Сам Богдан при жизни сына Тимофея вряд ли думал о том, что Юрию когда‑то доведется стать гетманом Войска Запорожского. Старший сын рано возмужал, обладал хорошей военной подготовкой, в казацкой среде пользовался большим авторитетом. Тимофей рано проявил и качества военачальника, участвовал в битве под Батогом, совершил с пятнадцатитысячным конным корпусом стремительный рейд от Чигирина до Ясс и освободил Сучаву. Конечно, рядом с ним все это время находился легендарный Иван Богун (Иван Федоренко?), но все же никто не сомневался, что старший сын Хмельницкого по праву станет достойным преемником своего великого отца. Не сомневался в этом, прежде всего и сам Богдан, но внезапная смерть Тимофея заставила его искать замену себе в младшем сыне.
В начале 1657 года Богдан внезапно заболел. К лету болезнь гетмана усилилась и Юрий 4 июля был избран в преемники своему отцу, о чем говорилось выше в первой части настоящего повествования. Фактически это решение оставалось для большинства простых казаков в силе и после того, как гетманом стал Выговский. В их понимании Выговский избирался вместо него лишь на короткое время («на час»). После похорон отца Юрий возвратился в Киев, где и продолжал обучение.
Тот факт, что после Переяславской рады с участием боярина Хитрово Выговский стал именоваться гетманом Войска Запорожского без приставки «на той час», не отразился на наследственном гетманском статусе Юрия и его положении среди казаков, так как подавляющая масса «черни» продолжала видеть в нем будущего гетмана, законного преемника своего отца. К тому же, среди полковников у него было много родственников. Яков (Иоаким) Сомко, шурин отца – родной дядя по матери, Василий Никифорович Золотаренко – шурин Богдана по его третьей жене, Данила Выговский и Иван Нечай были шуринами самого Юрия, а киевский полковник Яненко‑Хмельницкий – двоюродным или троюродным братом, на дочери которого был женат прилукский полковник Петр Дорошенко. Кроме того, по завещанию Богдана и сам Выговский с полковником Пушкарем являлись его опекунами (советниками).
Удаление Юрия из гетманской ставки, под предлогом продолжения учебы, по‑видимому, было выгодно Выговскому, особенно, когда его прямо обвиняли в узурпации гетманской власти. Однако, отдалив от себя сына Хмельницкого, он допустил серьезную ошибку, постепенно утратив на него влияние. В том переходном возрасте, в котором находился юноша, обычно происходит переосмысление прежних взглядов и крушение авторитетов. Молодой человек начинает ощущать в себе стремление к самопознанию, полагая, что он уже сам способен выбирать свою дорогу в жизни и судить о том, что хорошо, а что плохо. Юрий, будучи по натуре своей слабохарактерным и легко внушаемым человеком, довольно скоро пересмотрел свое отношение к Выговскому и проводимой им политике. Хотя историки об этом и умалчивают, но, скорее всего, в начале в этом сыграл свою роль Яков Сомко, позднее Пушкарь, с которым он поддерживал контакты, находясь в Киеве. Затем, когда он оказался на Запорожье, большое влияние на него стали оказывать Иван Серко, противник пропольской политики гетмана и сбежавший от Выговского бывший генеральный есаул Иван Ковалевский.
Яков Семенович Сомко не принял гетманства Выговского и вынужден был уйти на Дон, где даже одно время, чтобы заработать на жизнь, торговал спиртным. По‑видимому, летом 1659 года он возвратился в Переяславль, где в то время был наказным полковником Цецура. Тимофей Ермолович Цецюра («Цюцюра»), шляхтич по происхождению, по‑видимому, участвовал в Освободительной войне с самого ее начала, так как в 1656 году уже значился сотником Бориспольского полка. После того, как сменившего Павла Тетерю на посту переяславского полковника, Ивана Колюбаку казнили в августе 1658 года по приказу Выговского, полком меньше года руководил Стефан Чючар, но в Конотопском сражении им уже командовал наказной полковник Тимофей Цецура. Он же с Выговским неудачно осаждал Гадяч, где обороной руководил опытнейший Павел Охрименко (Апостол), служивший до самой смерти князя Иеремии Вишневецкого сотником в его войске. То ли потому, что Выговский так и не утвердил его в полковничьей должности, то ли попав под влияние Сомка, который уже знал, что его племянник избран кошевым атаманом Сечи и движется к Чигирину, то ли по какой другой причине, но они 19 (29) августа 1659 года взбунтовали Переяславский полк и подняли мятеж против гетмана Выговского. В Переяславе был перебит гарнизон гетманских наёмников числом в 150 драгун и арестован их командир майор Ян Зумер, а также находившийся в городе генеральный судья Войска Запорожского Федор Лобода.
Как известно, после поражения царских войск под Конотопом, князь Трубецкой отступил к Путивлю и вместе с ним Малороссию вынужден был покинуть и находившийся в его войсках гетман Иван Беспалый. То ли под влиянием неудачной осады Конотопа, то ли потому, что его авторитет у казаков пошатнулся, а может, просто считая свой долг исполненным, Беспалый отказался от гетманского поста, и в августе часть казаков Заднепровья, верных царю и тех, кто взбунтовался против Выговского, избрали Сомко наказным гетманом. Это решение не вызвало энтузиазма у Цецюры, который сам втайне мечтал о гетманской булаве, как и у Юрия Хмельницкого, который с частью запорожцев прибыл к месту проведения рады, где находился и Выговский, вынужденный по требованию восставших назначить раду по выборам гетмана обеих сторон Днепра на 11 сентября 1649 года в 50 верстах от Киева в селе Германовка (ныне Обуховского района). Судя по всему, между Выговским и Хмельницким не было вражды, так как они мирно уживались в одном таборе, ожидая рады. К Германовке спешил со своим 10000‑м войском и Сомко. Цецура, опасаясь избрания Юрия, стал интриговать против него. «Юрий – писал он воеводе Шереметьеву – того же надхненя лихого лядского, туты ж хилиться», и сообщал, что он писал к Юрию письмо с предложением присоединиться к восставшим против гетмана, но, вместо ответа от него, получил ответ от Выговского, в котором последний сообщал, что Хмельницкий сын знаменитого отца, хотя и молод, но имеет ум лучше, чем иной старый, и не захочет проливать христианской крови, а потому и остается с Выговским в нго таборе. Шереметев мог вполне поверить донесениям Цецуры, после того, как с своей стороны отправил к Юрию послание, но не получил ответа. Правда, воевода написал ему позднее еще одно письмо, в котором напоминал о заслугах отца и предлагал отступить от изменников. На это послание Юрий отвечал, что все Войско Запорожское будет служить московскому государю, как и при его отце. Но сам Хмельницкий тоже, в свою очередь, опасался, что дядя Яким (Яков) Сомко, поддерживаемый своими сторонниками, может склонить раду избрать гетманом себя. Зная, что Запорожье стоит за него, Юрий тайно отправил на Сечь Ивана Брюховецкого и к началу рады с Сечи подошел отряд запорожцев во главе с Иваном Дмитриевичем Серко, категорически заявившим, что Запорожье отдает свой голос за гетмана Юрия Хмельницкого. Таким образом, в лагере противников Выговского единства не было: дядя интриговал против племянника, племянник против дяди, а Цецура против обоих.
Со своей стороны, и действующий гетман не намерен был никому уступать булаву. Когда в самом Чигирине взбунтовались казаки, гетман действительно по его собственным воспоминаниям, верхом, в одной сукманке бросился бежать в лагерь Анджея Потоцкого, где и укрылся. Вскоре под давлением собственного окружения, он вынужден был назначить раду и вместе с Потоцким двинулся к Германовке, где с ним соединился и Хмельницкий. Простояв несколько дней в ожидании сбора полков, они вдвоем 11 сентября явились на раду.
Гетман применил тактический прием: рассчитывая привлечь на свою сторону собравшихся, он приказал своим сторонникам Прокопию Верещаке, который был одним из руководителей делегации Войска Запорожского на сейме в Варшаве, и Ивану Сулиме читать статьи гадячского трактатата, попутно разъясняя, какие выгоды получит от него Малороссия и казаки. Но Выговский не учел, что на раду прибыли не все полки, а в основном те, кто поддерживал Цецуру, Сомко и запорожцы с Иваном Серко. С первых минут чтения трактата докладчиков стали прерывать выкриками с мест. Гетмана обвиняли за разорение местечек и сел на Левобережье, за жестокие казни своих противников и даже полковников и старшин. Иные кричали, что он продает Украину крымскому хану, что возводит клевету на московского царя. Многих пугала все возрастающая власть Выговского, который из выборного предводителя, подчиненного товариществу, желал стать несменяемым воеводой киевским и русским князем. Если раньше его поддерживала большая часть старшины, для которой он был лишь первым среди равных, то теперь многие из зависти, другие по причине личного высокомерия и нетерпимости гетмана, перешли на сторону его противников. Обиделся на гетмана Тимофей Носач, который, хотя и возглавлял депутацию от Войска на сейме, не получил шляхетского достоинства. Ярым противником Выговского стал Иван Ковалевский, вынужденный в свое время, опасаясь за свою жизнь, бежать на Сечь. Те казаки, кто не получил дворянства, завидовали получившим шляхетское достоинство и тоже выступали против гадячского трактата. Многие из них раньше ошибочно считали, что все казаки станут щляхтичами, а на деле оказалось, что лишь немногие, выбранные по произволу гетмана, и они‑то станут вместе с ним властвовать над остальными. По мере чтения статей рада превратилась в неистовую междоусобную драку. Верещака и Сулима были изрублены в куски; сам Выговский избежал смерти, укрывшись в лагере Анджея Потоцкого. «И бежал он, – говорил летописец, – как бежит обожженный из пожара».
