В начале 1898 г. Тихоокеанский флот перешел из замерзающего Владивостока в свою новую базу.
Правда, единичные портовые сооружения, построенные еще в середине века, не отвечали условиям стоянки такого числа кораблей. Поэтому все они постоянно находились в плаваниях между портами Японии, Китая, Кореи и Владивостоком. В июле 1898 г. вблизи Порт-Артура на "Наварине" определили девиацию компасов, и в конце года броненосец ушел для докования во Владивосток.
В течение последующего времени "Сисой Великий" и "Наварин" постоянно посещали или несли стационерную службу в Нагасаки, Талиенване, Фузане и Чемульпо. Наряду с Порт-Артуром много времени простаивали во Владивостоке. Однажды "Наварин" попал в жестокий, третий по счету со времени выхода из Кронштадта, шторм. Выйдя в конце августа 1899 года для докования во Владивосток и проведя по пути торпедные стрельбы, броненосец зашел в Нагасаки. Через несколько дней, попрощавшись с находившимися там канонерской лодкой "Кореец" и французским крейсером "Jean Bart", “Наварин" зашел на время для встречи с "Владимиром Мономахом" в Фузан и после этого взял курс на Владивосток.
В ночь с 8 на 9 сентября осенний ветер резко усилился до 9 баллов. Поднялось сильное волнение, и кораблю пришлось максимально уменьшить ход. Но это лишь незначительно ослабило удары встречных волн. И все же без повреждений не обошлось. Бурными водяными потоками выбило палубную настилку у выступа среднего мостика под 47-мм пушкой Готчкисса. "Броненосец сам по себе хорошо держался на волнении. Но палуба покрывалась водой, и масса брызг, попадая на мостики и в казематы, заставляет скучивать команду в батарее и жилой палубе. В первый раз за всю службу броненосец делал такой бурный переход", — писал затем в своем отчете командир корабля.
В Порт-Артур прибыло пополнение. С Балтики пришли три однотипных броненосца "Полтава", "Севастополь" и "Петропавловск". А в 1899 г. в Китае разразилось Боксерское восстание, известное в морской истории как конфликт у форта Таку. "Наварин" назначили стационером в Печелийском заливе в бухту Шанхай-Гуан. 6 января 1901 г. броненосец бросил якорь на рейде у мятежного форта. К тому времени восстание подавили, но в районе находилось еще много солдат экспедиционных корпусов из Англии, Германии, Австрии и Японии. Были в регионе и русские казацкие формирования. Они прибыли на крейсере 2 ранга "Москва" и пароходе "Хабаровск".
Из доставшихся России трофеев на пароход "Хабаровск" погрузили два 120-мм и 3 210-мм устаревших орудия. Столько же досталось и другим участникам штурма Таку. Из принадлежащих Китаю кораблей России передали истребитель "Таку", он затем получил новое имя "Лейтенант Бураков". Кроме войсковых транспортов на рейде стояли и крейсера объединенной эскадры: английский "Bonaventure", германский "Hertha", австрийский "Astrea" и японский "Naniva". Но все же на берегу еще было неспокойно. "Наварину" пришлось в течение всей стоянки держать в готовности десантную роту. Небезынтересно отметить, что в тот период на броненосце служил вахтенным начальником лейтенант М. Ставраки, будущий сослуживец П.П. Шмидта, руководивший в 1905 г. его расстрелом на острове Березань.
Через неделю стоянки с германского крейсера предусмотрительно прибыла делегация, и командира уведомляли о праздновании 14 января дня рождения германского кайзера. Получили приглашения и командиры других кораблей. Но произошло непредвиденное. Из Лондона пришло известие о смерти символа Англии и всех ее обширных колоний королевы Виктории. Так в один день кораблям предстояло отметить два события, столь разнящихся между собой. Но отличавшиеся холодной учтивостью офицеры британского корабля и командир крейсера "Hertha" пришли к компромиссному решению.
Утром 14 января после подъема на "Наварине" Андреевского флага его через несколько минут приспустили. На грот-мачте одновременно взвился английский флаг. За четверть часа до полудня кормовой флаг вновь подняли “до места”, а английский спустили. Затем "Наварин" и все корабли, включая и английский крейсер, украсились флагами расцвечивания. На грот-мачте теперь подняли флаг Германской империи, и корабли отсалютовали в честь Вильгельма II. После салюта все повторилось снова. Андреевский флаг приспустили. Сняли германский флаг и флаги расцвечивания, а на грот-мачте вновь взвился Унион-Джек.
Крейсер "Bonaventure" начал положенный только кораблям "ее величества" траурный салют из залпов, равных числу прожитых королевой лет. Их с минутным интервалом прозвучало 81. Во время салюта все без исключения корабли на рейде стояли с приспущенными флагами. Период правления королевы Виктории и вся Англия той поры вошли в историю как "викторианская" эпоха, олицетворявшая собой строгое соблюдение всеми традиций и морали, уходивших корнями во времена средневековья. Викторианская эпоха явилась и эпохой расцвета флота Англии. Ему не было равных.
Через день из Лондона пришло известие о восшествии на королевский трон наследного принца Альберта Валийского. Англия получила нового монарха короля Джорджа VII. Корабли вновь украсились флагами и отсалютовали 21 залпом. В этот же день стационерная служба "Наварина" окончилась. Его сменил прибывший из Порт-Артура "Владимир Мономах".
Дальнейшие плавания “Наварина” проходили спокойно в повседневных занятиях и учениях. Лишь однажды во время перехода в Порт-Артур по вине машинной команды был выведен из строя один из котлов. Котел вскоре отремонтировали, и это не оказало заметного влияния на боевую готовность корабля.
На начало XX века пришелся необычайный рост японского флота. В 1902 г. в его составе находилось 8 броненосцев, 20 крейсеров и множество других боевых кораблей. В противовес этому Николай II утвердил план постепенного усиления Тихоокеанской эскадры. Согласно плану, в 1902 г. на Дальний Восток уходили новые корабли: броненосцы: "Ретвизан" и "Победа", крейсера "Аскольд", "Богатырь", "Баян", "Диана", "Паллада", "Боярин" и пять 350-тонных миноносцев. Одновременно к уходу в Кронштадт для ремонта начали готовить некоторые корабли Тихоокеанской эскадры и для перехода создали отряд под командованием контр-адмирала Э.А. Штакельберга. В отряд вошли семь кораблей: броненосцы "Сисой Великий", "Наварин", "Николай I" и крейсера "Адмирал Нахимов", "Дмитрий Донской", "Владимимр Мономах" и "Адмирал Корнилов". Из Средиземного моря в Россию уходили крейсера "Герцог Эдинбургский" и "Крейсер".
Всем им предстояло пройти серьезный ремонт в Кронштадте.
Его Императорскому Высочеству Великому Князю Генерал-адмиралу Алексею Александровичу
22-го августа в полдень при пасмурной погоде, но поднимающемся барометре снялся с якоря с Портлендского рейда и ушел в Кадикс.
27-го августа утром, определившись по мысу Сент-Винцент, легли на курс SO 81 ° на Кадикс.
В 5 час. пополудни приняли лоцмана и вышли на Кадикский рейд, где вечером стали на якорь, отсалютовав по уставу Испанскому флагу контр-адмиралу Регуеру, державшему свой флаг на броненосце “Pelayo”. Кроме “Pelayo” застал на рейде броненосный крейсер “Vizcaya”, строящийся трехтрубный броненосец (около 9 500 т) “Karl V” и французский авизо “Mesange”, идущий из Сенегала во Францию. На следующий день происходил в Сан-Фернандо спуск броненосного крейсера типа “Vizcaya” в 7 000 тонн. Крейсер назван “Princesa d, Asturia”. Спуск не удался. Крейсер на воду не сошел. В настоящее время испанцы непрерывно отправляют на Кубу и Филиппинские острова войска для борьбы с инсургентами. Для этого они фрахтуют коммерческие пароходы.
