Наступление войск Крымского фронта окончилось неудачно, немецкие войска перешли в наступление. В этот период командование флотом усилило воинские перевозки в Севастополь. «Красный Крым» бессменно ходил в конвоях.
В 1.30 11 марта «Красный Крым» в охранении эсминца «Свободный» доставил из Поти в Севастополь 180 т снарядов и мин. Выгрузив боезапас, крейсер в охранении эсминца «Шаумян» в 20.00 вышел из Севастополя, имея на борту 246 раненых и четыре тела 305–мм орудий для линкора «Парижская коммуна» (общий вес 208 т). Вечером 12 марта корабли прибыли в Поти, и на следующий день стволы были выгружены.
16 марта на корабль было погружено 165 т боеприпасов, 20 т продовольствия, 150 аэростатов заграждения, и 293 бойца и командира. В 17.40 крейсер с эсминцем «Незаможник» вышли из Поти в Севастополь, конвоируя танкеры «Серго» и «Передовик». 18 марта конвой 11 раз атаковали бомбардировщики и 1 раз торпедоносцы. Корабли вели интенсивный зенитный огонь. Всего на корабли и транспорты было сброшено 50 бомб, но ни одна в цель не попала. Четыре бомбы упали в 20 м от правого борта крейсера, но повреждений не нанесли. 19 марта в 1.30 корабль прибыл в Севастополь, где на него погрузили четыре ствола 305–мм орудий. В 20.30 с эсминцем «Незаможник» крейсер вышел из Севастополя в Поти. 24 марта крейсер в сопровождении эсминца «Незаможник» перешел из Поти в Батуми, где 25–го встал на ремонт.
24 апреля «Красный Крым» доставил 105 т боеприпасов из Поти в Новороссийск. В течение дня на базу были совершены три налета группами по два самолета «Ju–88». Каждый раз открывался сильный огонь, самолеты сбрасывали бомбы за городом и уходили. В тот же день, приняв 1750 человек маршевых рот, «Красный Крым» в сопровождении эсминцев «Бойкий» и «Бдительный» в 19.15 вышел в Севастополь. 26 апреля при входе в Севастопольскую бухту он был обстрелян артиллерией противника, снаряды легли в 40–60 м от борта. Корабль ошвартовался у Сухарной балки и высадил бойцов. Погрузив кавалерийскую часть, 45 раненых, в 20.42 крейсер с эсминцами «Бойкий», «Бдительный» и «Сообразительный» вышел из Севастополя. На следующий день, прибыв в Новороссийск, ошвартовался у Элеваторной пристани, выгрузил кавалеристов и раненых и начал приемку груза и маршевого пополнения — 1200 человек. В 23.20 с эсминцами «Бдительный» и «Сообразительный» вышел в Севастополь. 29 апреля в 3.40 корабли прибыли в Севастополь, доставив 1780 человек маршевого пополнения, 25 т боезапаса, 16 торпед и 265 глубинных бомб. Крейсер ошвартовался у Сухарной балки, выгрузил грузы и пополнение и принял 44 раненых, 67 человек начсостава и 35 членов семей начсостава. В 21.25 «Красный Крым» с лидером «Ташкент», эсминцами «Бдительный» и «Сообразительный» вышел из Севастополя и ровно через сутки прибыл в Батуми.
Всего за период с 22 июня 1941 г. по 1 мая 1942 г. «Красный Крым» при отражении атак авиации израсходовал 1336 100–мм и 2288 45–мм снарядов.
8 мая противник начал наступление на Севастополь. Главком Северо–Кавказского направления приказал командующему флотом: «…Крейсеру «Красный Крым» после погрузки с двумя эсминцами не позже 10 мая выйти из Новороссийска в Севастополь…» 11 мая днем крейсер с эсминцами «Дзержинский» и «Незаможник» вышел из Поти, и утром 12 мая корабли прибыли в Новороссийск. Приняв пополнение для Приморской армии, они в 20.00 вышли в Севастополь. 13 мая в тумане корабли следовали вдоль анатолийского побережья, а затем повернули на север и подошли к входной точке фарватера. В 24.00 они застопорили машины до улучшения видимости. 14 мая в 19.50 «Красный Крым» и «Незаможник» вошли в Главную базу, доставив 2126 бойцов и командиров и 80 т боеприпасов («Дзержинский» в 11.32 был отправлен на поиск тральщика, встречавшего отряд, но из‑за ошибки в счислении попал на оборонительное минное заграждение, подорвался на мине и погиб). Из‑за тумана крейсер, как и другие корабли, прибывшие в Севастополь, не мог до 19 мая выйти из бухты. 19–20 мая крейсер, приняв 473–раненых с эсминцем «Незаможник», перешел из Севастополя в Туапсе, а затем в Поти.
1 июня «Красный Крым» с эсминцами «Сообразительный» и «Свободный» прибыл в Новороссийск. 2 июня, приняв маршевые роты, вооружение, боезапас и продовольствие, корабли в 19.18 вышли из Новороссийска и ночью 3 июня прорвались в Севастополь. Ф.С. Октябрьский записал в дневнике: «Замечательно: крейсер «Красный Крым» прибыл в ГБ около 00 ч…» 4 июня, приняв 275 раненых и 1998 эвакуируемых, в 2.00 корабли вышли из Севастополя и в 625 5 июня прибыли в Туапсе, а затем перешли в Поти.
В 1942 г. «Красный Крым» чаще других кораблей эскадры привлекался к перевозкам воинских пополнений и грузов в блокированный Севастополь — с февраля по май он семь раз прорывался в Главную базу.
18 июня 1942 г. приказом наркома ВМФ № 137 крейсер «Красный Крым» был удостоен гвардейского звания.
22 июня «Красный Крым» перешел из Поти в Туапсе, для очередного похода в Севастополь. Однако командованию флота уже стало ясно, что крейсера не смогут прорываться в осажденный город.
26 июля, в день Военно–морского флота, контр–адмирал Н.Е. Басистый вручил кораблю гвардейский флаг. Флаг принял командир корабля капитан 1–го ранга А.И. Зубков.
В конце июля 1942 г. немецкие войска перешли в наступление на Северном Кавказе. Создалась угроза прорыва 17–й немецкой армии к Черному морю в районе Новороссийска. Началась эвакуация города. 5–7 августа «Красный Крым» эвакуировал из Новороссийска в Батуми 2600 человек семей начсостава, партийных и советских работников и ценности. С 8 по 17 августа крейсер с эсминцем «Незаможник» совершил три рейса, доставив из Новороссийска в Батуми эвакуируемых и ценные грузы, а в Туапсе — части 32–й гвардейской стрелковой дивизии.
25 августа «Красный Крым» в охранении эсминца «Сообразительный» перешел Батуми — Поти. В период с 28 августа по 6 октября 1942 крейсер прошел текущий ремонт.
В середине октября 1942 г. войска противника перешли в наступление в районе Туапсе. 21 октября «Красный Крым» с эсминцами «Беспощадный» и «Сообразительный» доставили из Поти в Туапсе 3350 бойцов, 11 орудий и 47 минометов. 2 декабря «Красный Крым» сопровождении эсминца «Незаможник» доставил из Батуми в Туапсе части 9–й горно–стрелковой дивизии.
«Красный Крым» участвовал в десантной операции в районе Южной Озерейки в составе отряда прикрытия (крейсера «Красный Кавказ» (флаг командующего эскадрой Л.А. Владимирского), «Красный Крым», лидер «Харьков», эсминцы «Беспощадный» и «Сообразительный»). 3 февраля 1943 г. отряд в 6.10 вышел из Батуми и двигался на запад, чтобы дезориентировать противника, а в 18.05 повернул в район операции. Однако стрельбу отложили на 1,5 часа в связи с запаздыванием отряда высадки. Крейсера и эсминцы отвернули на юг и маневрировали. 4 февраля в 2.16 отряд подошел к району высадки. Корабли легли на боевой курс, и в 2.35 «Красный Крым» открыл огонь по Озерейке. Израсходовав 598 130–мм и 200 100–мм снарядов, в 3.05 корабль прекратил огонь. Закончив обстрел берега, крейсера и лидер легли на курс отхода. 5 февраля в 10.50 «Красный Крым» прибыл в Батуми и ошвартовался к причалу.
В апреле 1944 г. А.И. Зубков был назначен командиром крейсера «Мурманск», переданного США в счет репараций. Командиром «Красного Крыма» становится капитан 1–го ранга П.А. Мельников, до этого командовавший дивизионом эсминцев.
9 мая 1944 г. «Красный Крым» перешел из Батуми в Поти, в охранении эсминцев «Железняков», «Незаможник», СКР «Шторм», БТЩ «Щит», 14 СКА, 4 самолетов «МБР–2». С 15 мая по 17 августа 1944 г. крейсер прошел плановый ремонт в Поти. При этом был применен метод неполного докования в 5000–тонном доке. Длина носовой консоли корабля составила 33,6 м, угол дифферента плавдока — 3°. Находившийся в доке крейсер посетил нарком ВМФ адмирал Н.Г. Кузнецов.
В ноябре 1944 г. эскадра Черноморского флота перебазировалась в Севастополь. 4 ноября в 9.00 крейсер вышел из Поти вместе с линкором «Севастополь» в охранении эсминцев «Незаможник», «Железняков», «Летучий», «Легкий», «Ловкий» и 8 катеров «больших охотников». 5 ноября в 8.00 корабли соединились со вторым отрядом — два крейсера и три эсминца. В 8.50 на флагмане был поднят сигнал: ««Красному Крыму» быть головным». Крейсер полным ходом обошел линкор и стал во главе эскадры. В 12.50 носовая 100–мм установка крейсера сделала первый салютный выстрел, он первым из кораблей эскадры вошел в базу и в 13.07 стал на бочку.
