В 1581 г. царь в порыве гнева убил своего старшего сына Ивана, и младший, слабоумный Федор, стал наследником престола. Годунов сумел приобрести такое доверие Ивана Грозного, что тот перед смертью (умер 17 марта 1584 г.) назначил Бориса одним из опекунов царевича.
После венчания 27-летнего Федора на царство 31 мая 1584 г. Годунов как шурин нового правителя и его опекун стал членом Верховной Думы. Он получил знатный чин ближнего великого боярина и наместника в Казани и Астрахани. Кроме того, Борис получил всю Важскую волость, земли на берегах Москвы-реки, а также прибыль с Рязани, Твери, Торжка, Северской земли. Постепенно, где угрозами и жестокостью, где хитростью и обманом, Годунов оттеснил на задний план влиятельных бояр Мстиславских, Романовых, Шуйских, Воротынских, Головиных, Колычевых и других. С 1585 г. он стал фактическим руководителем Руси при недееспособном хозяине трона.
Борис уделял особое внимание защите и расширению Московской державы, строительству новых городов и крепостей. Он покровительствовал талантливым строителям и архитекторам, поощрял возведение церквей, был инициатором внедрения технических новшеств. Например, при нем в столице был сооружен водопровод, по которому вода из Москвы-реки мощными насосами подавалась по подземелью прямо в Кремль. А в 1600 г. по его приказу мастера надстроили столп колокольни Ивана Великого и отлили для колокольни огромный колокол. Возле Архангельского собора Москвы были выстроены обширные палаты для военных приказных ведомств. По всей столице строились торговые лавки, бани, купальни, ремесленные мастерские, а также мостились дороги. Благодаря поддержке Годунова раскрылся талант зодчего Федора Савельевича Коня, под руководством которого строители возвели в 1585 – 1593 гг. вокруг Белого города в Москве мощную крепостную стену из камня с оригинальными воротами и 27 башнями (была разобрана в XVIII ст.). Архитектор руководил и строительством грандиозной смоленской крепости (1595 – 1602 гг.), где Борис лично участвовал в закладке первого камня.
С 1586 г. влияние Годунова на Руси настолько возросло, что иностранные послы обращались к нему, минуя других высокопоставленных бояр, как к единственному правителю государства. С 1588 г. Борису Годунову официальным решением Думы было даровано право самостоятельного установления отношений с иностранными государями. В области внешней политики он предпочитал войне дипломатические средства, так как сам был неискусен в ратном деле. Годунов часто лично вел дипломатические переговоры, активно участвовал в проведении внутренней политики, отвечавшей интересам основной части дворянства. Его правительство заключило мир с Турцией и Польшей, от которой Иван Грозный потерпел поражение в Ливонской войне 1558 – 1583 гг., и вступило в войну со Швецией (1590 – 1593 гг.). В результате этих решительных действий Россия вернула утерянные города Ям, Орешек, Иван-город, Копорье и расширила выход к Балтийскому морю.
Годунов стремился на востоке и юго-востоке обезопасить границы, закрепить за Московской державой недавно обретенные сибирские пространства. После смерти Ермака 6 августа 1584 г. и ухода обратно за Урал казацкой дружины русская колонизация была упрочена постройкой Тюмени, Тобольска, Сургута, Верхотурья, Томска и др. городов. Для защиты Москвы с юга по приказу Годунова восстановили Курск и воздвигли города-крепости Воронеж, Белгород, Оскол, Валуйки. На Волге построили Самару, Саратов, Царицын, а также каменную крепость в Астрахани и в устье р. Терек.
Ко времени правления Годунова относится учреждение патриаршества на Руси. Первым русским патриархом 26 января 1589 г. стал митрополит Иов.
15 мая 1591 г. в Угличе загадочно погиб Дмитрий – сын шестой жены Ивана IV. Следствие объявило, что царевич, страдавший падучей болезнью, играя ножом, в припадке упал на него горлом и сам зарезался. Москвичи этому не верили: слишком выгодной была смерть маленького Дмитрия для Бориса, который наметил занять престол. Его кончины – все равно, вольной или невольной – Годунову Москва не простила никогда. Люди считали, что этот человек готов был делать добро, если оно не мешало его личным планам, а напротив, способствовало им. Но он также не останавливался и перед преступлением, если находил его нужным для своих собственных выгод. Вскоре после трагической кончины царевича в Москве вспыхнул сильный пожар, истребивший весь Белый город. Годунов оказывал помощь погорельцам в строительстве нового жилья, из собственных запасов раздавал зерно, хлеб, деньги, одежду, но благосклонности народа все равно не добился.
7 января 1598 г. последний представитель династии Рюриковичей, формальный царь Федор Иванович, скончался, не оставив наследника. 21 февраля после многих упрашиваний, под угрозой отлучения от церкви Борис согласился исполнить просьбу бояр и занять опустевший трон. 30 апреля он переехал в Кремль и поселился с семьей в царском дворце. К тому времени у них с Марией росли дочь Ксения, родившаяся в 1582 г., и сын Федор, появившийся на свет в 1589 г.
Летом того же года крымский хан Казы-Гирей во главе 150-тысячной орды подошел к Москве. Годунов не взял на себя главного начальства над русским войском, а поручил его князю Федору Мстиславскому, сам же занял место рядом с ним. Началось сражение, в котором обе стороны понесли потери. К вечеру хан приблизился к селу Воробьеву и посмотрел с вершины холма на столицу. Годунов пошел на военную хитрость и приказал без перерыва палить из пушек. Пленники сказали Казы-Гирею, что в Москве стреляют от радости, потому что туда пришли на помощь новые силы из Новгорода и других земель, и русские готовы на другой день утром перейти в атаку. Крымский хан немедленно начал отступление. Мстиславский и Годунов во главе русских войск начали преследование неприятеля и возле Тулы разбили его отставшие войска. Самого Казы-Гирея догнать не удалось. Из этого похода царь вернулся в столицу с триумфом. Но среди москвичей пошли слухи, что Борис сговорился с крымцами, чтобы отвлечь людей от других проблем.
1 сентября 1598 г. Борис Годунов венчался на царство. Это сопровождалось, кроме пиров во дворце и угощений народа, неслыханными послаблениями. Служивым людям было выдано двойное годовое жалованье, купцам дано право беспошлинной торговли на два года, земледельцы освобождались на год от податей; сидевшие в тюрьмах получили свободу, опальные – прощение, вдовы, сироты и нищие – вспоможение и съестные припасы. Казни фактически были отменены.
По-прежнему, получив известие о наводнении, пожаре или неурожае, царь торопился отправить деньги, съестные припасы, одежду в пострадавшие земли. Будучи весьма активным, он часто доставлял это сам, объезжая владения. Россия еще не видела такого деятельного правителя. Есть сведения, что он хотел завести в Москве высшую школу, где бы учили иностранцы, но наткнулся на сопротивление духовенства. Понимая важность образования, Годунов первым из царей послал дворянских отроков в Англию, Францию и Австрию «для науки разных языков». Из-за кордона он приглашал на царскую службу врачей, рудознатцев, суконников и других специалистов. Например, приезжавших в Россию мастеров из Ливонии и Германии царь принимал хорошо, назначал им щедрое жалованье и награждал поместьями с крестьянами. Германцам разрешено было даже построить в Москве лютеранскую церковь. Борис Федорович старался поддерживать мирные отношения с соседями и в 1601 г. заключил 20-летнее перемирие с Польшей, пытался наладить торговлю с Европой. Сделал он многое и, наверное, предполагал сделать еще больше. Но в то же время в России был отменен Юрьев день, когда крестьяне могли свободно переходить от одного владельца к другому. Правда, в 1601 г. Борис снова разрешил переход крестьян во всей России, кроме московских земель, но лишь от мелких владельцев к мелким.
В 1601 г. от дождливого лета и ранних морозов случился неурожай. В следующем году недород повторился, и в Московском государстве начался мор. Ели кошек, собак, мышей и даже человечину, которая продавалась на рынках. Дорожному человеку опасно было заехать на постоялый двор, потому что его могли там зарезать и съесть. Ко всем бедам добавилась эпидемия холеры. Всех умерших царь хоронил за свой счет. Он также приказал за полцены продавать хлеб из своих амбаров, а вдовам, бедным и сиротам раздавать его бесплатно. И все равно умерло 127 тыс. чел. Люди начинали думать, что это – кара Божья, царствование Бориса не благословляется Богом, потому что оно беззаконно, достигнуто неправдой. Следовательно, не может кончиться добром.
