Основные свои усилия Бернадот направил на то, чтобы искоренить причины недовольства как среди солдат, так и населения. Там, где можно, он вёл переговоры с местными предводителями, там же, где считал необходимым, применял силу, а в отдельных районах ввёл-таки трибуналы. Он разъезжал по провинции и беседовал с населением, уговаривал крестьян, обещал им помощь и справедливость. Он пришёл к выводу, что карательные экспедиции и конфискация оружия были мало эффективны, и добился от правительства того, чтобы за добровольную сдачу крестьянами оружия выплачивались деньги. К концу августа 1800 года появились первые, хотя и скромные, позитивные результаты.

Одновременно с этим Бернадоту приходилось заниматься и борьбой с английскими десантами и охраной всего северо- западного побережья Франции. В июне 1800 года, после разгрома датского флота и расстрела Копенгагена65, здесь появился флот Англии с 18-тысячным десантом. Подразделения Западной армии метались по берегу и пытались помешать высадке противника. Решающий бой произошёл под Кибероном, там французы не дали высадиться англичанам на сушу и заставили их вернуться на корабли. Только близ о-ва Нуармутье англичанам удалось высадить большую группу французских эмигрантов во главе с Кадудалем. К счастью, боевой дух мятежников к тому времени уже иссяк, и зажечь пламя нового восстания шуанов Кадудалю не удавалось. Попытки англичан закрепиться на французском побережье тоже потерпели неудачу.

Летом 1800 года к генералу приехала супруга с сыном и поселилась в епископском дворце в Ренне. Здесь на неё сильное впечатление произвели местные обычаи и постоянная опасность. По сообщению Изарна, Дезире иногда переодевалась в офицерский мундир и сопровождала мужа на конных прогулках. Уезжая в Париж, она договорилась с адъютантами мужа о том, чтобы они хорошенько присматривали за ним. Потом Жерар и Морэн писали ей письма и докладывали, как они остерегают своего шефа: в комнате рядом со спальней Бернадота всегда ночевал адъютант, во время поездок вместе с генералом всегда спал Жерар, а на лестницах и под окнами спальни стояли часовые; на прогулках генерала сопровождали 5—6 самых верных людей, одетых в такие же мундиры, что и сам объект охраны — чтобы террористы и бандиты не сразу узнали, кто из них Бернадот. Аналогичные меры безопаности принимались на приёмах посетителей, во время завтрака, обеда и ужина и купания в ванне. Морэн успокаивал генеральшу, что жизни её супруга ничто не угрожает, потому что он пользуется в Вандее огромной популярностью. (Насчёт популярности высказываться воздержимся, но факт, что ни одной попытки покушения на жизнь генерала за всё время его службы в Вандее не было).

Супруги находились в постоянной переписке друг с другом. Их письма, по свидетельству Хёйера, демонстрируют тёплые сердечные отношения. Бернадот советует Дезире не засиживаться дома и больше выходить в свет — ведь жизнь так скоротечна, и нужно сполна воспользоваться её благами. Он призывает её развивать свои музыкальные и танцевальные способности. Супруги живо обсуждают сына, которого настала пора отнимать от груди и вакцинировать от оспы. Много строк занимают советы супруга обратиться к зубному врачу и вытащить у Оскара больной зуб: лучше пострадать один раз, чем долго мучиться. К тому же больной зуб так портит внешний вид! Это замечание подвигло-таки трусиху Дезире пойти к дантисту. Правда, окончательно убедить её в этом помог корсиканец Чиаппе, общий друг супружеской четы Бернадотов. Генерал благодарит Чиаппе за помощь, а супруге пишет, что тот слишком часто стал у неё бывать66.

В этот период Бернадот продолжал заниматься самообразованием и пополнять свои знания. Осенью 1800 года он составил записку о возможной ликвидации крепости Филиппсбург, в которой цитировал Морица Саксонского, Ллойда и др. авторитетов в области фортификации и военного искусства. Швейцарский публицист Этьен Дюмон в 1801 году после обеда, на котором присутствовал Бернадот, сказал, что был впечатлён его деятельностью и огромным влиянием на солдатскую массу, и что его беседа за столом выдавала в нём вполне образованного человека. Приятное признание для бывшего гренадера полка Рояль-Марин!

Между тем к лету отношения между первым консулом и командующим Западной армией стали снова заметно портиться. Если раньше Бонапарт заканчивал свои письма к нему дружеской фразой «Je Vous salue et Vous aime» и приветами Дезире, то уже в письме от 18 июля он ограничился коротким «Je Vous salue»67, а потом тексты посланий и вовсе становились всё суше и холодней, пока к концу года переписка не прекратилась вовсе.

Одной из причин этого могли служить напряжённые отношения Бернадота с военным министром Л. Карно и постоянные жалобы на него первому консулу, который к этому времени уже, вероятно, задумал Западную армию упразднить, а также доклады полиции о причастности генерала к интригам против первого лица Консульства.

В сношениях с Карно Бернадот избрал весьма резкий и вызывающий тон, напоминая ему о том, что он — член Государственного совета и генерал-аншеф, а тот — всего лишь какой-то кабинетный генерал, который плохо понимает запросы простых солдат и к тому же в прошлом был на хорошем счету у якобинцев, а после 18 брюмера попал в опалу. Явно недозволенный приём критики! Как будто сам генерал не пребывал в точно таком же положении! «Мы более не живём во времена, когда донос или неприязнь могущественного властителя означали смертный приговор... Во всяком случае, я могу только высказать Вам сожаление, что Вы не отдаёте справедливости человеку, участие которого к Вам в Ваших бедах всегда следовало за Вами и который снисходительно относился к Вашей политической карьере». Вот такой залп красноречия «выдал» генерал-аншеф в адрес своего коллеги, пытавшегося высказать своё мнение.

Долго испытывать терпение Карно не пришлось — его скоро «ушли» в отставку. Но перед уходом он «хлопнул дверью» и, со своей стороны, успел лягнуть Бернадота, доложив первому консулу о том, что в районе действия Западной армии против Наполеона плетутся интриги и что «генерал-аншеф» смотрит на это более чем снисходительно. Всё это нервировало Бернадота и вносило дополнительные трения в отношения с Парижем. 6 сентября 1800 года он попросил Наполеона перевести его на открывавшийся португальский фронт, но тот решил отправить туда своего зятя, мужа сестры Полины генерала Леклерка.

К октябрю обстановка в районе действия Западной армии стабилизировалась и Бернадот вернулся в Париж, откуда управление армией осуществлял до апреля 1801 года. Пребывание в Париже Бернадот пытался использовать для получения назначения в Италию, предложив на своё место Й. Мюрата, но Мюрат, зять Наполеона, наотрез отказался рокироваться с ним и сам отправился командовать Итальянской армией. Это сильно ударило по самолюбию беарнца: получалось, что первый консул при назначениях на важные посты руководствовался не заслугами генералов и пользой дела, а исключительно родственными соображениями.

Бернадот попытался заручиться поддержкой Наполеона, чтобы получить назначение в Сан-Доминго, но неожиданно туда за какие-то провинности, вместо обещанной Португалии, послали Леклерка. В ноябре Леклерк, отправляясь за границу, по пути в Брест посетил Бернадота в Ренне. Встреча была холодной, Бернадот не мог простить Леклерку, что тот перешёл ему дорогу. А зря! Осенью 1802 года Леклерк умрёт от жёлтой лихорадки, а вся вест-индская затея Наполеона закончится полным фиаско.

10 октября 1800 года на первого консула в опере должно было произойти покушение, исполнителем которого стал корсиканец Жозеф Арена. В числе сообщников Арены был заподозрен итальянский скульптор Джузеппе Черакки (Ceracchi), знакомый Бернадота. Дело было, по мнению Хёйера, сфабриковано полицией Фуше, который использовал в этих целях агента-провокатора Хареля. Провокатор сделал донос на многих видных якобинцев, включая Массену, Ланна, Саличетти и Бернадота. Поскольку заговор был раскрыт сразу после высылки из страны активных якобинцев, подозрение пало на Бернадота. Его имя внесли в т.н. проскрипционные списки, и он должен был, по всей видимости, разделить судьбу своих многих коллег-генералов. После ареста