За несколько дней до того, как соглашение было подписано, гигантский взрыв уничтожил центральный склад вооружений, принадлежавший ИСИ и расположенный в окрестностях пакистанского города Равалпинди.[104] Здесь хранилось более десяти тысяч тонн ракет, мин, снарядов, «стингеров», прочего оружия и боеприпасов, предназначенных для афганских моджахедов. Взрыв напоминал большой атомный гриб, казалось, языки пламени лизали небо. Однако этот инцидент был, по всей видимости, всего лишь зловещим совпадением, который никак не повлиял на планы Москвы в ходе Женевских переговоров. 15 мая 1988 года начался вывод двенадцати тысяч советских войск из гарнизонов Джелалабада, Гардеза, Кандагара и других городов. Части материально-технического обеспечения, снабжения и другие малозначительные тыловые подразделения выводились первыми. В результате 40-я армия была вынуждена ограничить свои действия только самыми важными боевыми операциями, связанными с охраной дорог от нападений моджахедов и снабжением оставшихся гарнизонов и застав.

Джелалабад был первым городом, который после вывода советского гарнизона был передан Афганской армии. 14 мая советская 66-я мотострелковая бригада покинула свою базу, оставив всю материальную часть в полностью исправном состоянии, восстановив все коммуникации и прочее оборудование, и передала ее афганским войскам вместе с трехмесячным запасом боеприпасов, продовольствия и топлива. Но уже во второй половине дня база была полностью разграблена — были сняты кондиционеры воздуха, радио и прочее оборудование вплоть до дверей и оконных рам, которые впоследствии были проданы джелалабадским магазинам. Афганский командир, который принял базу под свою подпись, попросил прислать новое оборудование. С тех пор Советы в каждом подобном случае стали делать видеозапись процедуры передачи той или иной базы.

Женевские соглашения привели в ярость генерала Варенникова. Озабоченный тем, что Хекматьяр и другие моджахеды-фундаменталисты могут продолжить наступление на Север вслед за уходящими советскими войсками и поднять джихад в советской Средней Азии, он продолжал выступать против финансирования американцами лагерей моджахедов в Пакистане. В то же самое время, он чувствовал, что Афганская армия стала значительно сильнее, что, по крайней мере, давало Наджибулле больше шансов остаться у власти. Это привело его к спорам даже с самим афганским президентом, который все более впадал в уныние в связи с выводом советских войск, тогда как генерал старался успокоить его.

Надежды Варенникова основывались на его опыте, полученном во время многочисленных поездок по Афганистану. Он руководил строительством нескольких новых дорог, фабрики асфальта в Кандагаре и бурением колодцев. До самого последнего момента он полагал, что эти и другие проекты снискали достаточную поддержку хотя бы у части местных жителей. Он также вел переговоры со множеством командиров моджахедов — начиная с самого Масуда и включая еще пятнадцать полевых командиров в Герате, которые обещали безопасное следование советских автоколонн по главному шоссе от Кандагара на северо-запад к г. Кушка на границе с Туркменией. Взамен Варенников обещал им прекратить обстрелы торговых караванов моджахедов, направлявшихся в Иран и обратно, главным образом — с грузом опиума и гашиша.

Командование 40-й армии получило копии памятных записок со списком из шести пунктов, по которым можно было договориться о перемирии с сотнями местных групп моджахедов. Советы обещали не начинать наступательных операций и закрывать глаза на грабежи населения и торговлю наркотиками со стороны моджахедов. Взамен мятежники должны были согласиться прекратить нападения на советские конвои, возвращавшиеся в Советский Союз. Советы опубликовали также довольно туманно сформулированные обещания политической власти с целью склонить лидеров мятежников к поддержке правительства в ходе переговоров, которые, казалось, проходили относительно хорошо — по крайней мере, в начале.

С началом вывода советских войск столкновения с моджахедами также смягчились. Солдаты и офицеры стекались на базары, чтобы закупить столько телевизоров и прочей электроники, сколько могли забрать с собой в Советский Союз. Даже явные боевики-моджахеды стали торговать с советскими солдатами, продавая им табак и другие товары в дополнение к обычным наркотикам.

Дмитрий Лекарев, рядовой 70-й отдельной мотострелковой бригады, базировавшейся в Кандагаре, был среди первого контингента советских войск, которому предстояло выйти 15 мая. Передав свои бараки, палатки, склады и другое оборудование силам Афганской армии, его полк грохочущей колонной бронетранспортеров, грузовиков и танков начал медленно продвигаться на северо-запад к Герату. Несмотря на требование Варенникова о беспрепятственном проходе по шоссе, колонна попала в засаду едва достигнув перевала Шинданд к югу от Герата. Моджахеды, засевшие среди скалистых утесов высоко над дорогой, проходящей по дну долины, принялись обстреливать автоколонну из двух тяжелых 12,7-мм зенитных пулеметов ДШК. Не имея возможности поднять пушки своих БМП достаточно высоко, чтобы открыть ответный огонь, советские войска были вынуждены вернуться.

Когда во время второй попытки прорыва в июне того же года 70-я бригада снова попала под огонь на том же самом перевале, она снова была вынуждена отступить к Кандагару. И только в ходе третьей — успешной — попытки 8 августа Лекарев, наконец, пересек мост Дружбы через Амударью в Узбекистане. Однако вместо волны облегчения от того, что война осталась позади, большинство солдат продолжало испытывать лишь привычное напряжение. Когда колонна остановилась, и Лекарев выпрыгнул из БМП, молодой лейтенант инстинктивно закричал: «Ты что делаешь, черт возьми?! Везде же мины!» Лекарев мягко напомнил ему, они, наконец, вернулись на незаминированную советскую землю…

Полковник военно-воздушных сил Александр Руцкой, который был сбит около Зхавара в 1987 году, вернулся в Афганистан в начале 1988 года, теперь уже — как заместитель командующего авиацией 40-й армии. Он стал более критично относиться к военной политике, будучи уверенным, что следовало бы сделать намного больше, чтобы построить инфраструктуру и привлечь на свою сторону местных жителей, заручившись их поддержкой. Однако он вновь прибыл туда, чтобы насладиться службой в Афганистане — так же, как и Валерий Востротин, Руслан Аушев и множество других профессиональных военных — из-за суровой верности долгу, которую воспитывает война среди солдат. Так или иначе, Афганистан стал центром их до сих пор успешной военной карьеры. Теплые чувства Руцкого к Афганистану были обусловлены также особым расположением Мохаммеда Наджибуллы к летчикам. При виде Руцкого президент несколько раз снимал со своей руки дорогие часы, чтобы подарить их ему. А вот что полковник ненавидел больше всего, так это документы, заполнение которых отнимало большую часть его дня, отрывая его от своих обязанностей командира авиабазы в Ваграме. Поэтому он всячески искал возможность вернуться к участию в боевых операциях. В этом ему помогла его репутация первоклассного ночного летчика, который успел подготовить множество пилотов еще во время своей первой командировки в Афганистан. Но так как их срок службы подходил к концу, Руцкой постарался подготовить еще больше новых пилотов, и скоро его эскадрилья начала наносить удары по базам моджахедов, которые угрожали выводу советских войск в районах перевала Саланг, а также Джелалабада, Шинданда, Хоста и Кандагара.

В конце июля Советы узнали о том, что Пакистан готовит крупную партию оружия и боеприпасов для моджахедов. В ходе разведывательных полетов была замечена бурная деятельность на пакистанской авиабазе Мирам-Шах, находившейся неподалеку от афганской границы на землях северных племен страны. 4 августа Руцкой на своем истребителе МиГ-23 предпринял разведывательный полет, чтобы войти в пакистанское воздушное пространство и сфотографировать американские самолеты за выгрузкой боеприпасов. Обнаружив целых шестьдесят загружаемых грузовиков, он сделал второй заход и заметил еще больше, после чего, еще находясь в воздухе, отправил приказ летчикам на авиабазе Баграм готовиться к атаке.