Если на первых порах упадок духа патриарха легко объяснялся рижским конфузом, то со временем бездействие святейшего превратилось в загадку, никому не понятную, даже августейшему ученику. Царь деликатно не докучал наставнику неудобными вопросами, избегал неприятных коллизий, задевавших самолюбие Никона, скрупулезно соблюдал публичный церемониал, подчеркивавший верховенство главы церкви. И даже больше. В течение 1657 г. дважды навестил важные для владыки мероприятия в патриарших подмосковных резиденциях — 30 апреля (10 мая) «оклад» хором в селе Троице-Голенищево подле Воробьевых гор, 16—18 (26—28) октября освещение соборного храма в Воскресенском монастыре на реке Истре. Кроме того, постоянно интересовался самочувствием первосвятителя в периоды отлучек того из Москвы в окрестные усадьбы. За пять дней — с 21 (31) по 25 мая (4 июня) — в село Воскресенское «со здоровьем» приезжало два царских гонца — стольник Иван Жданович Кондырев и Петр Дмитриевич Скуратов. В середине июня, в двадцатых числах июля и сентября, в первой декаде декабря на стройплощадку русского Нового Иерусалима с тем же являлся стольник Алексей Петрович Головин. Однако Никон словно не замечал высочайшего ободрения. Исправно служил по праздникам и воскресеньям, в храмах московских и загородных литургии, вечерни, заутрени и всенощные. Разъезжал по патриаршим селам Владыкино, Чернево, Нахабино, Троице-Голенищево, Красное (Воробьево) и Воскресенское. На Истре, где сооружался знаменитый архитектурный ансамбль, жил по два и три дня, не считая перечисленных выше длительных посещений на пять и более суток. А обязанностями главными — государственным управлением, в принципе, не занимался.
В середине октября Алексей Михайлович присутствовал на общем соборе духовной и светской знати. Обсуждали учреждение новых епархий. Постановили создать в Белгороде митрополию, в Смоленске и Мстиславле — архиепископство, в Вятке и Перми — епископство. Вакансии заполнили тут же. Митрополита Крутицкого Питирима перевели в Белгород, архиепископа Суздальского Филарета — в Смоленск, епископа Коломенского Александра — в Вятку. От патриарха зависело, когда им переезжать на кафедры. Никон распорядился об отъезде только епископа Александра, и то не сразу, а 5 (15) декабря 1657 г. Филарет аналогичное предписание ожидал не меньше полугода, а Питирим так и не дождался. Митрополия Белоградская и Обоянская возникла в мае 1667 г. Исполнение Никоном воли высших слоев московского общества примечательно. Он и не думал ее претворять в жизнь. Епископству же Вятскому и Великопермскому «повезло» исключительно потому, что патриарх рассорился с Александром Коломенским, который скептически отзывался о реформе обрядов и подчас фрондировал, помогая втайне нероновцам, но не Неронову. За что и поплатился почетной ссылкой из Москвы в Вятку.
А Алексею Михайловичу игнорирование «собинным другом» мнения высшего духовенства и Боярской думы плюс оскорбившая его клеветническая акция на Украине, по всей видимости, открыли глаза на печальную действительность. Если он продолжит попустительствовать любимому наставнику, то все закончится очень плохо. И жертвы, понесенные в боях за Смоленск, Могилев, Вильно, Ригу, Украину, окажутся совершенно напрасными. Никона надлежало отстранить от власти, и чем скорее, тем лучше. Но прежде не мешало разобраться с тем, каким образом выводить государство из западни, в которую оно попало по вине православного архипастыря.
Знаменательно, что 18 (28) октября 1657 г. датирована высочайшая грамота, извещавшая запорожских казаков об отмене вояжа к ним А.Н. Трубецкого, Б.М. Хитрово и Л.Д. Лопухина в виду благополучного преодоления войском анархического периода «междуцарствия». Иными словами, на посольство, спровоцировавшее кризис, вроде бы возлагалась роль коллективного регента до избрания нового гетмана. Так Алексей Михайлович дебютировал в качестве самостоятельного политика. Именно самостоятельного, ибо молодой Романов поступил не в духе официального великодержавного курса, на который ориентировался прежде, вынужденно замещая патриарха. К примеру, 23 февраля (5 марта) 1657 г. Боярская дума собралась, чтобы удовлетворить интерес шведского двора о судьбе посольства Г. Бьелке и очертить русский мирный максимум и минимум. Председательствовал Алексей Михайлович. Решили послов не отпускать до конца войны. Верхнюю планку мирных кондиций подняли до «Лифлянской земли и Корелы», нижнюю снизили до семи крепостей — Дерпт, Корела, Копорье, Нарва, Орешек, Ивангород, Новый городец. Хотя на ту пору царский штандарт развивался лишь над Дерптом и Новгородком «немецким»…
Теперь, полгода спустя, Алексей Михайлович остерегался переборщать, понимая, что на кону жизнеспособность русско-украинского союза. Скорей всего, государь повел себя ответственно не без влияния старшего товарища — окольничего и дворецкого Ф.М. Ртищева. Федор Михайлович наладил регулярную корреспонденцию с украинскими городами. Не он ли первым обрисовал августейшему другу критичность положения в казацкой республике, взбудораженной ультиматумом якобы московского царя? И тем самым сподвигнул к переосмыслению политической стратегии, избранной «собинным другом». Во всяком случае, с середины октября ситуацию на Украине Алексей Михайлович отслеживал с большим тщанием. Важнейшие сообщения докладывались ему незамедлительно. Посланника Выговского, есаула Юрия Миневского, поднесшего челобитье запорожцев от 9 (19) октября об утверждении в должности нового гетмана, по высочайшей воле 8(18) ноября подробно расспросили о контактах старшины с королем шведским, о подстрекательских происках поляков, о «бунте» Грицко Лесницкого и об осуждении Антона Ждановича, воевавшего в войсках Ракоци.
11 (21) ноября на аудиенции московский государь Выговского гетманом признал, а заверенный печатью документ поручил отвезти в Чигирин Б.М. Хитрово. Впрочем, дипломатическая миссия окольничего не была основной. Алексея Михайловича насторожило отсутствие на черкасской челобитной автографов выборщиков, неучастие в раде казаков из Запорожской Сечи, вести об их мятеже, будто в поддержку Лесницкого, неотправка Выговским посредника к шведам, обещанная Артамону Матвееву, готовность гетмана к еще одному переизбранию на «большой раде». И, естественно, он наказал Борису Матвеевичу обстоятельно разведать, насколько серьезна угроза отпадения Малой Руси от Великой. Ведь без прочного русско-черкасского союза обессмысливалась обрядовая церковная реформа. Она просто теряла привлекательность для большинства населения московского государства. Так что уход Украины обратно к Польше или кому-либо другому неминуемо оборачивался торжеством Неронова, кстати, такой финал и предрекавшего.
27 ноября (7 декабря) Юрий Миневский с товарищами откланялся царю в Золотой палате. 29 ноября (9 декабря) 1657 г. не мешкать с отъездом велено Хитрово с напарником — стольником И.А. Прончищевым. Они отсутствовали в Белокаменной почти четыре месяца. До Переяславля, где встретились с Выговским, добрались в двадцатых числах января. Гетман приехал к ним через три недели. В середине февраля Хитрово и Выговский побеседовали тет-а-тет. Иван Остафьевич произвел хорошее впечатление на посла. Однако, в первые дни проживания в Переяславле, 25 января (4 февраля) 1658 г., под Полтавой отряд из местных казаков и запорожцев под командой полковника Мартына Ивановича Пушкаренко и кошевого атамана Якова Барабаша разбил полуторатысячное воинство Ивана Богуна, спешившего покарать Пушкаренко. Тот открыто обвинил в измене пана Выговского, который якобы «помирился с ляхами и с ордою… взятьем и огнем хочет разорить всю Украину». С помощью Хитрово конфликт быстро погасили мирным путем. Как выяснилось ненадолго.
Зато мятеж полтавчан и сечевиков, если и не запятнал репутацию гетмана, все же положительную роль сыграл. Борис Матвеевич убедился, что общественная атмосфера в «черкасской» земле слишком накалена. И во многом по вине Москвы, чья война со шведами — соратниками казаков по борьбе против шляхты — непопулярна и непонятна. Она наряду с претензиями Алексея Михайловича на польскую корону вносила разлад в ряды защитников украинского православия. Претензии, правда, к весне 1658 г. благодаря польской волоките и бесконечным отсрочкам созыва сейма выглядели малореалистичными. В отличие от сражений за Лифляндию и Карелию. Споры о московских амбициях в Прибалтике, да и в Польше тоже, подтачивали веру украинцев в надежность недавно обретенного союзника и покровителя, разочаровывали их в старшем русском брате. Опасную тенденцию следовало пресечь, покончив с войной, непопулярной в России не меньше, чем на Украине. А это означало отстранение от власти ее инициатора — Никона.