В 1987 году Яковлев был приглашен в Москву, где возглавил ВНИИ советского законодательства. В этот период актуализировались вопросы права, появилась возможность соединить опыт, накопленный в прокуратуре во времена Руденко, и научную деятельность с практической работой, реализовать свои научные идеи. Под руководством Яковлева группа видных ученых-цивилистов разработала проект Основ гражданского законодательства, многие идеи которого после развала СССР были заложены в новый Гражданский кодекс Российской Федерации.

В 1989 году Яковлев возглавил Министерство юстиции СССР, главной задачей которого стало содействие в формировании правового государства, новых экономических отношений, создании независимого правосудия.

На посту министра юстиции СССР Яковлев поставил работу государственного аппарата на научную основу. На проводимых им заседаниях коллегии царил дух товарищества, практика и новые тенденции облекались в строго научно-практические выводы.

В 1991 году был поднят вопрос о новой судебной системе в сфере экономики, создать и возглавить которую поручили Яковлеву. Он был назначен Главным государственным арбитром СССР. Благодаря его организаторским способностям в короткий срок создана самостоятельная ветвь судебной власти для разрешения споров в сфере экономической деятельности – арбитражные суды. Председателем Высшего арбитражного суда СССР стал Яковлев.

После распада СССР назначен государственным советником по правовой политике при Президенте Российской Федерации, однако уже в январе 1992 года стал председателем Высшего арбитражного суда Российской Федерации и работал до 2005 года.

С 1996 года также председатель совета Исследовательского центра частного права при Президенте Российской Федерации.

16 февраля 2005 года Вениамин Федорович назначен советником Президента Российской Федерации и представителем Президента Российской Федерации в Высшей квалифицированной коллегии судей Российской Федерации.

В мае 2003 года избран членом-корреспондентом РАН. Участвовал в работе над многими законами РФ, опубликовал много научных трудов. Удостоен почетного звания «Заслуженный юрист РСФСР», трижды награжден орденом «За заслуги перед Отечеством» 3-й, 2-й и 1-й степени.

Вспоминая в дни празднования 60-летия Победы советского народа в Великой Отечественной войне те далекие годы, Вениамин Федорович много и интересно рассказывал о днях минувших. Давая оценку Роману Андреевичу Руденко, он поведал мне об одной истории, непосредственно связанной с его именем:

«Для всех нас, работников системы Прокуратуры того времени, Роман Андреевич Руденко был не только Генеральным прокурором Союза, но и легендарной личностью, что в наших глазах поднимало значение и нашей скромной работы. Помню, как гордились мы документами с его подписью о присвоении классного чина.

Но Руденко знали не только прокурорские работники. Он вообще был широко известным в стране человеком. Помню один очень непростой или даже тяжелый эпизод работы, который может это проиллюстрировать. Человек, которого доставляли к месту приведения в исполнение приговора о применении высшей меры наказания, а фамилия его была Руденко, вдруг сказал своим конвоирам: „Да, знал бы мой дядя, куда меня везут“. На вопрос конвоира о том, кто же его дядя, осужденный ответил: „Генеральный прокурор". Из дальнейшего разговора, правда, выяснилось, что имя и отчество своего „дяди" он не знает.

Для меня время работы в прокуратуре оказалось большой школой жизни и служения закону. И не только закону, праву, но и людям. Довольно часто мы ощущали себя правозащитниками».

В июле 1956 года, то есть только через три года после робкого начала десталинизации, наконец-то была изменена подсудность дел о государственных преступлениях. Они изымались (за исключением дел о шпионаже) из ведения военных трибуналов. В связи с этим Руденко своим приказом от 1 августа 1956 года возложил надзор за следственными делами о государственных преступлениях, совершенных гражданскими лицами, на прокуроров областей, краев, автономных и союзных республик. Они же обязаны были отныне рассматривать и первичные надзорные жалобы по такого рода делам. Дела же о государственных преступлениях, расследуемые центральным аппаратом Комитета государственной безопасности, подлежали контролю со стороны отдела прокуратуры по надзору за следствием в органах госбезопасности.

4 августа 1955 года Руденко издал очень важный приказ, который касался усиления прокурорского надзора за соблюдением законности при задержании, аресте и привлечении к уголовной ответственности граждан. В нем признавалось, что незаконные задержания, аресты и необоснованное привлечение людей к уголовной ответственности до сих пор не изжиты и проистекают они от безответственного отношения прокуроров и работников следственных органов к исполнению своего служебного долга. Например, в 1954 году прокурорами было арестовано 283 300 человек. В последующем 29 300 (свыше 10 процентов) были освобождены из-под стражи в связи с прекращением дела или оправдания их судом. Из камер предварительного задержания прокуроры освободили более пяти тысяч человек, незаконно задержанных, что составляло два процента от их общего числа. Более 20 процентов жалоб, поступавших в прокуратуру на органы милиции, находили свое подтверждение и удовлетворялись.

В приказе отмечена и другая сторона «медали». Прокуроры иногда перестраховывались и необоснованно отказывали в санкционировании ареста лиц, совершивших тяжкие преступления. И те и другие факты Руденко расценивал как грубые нарушения закона, которые должны повлечь за собой строгую ответственность как прокуроров, так и следователей. Другими словами, Генеральный прокурор потребовал от своих подчиненных «ювелирной» точности при решении всех этих вопросов. В приказе прямо предписывалось, что необходимо применять арест в качестве меры пресечения при совершении тяжких преступлений. Самые актуальные из них перечислялись – это убийство, разбойное нападение, изнасилование, хищение социалистической собственности (указ от 4 июня 1947 года), хулиганство. А в отношении лиц, совершивших менее тяжкие преступления, предлагалось с «особой тщательностью рассматривать вопрос о целесообразности ареста». Необходимо было учитывать также тяжесть улик против обвиняемого, род его занятий, возраст, состояние здоровья и семейное положение.

Прокуроры, санкционирующие арест, должны были лично знакомиться с материалами расследования, глубоко изучать собранные доказательства виновности, а в необходимых случаях производить личный допрос подследственных. Руденко запретил прокурорам санкционировать аресты по одним лишь справкам следственных органов, что широко практиковалось в сталинские времена.

Прокурорам республик, краев и областей поручалось обеспечить силами отделов уголовно-судебного надзора проверку каждого дела, по которому судами был вынесен оправдательный приговор или определение о прекращении дела, направленного в суд. В случае обнаружения неосновательного предания суду граждан или ареста решать вопрос об ответственности виновных.

Несмотря на столь строгий приказ, нарушения законности при аресте граждан все еще допускались, и было их не столь уж мало. Сказывались привычки и «навыки» прошлых лет, когда людей сажали за самые малозначительные проступки. Так, прокурор одного из районов Баку за единичный случай обвеса покупателя арестовал продавщицу магазина, у которой на иждивении находились 9 человек, из них 7 малолетних детей. А в Московской области районный прокурор арестовал трех подростков за кражу голубей…

В апреле 1957 года Президиум Верховного Совета СССР утвердил новую структуру центрального аппарата Прокуратуры СССР. Теперь в аппарате образовывались три управления (следственное, кадров и хозяйственно-финансовое), девять отделов, приемная, канцелярия (на правах отдела).

В состав Прокуратуры СССР входили также Главная военная прокуратура и Главная транспортная прокуратура. При Генеральном прокуроре СССР состояли следователи по особо важным делам и методический совет, а при Прокуратуре СССР – Всесоюзный научно-исследовательский институт криминалистики и журнал «Социалистическая законность», издаваемый совместно с Министерством юстиции и Верховным судом СССР.