В середине июня австрийская армия вторглась в беззащитную Саксонию, и это самым тяжёлым образом сказалось на настроениях и боевом духе саксонцев в 9-м корпусе. В то время как они без дела стояли на Дунае, их страна подверглась грабежам и насилию. Бернадот предложил передислоцировать корпус в Саксонию, но Наполеон попросил его подождать до решающих событий.

Решающее событие произошло 5—6 июля под деревней Ваграм. В жизни маршала оно тоже сыграло немалую роль, а потому остановимся на нём более подробно. Согласно полученной от Бертье диспозиции, 9-й корпус 4 июля должен был выдвинуться в район укреплённого французами в рукаве Дуная острова Лёбау. Вечером того же дня Бернадот вместе со всей французской армией стал переправляться с Лёбау на северный берег реки, оставив на острове два своих батальона. Это было первое ослабление корпуса, но далеко не последнее. Переправа осуществлялась по нескольким понтонным мостам, построенным по проекту самого императора, продемонстрировавшему, как пишет Хёйер, высокое инженерное искусство и полководческую основательность автора.

Утром 5 июля 9-й корпус, оставив на острове половину артиллерии, завершил переправу и вместе с итальянской армией занял позиции во второй линии за корпусами Массены, Удино (1767—1847) и Даву. Когда войска стали двигаться по равнине и веером расходиться в стороны, корпус Бернадота оказался впереди корпуса Массены, образовавшего левый фланг всей армии. В образовавшийся между Удино и Бернадотом промежуток вошли итальянская армия короля Евгения и корпус МакДональда. В распоряжении Бернадота осталось 12 батальонов, а у Дюпа — 7, но Дюпа так и не появился — его дивизию Наполеон передал на другой участок. Из 20 эскадронов кавалерии в 9-м корпусе осталось 16 — 4 были переданы Удино. Напомним, что саксонские дивизии только что были переформированы и в таком составе в бой шли первый раз.

Эрцгерцог Карл построил свои боевые порядки недалеко от Дуная у деревни Ваграм, прикрывшись естественным водным препятствием — каналом Руссбах. Наполеон оставил Массену против правого австрийского фланга, на котором у них был тройное превосходство, зато против левого фланга Наполеон сосредоточил все остальные силы. 9-й корпус оказался напротив Ваграма прямо у стыка двух австрийских группировок, что предвещало жаркие схватки (Хёйер называет этот участок самым важным в сражении).

На подходе к Ваграму саксонцы прогнали австрийский заслон в деревне Раасдорф и продолжили марш в северо-западном направлении к деревне Адерклаа. Именно в этот момент дивизия Дюпа по распоряжению императора ушла на север к Руссбаху. С левого фланга на корпус напала австрийская кавалерия, но французы под командой Жерара повернули её вспять. К семи часам вечера в расположении корпуса неожиданно появился адъютант Наполеона и будущий министр полиции генерал Савари и объявил, что император принял решение покончить с противником уже сейчас, в связи с чем корпуса Евгения и Удино атакуют левый фланг эрцгерцога Карла, а Бернадот должен был поддержать наступление взятием Ваграма. Импровизированная фронтальная атака была чревата тяжёлыми последствиями. Бернадот это хорошо понял, но приказ есть приказ, и он повиновался.

Бернадот взял с ходу Ваграм, но продержаться там долго не смог. Противник подтянул к Ваграму дополнительные дивизии, и саксонцам пришлось отступить. Потом атака повторилась, и

Ваграм был взят Бернадотом во второй раз, но противник снова навалился на него превосходящими силами, и Бернадот снова отступил — как отступили с большими потерями находившиеся справа от него части Удино, МакДональда и дивизия Дюпа. К 23.00 корпус отступил к Адерклаа и на рассвете 6 июля с трудом восстановил свои порядки.

Бернадот и его подчинённые находились в подавленном состоянии. Наполеон бросил саксонцев в самое пекло, нисколько не учитывая их состояние и численность. Он видел в этом доказательство очередной интриги Бертье, который снова молчал, а между тем потрёпанный 9-й корпус, потерявший около половины своего состава, находился на опасном острие, образуемом позицией корпуса Массены, обращённой на запад, и позициями Удино, Евгения и Даву, обращёнными на север, и в любой момент мог подвергнуться атаке противника. Соседи Массена и Евгений находились от него на расстоянии 4 км. Под влиянием всех этих чувств и опасений маршал к утру отдал приказ уйти из Адерклаа и занять позиции в 1,5 километра к востоку от деревни.

Утром 6 июля эрцгерцог Карл принял решение направить удар почти всех своих сил против левого фланга французов, т.е. против Массены и Бернадота. Австрийцы быстро заняли Адерклаа и нанесли по 9-му корпусу тяжёлый удар. К половине 8-го утра у Адерклаа с основными своими силами появился Массена. Вместе с Бернадотом он попытался вернуть деревню, но силы были слишком неравными, и атака захлебнулась. В этот критический момент на левом фланге появился Наполеон, и между ним и Бернадотом произошёл горячий разговор. Появился, наконец, Дюпа, но от его дивизии осталось всего 700 человек. Бернадот попытался на месте выяснить, кому он был обязан потерей целой дивизии в самый критический момент боя, но ни Дюпа, ни Наполеон не могли сказать на этот счёт ничего определённого. (Позже выяснилось, что Дюпа «увели» адъютанты Бертье).

О дальнейшей роли 9-го корпуса в битве под Ваграмом ясности не существует. Судя по всему, пишет Хёйер, он был отведен в ближайший тыл к деревне Раасдорф и отражал атаки противника на линии, принадлежавшей Массене, а его позиции у Адерклаа занял МакДональд. К вечеру, когда кровавое побоище закончилось победой французов, корпус находился в дер. Леопольдау. Хёйер пишет, что Наполеон, не обвиняя прямо Бернадота в неудачном участии 9-го корпуса в Ваграмском сражении, тем не менее дал волю своем неудовольствию его слабым вкладом в победу.

8 июля Бернадот, огорчённый неудачным участием саксонцев в Ваграмском сражении, издал приказ, в котором в высокопарных и не совсем точных выражениях похвалил саксонцев за их вклад в общую победу и за храбрость в боях 5 и 6 июля. Это был как бы ответ на все несправедливости и унижения, которые он как командующий корпусом претерпел за последние дни от императора и начальника генштаба. Перед саксонскими генералами маршал выразил пожелание, чтобы приказ был опубликован в газетах, что они с удовольствием сделали.

Реакция Наполеона последовала не сразу. 9 июля Бернадот занимался участью многочисленных раненых в корпусе, а на следующий день от Бертье пришло уведомление о том, что 9-й корпус подлежит расформированию. Остатки корпуса формировались в дивизию, которая при командире Рейнье поступала в распоряжение короля Италии Евгения. Это был настоящий удар по самолюбию и Бернадота, и его саксонских подчинённых. Хёйер пишет, что роспуску корпуса предшествовала подача его командующим рапорта об отставке, но сам Бернадот в своих мемуарах пишет на этот счёт весьма невнятно. Скорее всего, заключает историк, решение императора по этому поводу было для него полной неожиданностью. Бертье, кажется, предлагал Бернадоту новое назначение, но тот от него отказался.

Уехал ли маршал из Вены в Париж по своей воле, или был удалён из армии по приказу Наполеона, не ясно. Но история с приказом от 8 июля получила своё продолжение. Французские газеты перепечатали немецкие публикации, и скоро Наполеон узнал о содержании приказа. Рассерженный император написал военному министру А.-Ж.-Г. Кларку (1765—1818): «Если представится возможность увидеть князя Понте-Корво, покажите ему моё недовольство смешным приказом, который он распространил во всех газетах... Ваграм ...взял Удино, князь Понте-Корво взять его не смог. Также мало соответствует истине, что саксонцы 5 июля прорвали центр вражеских позиций. Ни один ружейный выстрел не прозвучал с их стороны... Князь Понте-Корво... конченый человеку который гонится за деньгами, удовольствиями и величием, которые он не хочет окупить ни опасностями, ни трудностями войны». Император почему-то забыл, что Бернадот был в Ваграме под пулями, что его саксонцы дважды занимали Ваграм и дважды были вынуждены отступить под напором превосходящего противника.