Его начальство заподозрило что NERV и их спонсоры SEELE ведут двойную игру, цели которой совершенно отличны от предполагаемого спасения мира от Ангелов. На деле же они собирались используя Евы и руководствуясь древним пророчеством совершив Третий Удар запустить механизм Комплементации Человечества, в процессе принеся в жертву всех людей порождая единый сверхразум, который бы стал подконтрольным им Богом. NERV, а точнее Гендо Икари и его правая рука Кодзо Фуюцки собирались воспользоваться этой возможностью в своих целях, и вместо зарождения нового управляемого Бога осуществить пересоздание всего мира с нуля, живущего по их определенным правилам. Для этого то и были нужны Рей, в действительности оказавшаяся генетически измененным клоном погибшей жены Гендо Икари Юй, и Синдзи, чье тщательно направляемое психологическое состояние должно было обеспечить свершение их планов. И в тот день, если бы не было Сета, забравшего всю набранную энергию и использовав её в своих целях, то планы Гендо бы были осуществлены. Мир бы погиб, начав весь свой путь заново.
Нападение ВМС США так же было спровоцировано SEELE. Заранее были подготовлены необходимые приказы и поставлены на места свои люди. И как только оказалось что NERV в лице Гендо вышел из под контроля и планы SEELE могут выплыть наружу, был отдан приказ на полное уничтожение всего комплекса и всех связанных с ним людей, обосновав это тем что NERV пытались осуществить Третий Удар. Что в принципе было не далеко от правды.
Но агенту IPEA Кадзи Редзи удалось собрать необходимые доказательства, заранее арестовать отправившихся в Киото Гендо с Фуюцки и если бы не нападение Ангела, то все могло бы закончится гораздо менее кроваво и печально.
К несчастью наибольшим потрясением для всех стало обнародование истинных причин приведших ко Второму Удару. Таинственная научная организация GEHIRN, предшественники NERV, в результате научного эксперимента, вернула к жизни Первого Ангела Адама, и тот не долго думая, поспешил кардинально решить вопрос с человечеством. И пускай его удалось остановить с помощью копья Кассиус, но миллиарды человеческих жизней были уже потеряны.
Сами лидеры SEELE оказались заточенными в древние суперкомпьютеры разумами людей, которые перешли в этот мир из предыдущего витка его истории, где Гендо все таки удалось осуществить Третий Удар, процесс которого пошел не совсем так как он предполагал и в результате вся история мира повторилась практически полностью идентично. Подобная возможность перезапускать мир с нуля сильно напугала правительства всех стран, но Сет и Вальтраута, которым пришлось раскрыв свои истинные сущности поприсутствовать на сверхсекретном разбирательстве, заверили людей что больше подобное не повториться и их мир отныне останется незыблем.
Встреча с настоящими богами немало насторожила мировых лидеров, но поскольку повлиять на это было за гранью их возможностей, было принято решение попросту все засекретить, максимально пресекая утечки информации. Пострадавшим от этого оказался зарождающийся Культ Войны Сета, массово распростроняющийся среди солдат Сил Самообороны Японии участниками битвы у Токио-3. Всем кто был уличен в его последовании, грозило увольнение из рядов армии и серьезные проблемы с законом. Сет конечно сильно возмущался, но приняв доводы Вальтрауты, о том что его сил сейчас не достаточно для оказания постоянной подпитки фанатиков воинственного культа, в конце концов согласился, что так и вправду будет лучше.
Таинственный Белый Евангелион в свою очередь оказался пятым серийных экземпляром Евы и был произведен в Китае, откуда по запросу господина Редзи и был срочно доставлен, вместе с его пилотом Мари Макинамией Илюстриос, японкой британского происхождения.
Машина была запрошена им незамедлительно взамен уничтоженного, в результате захвата Ангелом, Третьего Евангелиона. Четвертая Ева погибла вместе со всем северо-американским отделением NERV, при весьма загадочных обстоятельствах, во время испытания нового модуля автономного питания. Вероятно, как и с Третьей, имело место заражение Ангелом или, что наиболее вероятно, диверсия со стороны SEELE.
Последствием всего случившегося стало закрытие института NERV и передачи всех его наработок и материальных ресурсов в руки IPEA, которое с этого момента собиралось продолжить дальнейшее изучение Евангелионов и их вероятное применение в жизни.
Нулевую и Первую Евы восстанавливать не стали, захоронив их в недрах кладбища Терминальной Догмы. Вторая, после приживления новой руки и ремонта, получила нового пилота. Им стала Аянами Рей, пожелавшая немедленно перекрасить ту в понравившуюся ей белую расцветку, аналогичную подобной у Пятой. Чем не мало позлила Аску.
Все клоны проекта Аянами, кроме имевших разум трех резервных особей, были уничтожены и их останки кремированы, а Мисато Кацураги, после сложной судебной тяжбы, получила опекунские права на трех оставшихся и совместно с Рей, которая основываясь на собственном опыте, решили их социализировать, отправив в частную академию-пансионат в Саппоро.
Сама же Рей, как наиболее опытный из оставшихся пилотов с боевым опытом, получила внеочередное звание старшего лейтенанта Миротворческих Сил ООН и вместе со своей Евой, в компании Пятой, отправилась на Ближний Восток для наведения там порядка. От возможности отправиться в доминион к Хель, девушка отказалась, но с радостью приняла в подарок артефакт для поддержания связи, со ставшей ей почти родной Вальтраутой.
Синдзи Икари был направлен для прохождения незамедлительного психиатрического лечения. Хотя прогнозы были не утешительны и парень вероятно проведет в лечебнице всю свою жизнь.
Гендо Икари и Кодзо Фуюцки как и заточенные в суперкомпьютеры разумы лидеров SEELE получили высшую меру наказания и были различным образом казнены. О чем никто из бывших сотрудников NERV не сожалел. За исключением пожалуй доктора Рицко Акаги, получившей пожизненное тюремное заключение в тюрьме высшего уровня безопасности без права на апелляцию и досрочное освобождение. Она должна была расплачиваться за свершенные ею грехи и содействие преступным планам Гендо и Фуюцки.
Капитан Кацураги и сама только чудом избежала наказания, но по ходатайству Кадзи Рюдзи была исключена из списка подозреваемых.
Мир людей в этот раз умудрился избежать своего полного уничтожения и день разрушения Токио-3 стал днем памяти, не только о жертвах тех кровавых событий, но и памяти о том что в тот раз мир удержался от последнего шага в пропасть.
Сет и Вальтраута вернулись в доминион к Хель, все так же продолжив собачится друг с другом по разному малейшему поводу. Аска вынужденно составившая компанию темному к своему удивлению не была огорчена этим фактом. Новые невероятные вещи увиденные ею в оплоте Владычицы Мира Мертвых, заставили ту забыть о своей печальной судьбе и позволили полностью погрузиться в изучение новых для себя возможностей.
К несчастью для Сета, длительного отпуска у него не получилось и почти сразу по возвращении он снова был вызван к Хель.
- Здравствуй, Сет, - поприветствовала его Хель.
- Приветствую Вас, Госпожа Хель.
- Насколько я слышала ты хотел бы получить отпуск и отдохнуть в свое удовольствие?
- Несомненно так, Ваша Величие.
- А скажи мне Сет, проявил ли ты должное рвение в выполнении возложенной на тебя миссии?
- Думаю да, Госпожа.
- Да? А мне вот кажется слегка иначе. Ты провел несколько месяцев в большинстве своем тратя их на учебу и свободное время препровождение. И только случай позволил тебе выполнить твое задание. Неужели тебе учеба настолько важнее чем мое поручение?
- Да, то есть нет, Хозяйка. У меня не было необходимых сведений и мне пришлось восполнять пробелы в своем образовании.
- Значит пришлось говоришь. Ну ладно. Да будет так, - холодно произнесла она. - Раз тебе так необходима учеба, то я вполне готова тебе посодействовать.
- Спасибо, Госпожа! - склонился в поклоне Сет.
