Невеста Ксения, бывшая с родителями на богомолье, прислала в дар жениху, по русскому обычаю, богато убранную постель и белье, расшитое серебром и золотом. Ежедневно слали гонцов из Москвы к царю Борису и обратно из Троицы — к принцу Иоанну. 16 октября, находясь в Братошине на пути из Троицы, Борис Годунов узнал о внезапной болезни принца. Приехав в Москву, царь стал умолять врачей и своих, и прибывших с принцем из Дании спасти дорогого будущего зятя и сулил за его выздоровление великие милости. Борис Годунов дал обет: если принц останется жив, то он отпустит на свободу четыре тысячи узников, а также велел раздавать нищим богатую милостыню. Поначалу врачи уверяли царя, что болезнь герцога Иоанна не опасна и излечима. Но ему становилось с каждым днем хуже. 27 октября Борис Годунов посетил больного принца Иоанна. И когда нашел его очень слабым, то стал горько плакать и жаловаться у его постели. Один из членов датской свиты услышал и записал в дневник слова русского царя: «Заплакала бы и трещина в камне, что умирает такой человек, от которого я ожидал себе величайшего утешения, — восклицал Борис Годунов. — В груди моей от скорби разрывается сердце». Царь приехал к нареченному зятю и на следующий день. Принц Иоанн был без сознания и бредил. Царь сильно предавался горю и не отходил от его постели. К вечеру жар усилился, и 29 октября в два часа ночи, не приходя в сознание, принц скончался. Ксения, услышав о смерти своего жениха, сильно убивалась по нему, а Борис Годунов сказал ей: «Погибло, дочь, твое счастье и мое утешение». В трагедии А. С. Пушкина безутешная Ксения Годунова, целуя портрет умершего жениха, произносит:

Ксения осталась невестой-вдовой. В последующие годы обстоятельства складывались так трагически, что царю Борису Годунову было уже не до искания женихов.

В 1603 году после нескольких неурожайных лет в Российском государстве начался невиданный по масштабам голод. Многие богатые люди, имея большие запасы старого хлеба, отказывались продавать зерно, придерживая его в эгоистических целях наживы и требуя за него большие деньги. Цены на хлеб стремительно росли почти до 1605 года. Цена на рожь поднялась в 20 раз. Основная часть населения не могла покупать такой хлеб. Правительству Бориса Годунова не хватило твердости, чтобы сломить сопротивление богатых монастырей и бояр, отказавшихся поделиться хлебными излишками в условиях неурожая. Не удалось ему ввести твердые цены на хлеб и обуздать бешеную спекуляцию зерном. Однако сам Борис Годунов не жалел средств на борьбу с массовым голодом. Чтобы прокормить население, он организовал оплачиваемые общественные работы в Москве и приказал ежедневно раздавать нуждавшимся денежную и хлебную милостыню. Услышав о такой царской щедроста, народ толпами устремился в Москву, отчего голод в столице лишь усилился. За два года голода на трех больших братских кладбищах, или «скудельницах», было погребено 127 тысяч умерших. Количество погибших во всех городах и селах было так велико, что современники утверждали: в голодные годы вымерла «треть царства Московского». Ожесточение и отчаяние порождало сначала разбои и грабежи, а затем голодные бунты неимущих, восстания и междоусобные войны.

Именно в это время в Польше объявился самозванец — Лжедмитрий. Оживили идею о чудесно спасшемся царевиче Дмитрии политические противники Бориса Годунова. Но стремительным успехам авантюриста-самозванца способствовали не только покровительство польского короля Сигизмунда III и поддержка русских бояр-изменников, но и настроения и ожидания русского народа, в сознании которого слухи о спасшемся «прирожденном государе», младшем сыне Ивана Грозного, превратились в утопическую веру в «доброго царя». Трагедия заключалась в том, что молва эта, попав в народную среду, распространилась быстрее морового поветрия. А между тем под именем законного наследника русского престола к власти шел неразборчивый в средствах самозванец-авантюрист и изменник, который еще до вступления на Русскую землю заключил тайные соглашения с Сигизмундом III о передаче Речи Посполитой обширных территорий и огромных богатств Московского государства. Кроме того, перейдя в католическую веру, самозванец-вероотступник обещал своим польским покровителям привести все «православное царство Московское» в католичество за год и жениться на подданной польского короля, Марине Мнишек, дочери Юрия Мнишека, который представил Лжедмитрия Сигизмунду III.

Подлинное имя и историю самозванца Лжедмитрия московские власти установили очень быстро. Знала об этом, конечно, и Ксения. «Дмитрием» называл себя беглый монах-расстрига Григорий Отрепьев, которого обличили его мать, родной брат и дядя. В августе 1603 года Борис Годунов через Посольский приказ обратился к первым польским покровителям самозванца с требованием выдать «вора». Однако внутри России появление самозванца долго замалчивалось, слухи о нем беспощадно пресекались. И это понятно. Они порочили правителя Бориса Годунова, объявляя его причастным к гибели царевича Дмитрия, который умер во время приступа эпилепсии в Угличе в 1591 году, за семь лет до того, как царем был избран Борис Годунов. Открытое обличение самозванца в стране началось лишь тогда, когда Лжедмитрий вторгся в Россию. Но они уже не могли искоренить слухи о вновь объявившемся претенденте на русский престол — царе-избавителе.

Первое вторжение Лжедмитрия, поддержанное польским королем, в 1605 году потерпело полный крах. Быть может, династия Годуновых так и не была бы сброшена с трона проходимцем-самозванцем, если бы не внезапная смерть царя Бориса. Только близкие родственники, наверное, понимали в полной мере, что злобная клевета, обвинявшая Бориса Годунова в убийстве последних членов законной династии, включая царя Федора Ивановича и царевича Дмитрия, подрывала его здоровье сильнее, чем последние трудные годы правления. Царь Борис стал тяжело болеть с 1602 года. В 1604 году его постиг первый паралитический удар, несколько недель Борис Годунов не выходил, а когда появился, то волочил за собой ногу. 13 апреля 1606 года еще далеко не старый Борис Годунов скоропостижно скончался от апоплексического удара.

Смерть царя Бориса Годунова усилила Смуту в Российском государстве, дала новый толчок к распространению слухов об «истинном царевиче Дмитрии», расчистила путь самозванцу, погубившему династию Годуновых. Преемник Бориса Годунова, его шестнадцатилетний сын Федор, «подавал народу твердую надежду, что будет добрым, благочестивым царем», но царствовал после смерти отца только два месяца. Царевна Ксения стала свидетельницей внезапного и трагического падения своего рода и предательства тех, на кого Годуновы возлагали свои надежды.

7 мая 1605 года боярин Петр Федорович Басманов, которому Борис Годунов незадолго до кончины вверил командование армией, изменил царю Федору Борисовичу под Кремами и перешел вместе с войсками и другими знатными боярами на сторону Лжедмитрия I.

Оставшись без армии, царская семья Годуновых оказалась почти совершенно незащищенной. Несколько тысяч московских стрельцов, до конца верных Федору Борисовичу, молодой царь отправил на Оку, защищать Москву. И они остановили Лжедмитрия I под Серпуховом. Тем временем 1 июня произошло восстание в Москве. Пробравшиеся в Москву гонцы самозванца прочитали с лобного места «прелестные грамоты» Лжедмитрия, которые обличали «изменников Годуновых, неправедно завладевших царством». Толпа бросилась громить и грабить дворы бояр, зажиточных людей и торговцев, нажившихся на голоде. Однако восставший в Москве народ, издеваясь над сильными мира сего, никого не убивал и не казнил Годуновых. Царицу Марию Григорьевну, вдову Бориса Годунова, и его сына, царя Федора Борисовича, убили «воровские» бояре-изменники.