Феодора также слишком заботилась об этикете, чтобы пренебрегать благочестивыми обязанностями императрицы. С обычным своим политическим чутьем она поняла важную роль величия в жизни христианского государства и всю опасность, вытекавшую из равнодушного отношения к церкви. Она с большим уважением относилась к духовенству, к монахам с их строгими лицами, к монахиням в длинных черных одеяниях, отказавшимся от мира и его соблазнов. Она с глубочайшей благодарностью относилась к ним: разве их добродетели, молитвы и посты не способствовали благосостоянию империи? Подобно Юстиниану она искренне удивлялась «этой монашеской жизни, которая приводит к постоянному общению с Богом, которая очищает и возвышает человека над всеми мелочами жизни». Она любила окружать себя отшельниками, которых ласково принимала во дворце, любила рассуждать с ними о духовных вопросах и исповедывалась им. Поучительна история ее отношений с анахоретом Марасом.

Марас представлял чистейший тип пылкого сирийца, пламенная набожность и смелость которого не останавливалась ни перед каким препятствием. Тридцати лет от роду — в самый день своей свадьбы — он почувствовал, что св. дух осенил его и предпочел легкое иго во имя Господа «тяжелому бремени телесного союза». В монастыре он выделялся в среде остальной братии строгостью жизни, суровыми мерами, с какими принялся умерщвлять плоть. Беспощадный по отношению к себе, он не менее сурово судил других. Читателю известно, какую суровую исповедь пришлось выслушать от него Юстиниану и Феодоре. Тем более понравился он императрице: убежденная, что молитва человека такой строгой жизни должна быть всемогущей перед Богом, Феодора предложила ему остаться во дворце. Марас отказался. Тогда императрица приказала своему казначею выдать отшельнику солидную сумму на добрые дела. Блаженный, схватив мешок с золотом, пренебрежительно швырнул его в лицо Феодоре. Слухи об этом распространились по городу, но Феодора не отступала. Когда блаженный удалился на другую сторону Золотого Рога, чтобы продолжать там прежнюю, полную лишений жизнь, Феодора приехала к нему и смиренно попросила прощения за то, что осмелилась подвергать его искушению богатыми подарками, и умоляла принять от нее хоть малую лепту на пропитание. Марас не смягчился и, чтобы окончательно освободиться от посещений Феодоры, удалился в более недоступное убежище.

Весть о странностях Мараса облетела Византию. Тысячи зевак и богомольцев являлись взглянуть на него и попросить его помолиться за грешные души мирян. Милостивое внимание двора привлекло к нему и других посетителей. Однажды ночью на него напали разбойники. «Отдай нам золото, присланное тебе императрицей, или мы убьем тебя!» — объявили ему они. Блаженный возразил: «Если бы я жаждал золота, то меня не было бы здесь». Но разбойники не поверили, и один из них ударил Мараса палкой. Однако сириец отличался страшной силой: он отняв у разбойника палку, расправился со всеми шестью, которых побил и связал, говоря: «Я просил вас, дети мои, оставить меня в покое. Напрасно вы не послушались меня; теперь полежите тут терпеливо до утра, и да послужит вам это хорошим уроком: не следует обижать даже и бедняка».

Весть об этой истории произвела необыкновенное впечатление при дворе. Юстиниан, и Феодора прониклись еще большим уважением к блаженному, что принесло Марасу немало выгоды: он наконец соизволил принять в дар от императорской четы выстроенный для него монастырь, где провел всю свою остальную жизнь, молясь, проповедуя и не лишая себя удовольствия время от времени по-прежнему обличать императора, и императрицу. Когда он умер от чумы, ему были устроены торжественные похороны.

Высокомерная Феодора с удивительной снисходительностью относилась к подобным отшельникам: она безропотно переносила их обличения и оскорбления. Ее величие склонялось в прах перед их лохмотьями. Щедрость ее по отношению к ним переходила все границы: вся Византия покрылась сетью выстроенных ею монастырей, больниц, приютов. Она пожертвовала монаху Зоорасу большой кусок земли в предместье Сикас, куда он удалился со своими учениками; во Фракии она приобрела великолепную виллу Деркас, которую предложила в дар александрийскому патриарху Феодосию; она отвела целый дом в столице Иакову Барадею. Она основывала монастыри даже в самом «священном дворце». Она выстроила несколько обширных гостиниц, чтобы принимать бедных иностранцев, приезжавших по делу в Константинополь. Она любила, чтобы вести о ее благодеяниях распространялись как можно дальше. На вытканной золотой завесе царских врат в св. Софии она была изображена посещающей больных в, госпитале и церкви.

Среди сооруженных ею построек особенно выделялось здание собора св. Апостолов. На холме, где возвышается теперь мечеть Магомета II, увенчанная куполами и полумесяцем, Константин Великий начал строить храм, посвященный св. апостолам, а сын его торжественно перенес в его стены мощи Андрея Первозванного, Луки и Тимофея. Собор этот, по мысли его творца, должен был служить в то же время усыпальницей. В эпоху Юстиниана собор успел прийти в ветхость. Император приказал снести его, а Феодора решила построить на его месте другой, еще более великолепный. В 536 году новое здание было собственноручно заложено императрицей, и знаменитый архитектор, который закапчивал в это время св. Софию, Антемий де Тралль, с товарищем своим, Исидором, принялся за сооружение нового собора. Двойной ряд разноцветных колонн, перевезенных сюда большею частью из языческих храмов, окружал здание, стены, полы и потолки которого выложены были самой затейливой мозаикой из драгоценных мраморов; в сводах и стенах мозаика вместе с образами Христа и св. Девы, окруженных апостолами, представляла изображение главных событий земной жизни Спасителя. Но особенно замечательно было здание своей искусной планировкой. Оно имело форму греческого креста, и тогда как здание св. Софии было увенчано только одним куполом — над собором Апостолов возвышались пять глав.

Феодора с благочестивым усердием следила за постройкою здания, которое доставляло ей немало хлопот. Легенда рассказывает, что когда пришло время выкладывать собор мозаикой, Феодора вдруг увидела, что казна ее иссякла. Тогда на помощь ей пришли апостолы, во имя которых воздвигалась церковь и священные останки которых были чудесным образом найдены во время работ под каменным полом старинной базилики. Андрей, Тимофей и Лука явились ей во сне. «Не тревожься, — сказали они ей, — и не проси денег у Юстиниана. На берегу моря, близ Дексиократских врат, ты найдешь в земле двенадцать сосудов с золотом». Феодора действительно нашла будто бы на указанном месте груды монет с изображениями апостолов — лучшее доказательство божественного происхождения дара. Таким образом Феодора получила возможность закончить строительство.

Но она не дожила до его окончания. И только через два года после ее смерти совершилось торжественное освящение собора. Подобно Константину, она пожелала быть в нем похороненной, и в великолепной часовне приказала поставить две мраморные гробницы, куда поместили впоследствии два золотых гроба с останками императорской четы.

Несмотря на свое благочестие, благотворительность, усердие в делах веры, Феодора не удостоилась одобрительных отзывов церкви. В то время как многочисленные восточные историки называют ее благочестивейшей государыней, в то время, как ее сирийские друзья восхваляют ее, как боголюбивую императрицу, тогда как раздаются голоса, именующие ее ниспосланной Богом для защиты погибающих во время бури, другие, не менее многочисленные духовные писатели, осыпают ее оскорблениями и проклятиями. Это объясняется тем, что с точки зрения «православной кафолической церкви» — она была артисткой. Глубоко привязанная к патриарху Северу, она открыто проповедовала монофизитские доктрины, отвергавшие Халкедонский собор, и признавала в Иисусе Христе только одно естество. Защищая своих друзей, она не раз бросала вызов Риму и до конца дней покровительствовала своим единомышленникам. «Она подогревала усердие еретиков, поселившихся в империи», — говорит один из современных ей историков. С настойчивой пылкостью она толкала Юстиниана на путь, который избрала для себя.