князя або шляхетки; а схоче котрий з нами хліб їсти, – нехай Війську Запорозькому буде слухняний. Малий я, незначний чоловік, але з волі Божої став самовладцем і самодержцем руським».
Після підписання Зборівської угоди Хмельницький оселився в Чигирині й став заводити новий лад на Україні. Цей договір давав українському народу право не слухатись тих законів, які заведено було польським урядом. Призначена раніше старшина й адміністрація втратили свої права. Скрізь залишилися тільки виборні органи влади, міські та козацькі. Хто не входив до складу козацтва, той записувався в міщани, хоч і жив на селі. Міщани обирали собі свою старшину, а козаки – свою. Козаки ніяких податків не платили, а служили у війську; міщани ж платили і у війську не служили.
