Роман Андреевич был на особом счету и в Прокуратуре Союза ССР. Ходили слухи, что, когда в июне 1939 г. встал вопрос о назначении нового Прокурора СССР, Вышинский, уходивший на должность заместителя председателя Совнаркома СССР, предложил оставляемое им кресло Руденко, но Хрущев «заартачился», не желая отпускать толкового областного прокурора, и назначение тогда не состоялось.

Однако очень скоро перспективного прокурора постигло увольнение, о котором упоминалось выше. Проведенная в 1940 г. проверка выполнения постановления ЦК ВКП(б) и СНК СССР от 17 ноября 1938 г. о перестройке работы по надзору за органами НКВД установила, что прокурор Сталинской области этого постановления не выполнил. Например, спецотдел прокуратуры оказался неукомплектованным – вместо пяти человек по штату работали только двое. Также на день проверки в спецотделе прокуратуры имелось 3603 жалобы, из них 1839 жалоб лежали по существу не разрешенными с 1939 г. Отдельные жалобы волокитились с 1938 г. Истребованные еще в январе 1940 г. из УНКВД 305 дел были не рассмотрены.

Не будем искать у этой проверки двойного дна – скорее всего, эти недостатки действительно были. Прокурора области, которому было от роду 33 года, сняли с работы и объявили выговор по партийной линии. Решение об этом принималось в Москве. Заведующий отделом управления кадров ЦК ВКП(б) Бакакин и инструктор управления кадров Гришин подписали заключение, в котором было предложено ЦК КП(б) Украины и Прокуратуре СССР освободить Руденко от занимаемой должности. В августе 1940 г. такое решение состоялось. Обычно в те годы увольнением дело не заканчивалось, и за ним вполне мог последовать арест.

Надо полагать, много бессонных ночей провел тогда Роман Андреевич, тем не менее устоял и даже не оставил мыслей продолжить прокурорскую службу. Правда, об этой горькой странице своей жизни он никогда и никому не говорил. 15 сентября 1940 г. Роман Андреевич стал слушателем Высших академических курсов Всесоюзной правовой академии. Одновременно его зачислили в экстернат Московской юридической школы Наркомата юстиции РСФСР.

Таким образом, учиться ему пришлось на «два фронта».

Выпускные экзамены на Высших курсах совпали с началом Великой Отечественной войны. Свидетельство об окончании курсов Руденко получил 27 июня 1941 г. Оценки почти по всем предметам у него были отличные. А еще через три дня, 1 июля, Роман Андреевич успешно выдержал экзамены в юридической школе. В том же 1941-м Руденко поступил на экстернат Московского юридического института, однако продолжить учебу помешала война.

26 июня 1941 г. судьба вновь улыбнулась Руденко. Приказом Прокурора СССР он назначается начальником отдела Прокуратуры СССР по надзору за органами милиции. В коллективе Роман Андреевич прижился довольно быстро. Сослуживцы уважали его за выдержанность, спокойствие и трудолюбие.

В Москве Роман Андреевич оставался до начала весны следующего года.

В феврале 1942 г. встал вопрос о направлении Руденко в Прокуратуру Украинской ССР на должность заместителя Прокурора республики, вместо Ф. А. Беляева, поставленного Прокурором Узбекской ССР. Наверное, это было сделано не без инициативы тогдашнего первого секретаря ЦК компартии Украины Н. С. Хрущева, хотя официально вопрос согласовывался с секретарем республиканского ЦК Спиваком. 25 февраля 1942 г. Прокурор СССР В. М. Бочков обратился с соответствующей просьбой к секретарю ЦК ВКП(б) Г. М. Маленкову. В союзном ЦК партии не возражали, и 12 марта 1942 г. Бочков издал приказ о назначении Руденко заместителем Прокурора Украинской ССР по общим вопросам.

Аппарат Прокуратуры Украины, большая часть территории которой была оккупирована, располагался в то время в Ворошиловграде. При невеликом штате – всего 23 человека вместе с техническими работниками – задач по прокурорскому надзору непочатый край – выполнение оборонных заказов, ремонт боевой техники, строительство оборонительных сооружений и т. д. В числе главных направлений работы было также укрепление трудовой дисциплины и предупреждение эпидемических заболеваний. Работникам прокуратуры приходилось выезжать в прифронтовые районы, помогать районным прокурорам. Добираться до места обычно приходилось на попутных машинах, а то и пешком.

В конце июля 1942 г. военная обстановка осложнилась и советские войска полностью оставили Украину. На территории РСФСР продолжила деятельность оперативная группа Прокуратуры республики во главе с исполняющим обязанности Прокурора Украины Р. А. Руденко.

В 1943 г. началось освобождение украинской земли, которое было завершено в октябре 1944 г. Оперативной группе Прокуратуры УССР предстояло восстановить все звенья прокурорского надзора. В начале 1943 г. группа базировалась в очищенных от врага районах Ворошиловградской области, затем – Харьковской, а с августа 1943 г. – в самом Харькове.

23 июня 1943 г. Р. А. Руденко назначается на пост Прокурора Украинской ССР, сменив Л. И. Яченина, находившегося в Красной армии на должности прокурора фронта.

Забот у руководителя прокуратуры второй по величине советской республики, серьезно пострадавшей от фашистского нашествия, было предостаточно. Прокурорский надзор был направлен на выполнение директив правительства о восстановлении народного хозяйства, соблюдение прав военнослужащих и членов их семей, инвалидов войны, трудящихся предприятий и колхозов, борьбу с детской беспризорностью. Р. А. Руденко лично возглавил работу по расследованию фактов злодеяний, бесчинств и террора нацистов против мирных жителей. Собранные по этому вопросу материалы передавались в созданную правительством СССР Чрезвычайную государственную комиссию.

Незадолго до освобождения Киева, 4 октября 1943 г., Руденко своим приказом создал специальную группу. В приказе говорилось: «1. Группе войти в Киев в день его освобождения. 2. Под руководством и при содействии партийных и советских органов обеспечить соблюдение в нем социалистической законности и советского правопорядка».

Автобиография Р. А. Руденко. 1-й лист. Составлена 20 апреля 1944 г. в г. Киеве

Прокуроры вошли в город 6 ноября, вслед за боевыми порядками войск. Член группы К. Н. Гавинский вспоминал: «…Оставив позади пылающую Дарницу, наша группа вышла к Днепру. Нашли лодку без весел и поплыли по течению, подгребая к правому берегу обломком доски. Нас снесло к разрушенному мосту. По его фермам добрались до берега. Среди руин Крещатика шла узкая тропа. По безлюдным улицам, промокшие и озябшие, но бесконечно счастливые, мы вышли на площадь Калинина.

Было шесть часов вечера. Неожиданно из репродуктора, установленного воинской частью на одной из стен полуразрушенного здания городского Совета, раздался голос диктора: „От Советского информбюро….“ Прозвучало сообщение об освобождении Киева.

На следующий же день мы приступили к делу. Прежде всего установили связь с прибывающими в город партийными и советскими работниками. Каждый из нас, возглавив одну из прокуратур района, обязан был немедленно организовать ее деятельность».

Следом в столицу республики, еще дымящуюся военными пожарами, переместился Р. А. Руденко и весь аппарат прокуратуры.

Гавинский рассказывал автору книги, что Роман Андреевич проявил тогда большие организаторские способности и умение работы в экстремальных условиях. Был очень доступным для общения руководителем и исключительно трудоспособным человеком. Все вопросы решал быстро, четко и профессионально.

В начале 1944 г. на освобожденной территории Украины уже действовала 321 районная прокуратура. Кадры собирались по всей стране. По состоянию на июнь 1944 г. в распоряжение Прокурора УССР прибыло две тысячи человек. Их, конечно, было недостаточно, и по распоряжению Р. А. Руденко в шести городах были созданы краткосрочные юридические курсы.

Профессионал своего дела, он часто выступал в судах в качестве государственного обвинителя, в том числе и в Москве. Например, с 20 по 22 июня 1945 г. Военная коллегия Верховного суда СССР рассматривала дело по обвинению генерала Л. Б. Окулицкого и других (всего 15 человек), руководивших польским подпольем в тылу Красной армии (так называемой Армией Крайовой). В ходе террористической деятельности этой «армии» только с июля 1944-го по май 1945 г. было убито и ранено около 500 советских солдат и офицеров.