Вскоре, благодаря своей святой жизни, сирийцы приобрели популярность в столице. Сначала византийцы дивились их странностям, потом стали преклоняться перед ними, и даже сторонники Халкедонского собора, очарованные святостью жизни монофизитских монахов, мало-помалу раскаивались в своем заблуждении и возвращались, умиленные добродетелями пустынников, в лоно монофизитской церкви. Пылкая Феодора дневала и ночевала у своих друзей. Чуть ли не каждый день являлась она к старцам, испрашивая их благословения и раздавая им щедрую милостыню. Она даже упросила в конце концов Юстиниана сопровождать ее, и император в свою очередь, восхищенный умом и добродетелями монахов, готов был чтить и защищать их.

Конечно, в виду этого всеобщего энтузиазма, слухи о всевозможных чудесах необыкновенно быстро распространялись по Константинополю и еще более возвышали в глазах жителей монофизитскую общину. Однажды, говорит легенда, когда в церкви-зале толпилось множество желавшего причаститься народа, среди которого находились по обыкновению женщины и дети, вдруг раздался оглушительный треск. Под напором толпы рухнул пол и обрушившиеся своды погребли под собою массу людей. Крики ужаса и боли огласили монастырь. Но Господь не оставлял своих верных слуг. Придя несколько в себя от страха, все присутствующие поднялись из-под обломков здоровые и невредимые, восхваляя Господа, спасшего их от верной смерти. Узнав об этом чуде, император, императрица, весь двор, весь город прониклись еще большим уважением к святым старцам. И сам Юстиниан счел за честь восстановить за собственный счет обрушившееся здание.

В тяжелые годы, последовавшие за собором 536 года, когда вся империя потрясена была гонением на монофизитов, монастырь св. Сергия — под этим именем известен был в стране приют монофизитов — избежал, благодаря покровительству императрицы, наказания и разрушения. Конечно монахи жили в нем отчасти в почетном плену. Для того, чтобы показываться в городе и вне его, они должны были испрашивать на то особенное разрешение правительства — тем не менее монастырь процветал, пока была в живых Феодора. И даже после ее смерти, в память о ней, Юстиниан продолжал покровительствовать монахам.

В то же время у ворот столицы, под покровительством Феодоры, приютилась другая монофизитская община на восточном берегу Золотого Рога. Этот сирийский монастырь выстроен был на земле, пожертвованной Феодорой Зоорасу, и множество монофизитов жили в нем в мире и молитве. Благочестивый Марас разбил рядом с монастырем монофизитское кладбище, и многие выдающиеся представители его партии были похоронены на этой священной земле. Монастырь, превратившийся таким образом в монофизитскую святыню, процветал. Стоявший во главе его монах Иоанн из Месопотамии пользовался большим расположением императрицы и даже императора, который прощал ему его ересь за ревностное миссионерство в языческих странах. В этом надежном убежище собрались мало-помалу все выдающиеся монофизитские деятели и монастырь превратился в центр кипучей деятельности и ревностной пропаганды.

Таким образом, несмотря на указы, на строгие законы, на страшные гонения, Феодора поддерживала и спасала своих друзей. Она всюду основывала убежища для монофизитов. На острове Хиосе она выстроила рядом с могилой св. мученика Исидора приют для низложенных монофизитских епископов и изгнанных монахов, в Деркасе на Понте Евксинском, куда она должна была отпустить в изгнание во время переворота 536 года сначала монаха Зоораса, потом патриарха Феодосия, она старалась всеми силами смягчить для своих друзей печальное их пленение. Не довольствуясь щедрыми дарами, которыми она их осыпала, она давала возможность массе монофизитов посещать их, стремясь найти у них утешения в горе и бедствии. В особенности хлопотала она о том, чтобы подготовить почву для возвращения их в столицу, стараясь объединить вокруг себя главные силы партии.

Тогда как восточные народности, несмотря на воздвигнутые против них гонения, продолжали всеми средствами отстаивать свою веру, вожди монофизитов, проницательные и деятельные, скоро пришли к убеждению, что только от дворца могут они ожидать восстановления своей церкви, что все их усилия должны быть направлены к тому, чтобы склонить императора на свою сторону, не дать ослабеть спасительному рвению императрицы. Это были хорошие дипломаты. Замыкаясь временами в осторожном ожидании, свято исполняя с виду распоряжения правительства, оставляя на время деятельную пропаганду, избегая проповедей, крещения детей и посвящения епископов и священников — они возлагали все свои надежды на время… и на Феодору. Однако их бездеятельность не нравилась ярым их приверженцам. Среди монофизитов было много фанатиков и они доставляли массу хлопот императрице.

Одним из наиболее пылких вождей монофизитов был низложенный мемфисский епископ Иоанн. Он последовал в изгнание за патриархом Феодосием, но его энергичная и страстная душа, жаждавшая мученического венца, быстро утомилась однообразной и осмотрительной жизнью, которую вели монофизиты в Деркасе. «Нас называют пастырями церкви, — часто говорил он, — а между тем мы позволяем волкам похищать у нас овец. Мы сидим здесь спокойно, когда должны были бы умереть за веру». Он с горестью видел, как из страха перед правительством окружавшие его епископы отказывались преподавать пастырское утешение народу, сбегавшемуся к ним со всех сторон. «Видит Господь, — продолжал он, — я не знаю, что меня удерживает от возможности выйти к верующим со св. дарами в Константинопольском соборе или на форуме». Под предлогом болезни ему удалось добиться разрешения побывать в Константинополе, чтобы посоветоваться с докторами. Чрезвычайно милостиво принятый императрицей, которая сама хлопотала о помещении для него, он скоро начал открытую пропаганду, проповедуя и открывая молитвенные собрания. Более осторожные монофизитские деятели тревожились, находя несколько неуместным это усердие, и говорили, что он бросается «в пасть льву» и может сильно повредить их делу своей стремительностью. И так как египтянин ни на что не обращал внимания, говоря с пренебрежительной улыбкой, что львиная пасть закрывается по слову Господню, его решили потребовать от имени патриарха назад в Деркас. Феодосий, в глубине души искрение восторгавшийся образом действия своего ученика, долго отговаривался тем, что императрица была осведомлена о намерениях Иоанна и следовательно он проповедовал с ее разрешения. Тогда монофизитские епископы обратились к Феодоре, умоляя ее удалить египтянина из столицы, а она, убежденная, что это доставит удовольствие проповеднику, согласилась. Но когда перед Иоанном предстал посол от императрицы и передал ему ее приказание покинуть без промедления столицу под страхом смертной казни, проповедник со своей обычной смелостью кинулся прямо во дворец и допущенный к императрице принялся жестоко упрекать ее за то, что она сговорилась с Юстинианом уничтожить друзей истинной веры. И так как Феодора ничего не понимала в этой речи, он воскликнул:

«Не ты ли приказываешь мне покинуть город? Не ты ли повелеваешь убить меня? Чего же тебе ещё надо?» Феодора, разгневавшаяся на посла, неверно передавшего ее приказания, простила его только по просьбе проповедника. Тем не менее, она попыталась со своей стороны несколько охладить его пыл. «Старайся возможно реже выходить из дворца, — сказала она ему, — чтобы не случилось с тобой чего-нибудь дурного; веди себя спокойнее, и не рукополагай священников в столице». Иоанн был достаточно изворотлив и прибегнул ко «лжи во спасение». «Я не думал о чем-либо подобном, — ответил он, — я приехал сюда исключительно, чтобы попросить твоего разрешения отдохнуть в Константинополе месяц, где-нибудь в пригороде, так как здоровье мое сильно расстроилось». Обрадованная Феодора согласилась на все его просьбы. Но Иоанн воспользовался ее добротою, чтобы отлучиться в Малую Азию, где также принялся за пропаганду. Переодетый в нищенское платье, он дошел до Тарса, проповедуя по пути с большим успехом. Но православных уже стала тревожить его кипучая деятельность. Епископы посылали Юстиниану негодующие письма, что еретический епископ, ускользнувший из столицы, волнует своими речами всю страну. Поспешно возвратясь в Византию, он написал Феодоре письмо, выражая сожаление, что не мог в продолжение целых недель собраться навестить ее, при чем объяснял свое поведение усилившимся за это время нездоровьем. Таким образом, когда открылось следствие по делу и выяснилось, что еретическим епископом не мог быть кто-либо иной, кроме Иоанна Мемфисского, Феодора удостоверила, что он не покидал загородной виллы, которую она ему отвела для отдыха. Посланные императора действительно нашли его там и доносчики со стыдом замолчали. Несколько раз с помощью таких уловок Иоанну удавалось возобновлять свою проповедническую деятельность. Извещенные заранее о его прибытии верные монофизиты толпами стекались в назначенное место. Ночью, соблюдая строжайшую тайну, епископ под охраной часовых причащал верных, рукополагал священников, ободрял колеблющихся и отчаявшихся. И когда православное духовенство узнавало о его прибытии — он уже был далеко. Не менее успешной была его деятельность в столице» и даже остальные вожди монофизитского движения кончили тем, что преклонились перед его непоколебимой храбростью и неослабевающим усердием.