Архитектор стал прорабом. Так он и совмещал эти должности всю свою жизнь. В 1893 году Коммерческое училище было, наконец, достроено. Оно стало настоящим украшением Немецкой улицы (теперь Пушкинская) и всего Харькова. Сейчас в этом здании находится Национальная юридическая академия им. Ярослава Мудрого.
По уставу Петербургской академии художеств, после трехлетней практики архитектор мог взять тему проекта для получения научной степени академика архитектуры. Алексей Николаевич выбрал тему «Библиотека на полтора миллиона томов с галереей выдающихся людей и нумизматическим залом». В 1894 году проект был представлен комиссии, получил отличную оценку, что принесло Бекетову звание академика архитектуры и, соответственно, действительное членство в Академии художеств.
Тем временем в Харькове появились новые заказы. Быстро развивающиеся капиталистические отношения не обошли стороной крупный украинский город. Географическое расположение Харькова, торговые традиции, заработанное университетскими, театральными, литературными поколениями положение культурного и научного центра открывали перед городом большие перспективы в новом мире. Уже по всей Украине был известен предприниматель и меценат Алексей Кириллович Алчевский. Фундаментом его бизнеса стала деятельность финансовая. Харьков нуждался в современных банковских сооружениях, работать с деньгами надо было в новых помещениях. Эта задача и стала перед самым многообещающим и модным харьковским зодчим. Тем более что с семьей Алчевских его семья была очень близка. Одну из дочерей Алексея Алчевского – Анну – Алексей Бекетов даже взял в жены. Анна Алексеевна имела с мужем общие интересы, она была художницей. Бекетов и сам был неплохим пейзажистом, регулярно участвовал в выставках.
Итак, Бекетову была поставлена задача построить новое здание Земельного банка. Знания о строительстве банков Бекетов решил получить за границей. Он побывал во Франции, Италии, Германии, там освоил специфику размещения операционных залов, рабочих помещений, сейфов и в результате разработал полностью оригинальный проект. Сейчас в здании бывшего Харьковского земельного банка на площади Конституции (ранее Николаевская) находится автотранспортный техникум. В 1899 году на той же площади Бекетовым был возведен дом Торгового банка (сейчас Дом техники) и в 1907 году – здание Волжско-Камского коммерческого банка (ныне Театр кукол).
Много времени, сил и таланта Алексей Бекетов вложил в сооружение здания Харьковских судебных установлений на нынешней площади Руднева. Здание было спроектировано и построено при участии архитекторов Цауне и Хрусталева. Проект был составлен еще в 1898 году, но само здание было открыто для посетителей лишь через четыре года. Во время этой работы Бекетову пришлось в полной мере применить все свои разносторонние знания и умения, столь необходимые зодчему. Архитектор должен ведь не только «нарисовать» внешний вид дома, но и спроектировать внутренние помещения в зависимости от их функционального назначения, заняться интерьером и иногда, как в случае с данным домом, мебелью. Кроме того, архитектор обязан хорошо разбираться в материаловедении, геодезии, геологии, экологии. Так, на площади, предназначенной для воплощения проекта трех архитекторов, пришлось применить дренаж по всему периметру площади, поскольку в этом месте строение оказывалось на одном уровне с уровнем воды.
Здание судебных установлений было построено в классическом стиле. Русский классицизм – излюбленный стиль Алексей Бекетова, впрочем, в нем он не был догматиком и смело использовал элементы других архитектурных направлений – как новых, так и хорошо забытых старых; лично руководя строительством, он применял передовые достижения строительной техники. Здания Бекетова отличают строгие композиционные замыслы, но и частое применение декоративных мотивов античности, Возрождения, барокко, классицизма, модерна и даже ориенталистических элементов. Специалисты отмечают у Алексея Николаевича прекрасное чувство ансамбля, масштабности и пропорций, отменный художественный вкус.
Еще одним знаковым для Бекетова творением стало здание Общественной библиотеки (ныне – им. Короленко), одними из инициаторов открытия которой были все те же Алчевские и ряд других прогрессивных деятелей Харькова (к коим, собственно, всегда принадлежали и Бекетовы). В 1901 году Алексей Николаевич возвел это полезное здание, не взяв за это плату. Вместо денег при начале проектирования он получил от общественности благодарственный адрес. Бескорыстно Бекетов выполнил и проект здания знаменитой Воскресной школы Христины Даниловны Алчевской на углу улиц Чернышевской и Совнаркомовской. Сейчас в этом помещении находится выставочный зал Харьковского художественного музея.
Одно из самых сложных заданий архитектора – проект комплекса Харьковского медицинского общества (сейчас – институт им. Мечникова). В рамках комплекса необходимо было собрать помещения совершенно разной функциональной направленности. Но и с этой работой талантливый домостроитель справился прекрасно. Как и с другими сооружениями в Харькове: образовательными – Высшие женские курсы, Коммерческий институт; частными домами – Соколова, Алчевских (ныне ДК милиции) и др. При постройке частных домов Бекетов чаще отходил от строгой ордерной системы. Тут появлялись и псевдомавританские формы, и неоклассические, и античные (как, например, в собственном особняке Бекетова, где сейчас расположился Дом ученых). Диапазон и мастерство владения разными формами необычайно широки – от монументальных колоннад и многоярусных пилястровых порталов до лирического образа балкона-лоджии с фигурами кариатид, которыми он украсил особняк для своей семьи.
Среди других харьковских работ Алексея Бекетова стоит также вспомнить постамент памятника В. Каразину, стоящего сейчас у входа в Харьковский национальный университет.
Первая мировая война не дала Бекетову осуществить ряд проектов, которые, по мнению архитекторов и искусствоведов, безусловно, могли бы стать украшением Харькова. Это проект женского медицинского института и театра на 2200 человек (полагают, что это вообще, возможно, самый интересный проект Бекетова).
Алексея Николаевича вспоминают не только в Харькове, не только в этом городе находятся спроектированные им здания. Академик, профессор архитектуры (он получил это почетное звание в 1898 году) был известен широко на юге Российской империи, построил театры в Новочеркасске и Симферополе, банк в Ростове-на-Дону, Горный институт и дом железнодорожного управления в Екатеринославе (сейчас Днепропетровск). С особой теплотой вспоминают харьковского зодчего на Южном берегу Крыма. Здесь, в Алуште, Николай Николаевич Бекетов – отец архитектора – имел свою дачу, подолгу отдыхал вместе со всей семьей. В 1895 году ученый подарил соседний участок земли сыну. Здесь здание своей дачи спроектировал Алексей Николаевич, сам он перенял привычку проводить лето в Алуште у отца, сейчас здесь продолжают бывать представители нынешнего поколения Бекетова. Внук зодчего Ф. Рофе-Бекетов работает в Харькове, в Крыму же живет в оставшейся для частного пользования части дачи, остальные помещения стали Домом-музеем академика А. Н. Бекетова. В южном городе еще немало особняков и дач, созданных по проекту Алексея Николаевича.
Помимо непосредственной деятельности над проектами и строительством, Алексей Николаевич преподавал будущим градостроителям (и до и после Октября 1917 года) в институте коммунального строительства (до начала Великой Отечественной войны он заведовал здесь кафедрой архитектуры), технологическом и художественном институтах. Он издал учебник по архитектуре для студентов технологического института, опубликовал ряд статей в местных и столичных журналах, принимал участие во всех пяти съездах российских зодчих.
Революция не оборвала карьеру Бекетова. При новой власти он пользовался все тем же уважением, хотя и работать пришлось еще больше, еще энергичнее. Алексей Николаевич был среди учредителей Всесоюзного, республиканского и областного правлений Союза архитекторов СССР, стал действительным членом Академии архитектуры СССР. В 1939 году он без защиты диссертации получил степень доктора архитектуры, в 1941 году Бекетову было присвоено звание заслуженного деятеля искусств УССР. При советской власти Алексей Николаевич много работал на Донбассе, часто ездил в Горловку и Макеевку, проектировал дома для шахтеров. Он осуществил ряд проектов гражданского и жилищного назначения в Харькове, Киеве, Баку. В Донецке под его руководством был возведен корпус университета. В Харькове Бекетов построил электротехнический корпус ХТИ (ныне – политехнический университет), еще один банк, реконструировал Дворец культуры «Металлист». Он также получил право на сооружение нового университетского здания, но не смог осуществить задуманного из-за новой войны. Любопытно, что Бекетов участвовал и в конкурсе на сооружение знаменитого Госпрома, но он был так далек от модного тогда конструктивизма, что не смог конкурировать с молодыми коллегами. Всего за свою жизнь Алексей Бекетов возвел около ста зданий.