Особенностью эксплуатации дизелей был иной способ контролирования их работы и управления ими в полете. Раньше достаточно было послать вперед сектор газа, и карбюратор автоматически дозировал подачу горючего в цилиндры, летчику оставалось лишь поработать высотным корректором и осуществлять контроль числа оборотов и давления наддува. Теперь же основными параметрами, кроме оборотов двигателя, становились часовой расход топлива и температура выхлопных газов, давление наддува устанавливалось автоматически. При этом летчик должен был постоянно помнить, что дизель, по сравнению с бензиновым мотором, ничем не защищался при выходе на максимальные обороты, и сектор газа разрешалось давать вперед до упора лишь ка взлете. На других режимах полета этот рычаг требовалось устанавливать в строгом соответствии с инструкцией, особенно при полетах выше границы высотности двигателя.

Кроме иркутского завода, изготовлением Ер-2 занималась сборочная база № 456, организованная на территории бывшего завода № 84 в подмосковных Химках. В 1944 году, начиная с августа, на этом предприятии собрали из агрегатов завода № 39 десять самолетов при плане 15. Оставшиеся пять перешли на 1945 год. Заниматься сборкой Ер-2 предписывалось и заводу № 86 в Таганроге, с использованием агрегатов и оснастки из Иркутска – том самом заводе, куда после войны перевели Бартини. Но оснастку завод так и не получил, и все пришлось делать самим. Сколько машин собрали в Таганроге – пока неизвестно.

12 января 1945 года нарком А.И.Шахурин сообщал И.В.Сталину: «Первые 50 самолетов Ер-2, выпущенные с моторами АЧ-30Б первых серий, могут быть использованы для учебно-тренировочных полетов ‹…› на первое время в радиусе действия до 500 км.

Все остальные самолеты могут быть использованы без ограничений в соответствии с тактикотехническими данными… Для перевооружения на Ер-2 выделяется 8-я гвардейская авиадивизия (командир В.Г.Тихонов) в составе 327, 329, 332-го (а также 328-го. – Н.Я.) авиационных полков. Первый полк этой дивизии будет подготовлен к 15 марта, второй – к 15 апреля и дивизия в целом к 15 мая 1945 г.».

На 26 марта 1945 года 33 бомбардировщика Ер-2 находились в 1-м и 3-м авиакорпусах и 77 – в 8-й гвардейской авиадивизии. До конца войны оставалось полтора месяца, и на Ер-2 успели совершить лишь два боевых вылета.

Летом того же года в 8-й гвардейской авиадивизии должны были начаться войсковые испытания Ер-2, однако эти планы пришлось корректировать. 12 июля нарком А.И.Шахурин писал командующему 18-й воздушной армией (6 декабря 1944 года АДД переименовали в 18-ю В А) А.А.Новикову:

«Учитывая заявление главных конструкторов Чаромского и Сухого о возможности быстрого улучшения материальной части генерал-майора Тихонова, а также в связи с недостатком запасных частей мотора ‹…› и необходимости подготовки группы самолетов к параду, прошу отложить войсковые испытания ‹…› Ер-2 на срок до особой договоренности».

Несмотря на это, Ер-2 передали на войсковые испытания, проходившие на аэродроме Белая Церковь (Украина). Они завершились 23 августа с неудовлетворительной оценкой из-за большого количества дефектов, в том числе у дизелей. Отмечались невозможность полета на одном моторе и тяжелое управление. Более того, 10 августа один самолет (заводской № 7013907) потерпел катастрофу в районе Полтавы.

В августе 1945 года командование 18-й воздушной армии подготовило обзор работы самолетов Ер-2 с моторами АЧ-30Б за период с августа 1944 года по июль 1945 года. За это время количество боевых машин возросло с 13 до 185, а общий налет составил 6477 часов. Средний налет на один дефект но самолету – 29,2 часа, а по мотору – 14,4 часа. Чаще всего ломались коленчатые валы и разрушались поршни двигателей, выходили из строя шасси и появлялись трещины в топливных баках. Заказчик потребовал устранить все дефекты, установить флюгерные винты и передать на государственные испытания три самолета, а в декабре 1945 года отправить на войсковые испытания 20 машин. В августе вышло соответствующее постановление ГКО, но, несмотря на все усилия, предприятия Наркомата авиационной промышленности не смогли справиться с поставленной задачей и на основании постановления правительства от 26 февраля 1946 года Ер-2 сняли с производства, а затем и с вооружения. К этому времени на заводском аэродроме находилось 94 самолета, готовых к отправке заказчику, а в сборочном цехе – 49 машин. Значительным был и задел, скопившийся в агрегатных и заготовительных цехах.

Единственным объяснением, вызвавшем решение об утилизации Ер-2, могут быть развернувшиеся широкомасштабные работы по копированию американской «Сверхкрепости» В-29 фирмы «Боинг» – будущего Ту-4.

За два года до этого, в сентябре 1943 года, летчик А.Д.Алексеев испытал Ер-2 с Х-образными двигателями МБ-100, но этот самолет так и остался в разряде опытных.

Особое место в истории развития Ер-2 занимает его вариант с комбинированной силовой установкой, включавшей дизели М-30Б и воздушно-реактивные компрессорные двигатели (ВРДК). Работа над ними завершилась в 1943 году в Центральном институте авиационного моторостроения (ЦИАМ) под руководством А.И.Толстова. Принципиальной особенностью этой установки является использование поршневых М- 30Б с воздушным винтом в качестве основных двигателей на всех этапах полета, а пары ВРДК – как ускорителей, необходимых для сокращения разбега или кратковременного увеличения скорости полета.

Ер-2 с комбинированной силовой установкой

Схема комбинированной силовой установки Ер-2

В отличие от ВРДК, использовавшихся на истребителях И-250 и Су-5, созданных в конструкторских коллективах А.И.Микояна и П.О.Сухого, для Ер-2 применили иную схему. Прежде всего, за каждым дизель-мотором планировалось установить по паре вспомогательных двигателей без механической связи с основным мотором. Каждый ВРДК имел осевой компрессор, вращавшийся от газовой турбины, установленной сбоку от реактивного двигателя, которая, как и агрегат наддува дизеля, приводилась во вращение с помощью его выхлопных газов. Удельный расход топлива всей силовой установки в этом случае существенно возрастал, чем и объясняется кратковременность включения ВРДК.

В 1944 году решением Государственного Комитета Обороны А.И.Толстову выдали задание на создание такой вспомогательной установки с расчетной тягой 850 килограмм при скорости полета 800 километров в час. В мае следующего года в ЦИАМе приступили к наземным заводским испытаниям комбинированной силовой установки, получившей обозначение Э-3130. Их результаты показали, что дополнительная тяга реактивного ускорителя на номинальном режиме составляла 625 килограммов, а суммарная, с учетом работы двигателя АЧ-30Б – 875 килограммов, при этом удельный расход топлива составил 3,63 килограмма на килограмм тяги в час, что почти в три раза превышало аналогичный параметр турбореактивных двигателей, созданных в Германии.

Для летной отработки силовой установки решили использовать самолет Ер-2. Для этого изготовили полный комплект чертежей, но до производства они не дошли и тему закрыли в 1946 году. Судя с позиций сегодняшнего дня, данная установка на Ер-2 перспектив не имела, поскольку скорость его полета была намного меньше расчетной 800 километров в час, а значит и реальная тяга ВРДК – ниже заданного значения. Хотя ВРДК и способствовали кратковременному увеличению скорости и сокращению разбега, их конструкция получалась громоздкой и создавала дополнительное сопротивление во время всего полета. В результате, повышая максимальную скорость, снижали ее крейсерское значение и, как следствие, – дальность полета.