Органом безпосереднього керування повстанським рухом в УСРР у рамках Штабу був його організаційний відділ, до складу якого входили секції: організаційна, яка призначала співробітників на керівні посади в штабах повстанських формувань, підтримувала кур'єрський зв'язок між ними і Штабом, інструктувала командування повстанських угруповань; облікова - поточний облік повстансько-підпільних сил в УСРР; етапова - налагодження каналів оперативного зв'язку між ППШ і повстанцями; постачання і транспорту - матеріально-технічне забезпечення повстанських формувань.
За станом на 1 серпня 1921 р. організаційна секція направила в УСРР 111 осіб "для постійної організаційної праці" в штабах повстанських груп і районів та 11 кур'єрів. З 97 осіб, висланих до штабу 6-го району 2-ї повстанської групи, до місця призначення прибуло 80, а 13 повернулося з різних причин, не виконавши завдання.
Зрозуміло, яке велике значення мав постійний зв'язок між ППШ та його формуваннями в УСРР. Дбаючи про його забезпечення, етапова секція розробила "етапові шляхи" через кордон у напрямках Волочиськ-Проскурів і Корець-Житомир. Створювалися "контрольні пункти" для проведення кур'єрів через кордон та їх приймання на зворотному шляху. Планувалося розробити штати контрольних пунктів, а для контролю за виконанням службових обов'язків їхнім персоналом ввести в практику щомісячні ревізії представником Штабу. В майбутньому намічалося встановити зв'язок не тільки між ППШ і штабами повстанських груп, а й між окремими групами та районами повстанського руху.
Для налагодження чіткого зв'язку між Штабом і повстанцями була складена "Інструкція для зв'язку повстанських організацій". "Зв'язок в повстанській організації грає колосальну роль, як під час підготовчої праці, так і під час вибуху повстання. Повстання, - йшлося в цьому документі, - може дати перемогу при умові його підняття по всій Україні і керування повстанням з одного центру. То ж мусимо знать, що без належної організації зв'язку неможливо передати своєчасно накази й інструкції старшого начальника до менших, а менші начальники не можуть подати донесення старшим, і тому при відсутності зв'язку повстання приречене на невдачу". Передбачався зв'язок через технічні й особисті засоби. Застосування технічних засобів вважалося малонадійним (телефон, телеграф контролювалися владою), тому особлива увага приділялася організації зв'язкових пунктів. За інструкцією кожен штаб повстанської групи мусив мати по три таких пункти, розташованих у довірених осіб, котрі постійно мешкали в даному районі. Два пункти мали бути "збірними" і служити для збору інформації, що надходила зі всього району. Третій - планувався як передаточний між штабами вищого і нижчого рівнів. Начальник зв'язкового пункту повинен був приймати донесення до вищого штабу й зберігати їх до прибуття кур'єра, котрий повідомляв пароль. Начальник пункту, як говорилося в інструкції, мусив "бути німою поштовою скринькою", тобто не міг знати особи й адреси тих, хто передавав йому донесення. Він зобов'язувався тримати в таємниці довірену йому справу.
Місце дислокації пункту могло бути відомим лише начальникам районів та їх штабів, а також тим організаціям, що отримували від них інформацію. Сам же начальник пункту не повинен був знати місце розташування повстанського штабу. Він передавав тільки відомості конкретному штабу, що за ним закріплювався. Вироблялася система паролів: окремі паролі встановлювалися для районів та груп - їх штабами. Для зв'язку між ППШ і штабами груп вводився пароль, відомий лише цим штабам і передаточним пунктам зв'язку. Місця ж перебування штабів повстанських груп не повинні були знати ні функціонери ППШ (крім вищих керівників), ні сусідні повстанські штаби, ані пункти зв'язку.
Секція постачання і транспорту вела підготовку до регулярного постачання зброї повстанським формуванням в УСРР. Намічалося організувати п'ять прикордонних пунктів зосередження зброї поблизу польсько-радянського кордону в районах Сарн, Гусятина, Підволочиська, Корця і Рокитного. Необхідна була така кількість озброєння: 5 тис. гвинтівок, 40 кулеметів, 10 тис. ручних гранат і 350 тис. набоїв. Великий склад зброї і боєприпасів планувалося створити у лісовому масиві біля станції Моквин на залізниці Сарни-Рівне, куди їх мали перевезти нібито для забезпечення дислокованої там польської дивізії. Однак залишилася гострою проблема шляхів передачі зброї повстанським формуванням через кордон [704].
Як уже йшлося, ППШ намагався перетворити повстанські формування в УСРР на організовану, боєзданту силу, уніфікувати їх структуру, щоб ліпше пристосувати до поточного управління. Для цього всі повстанські сили в УСРР були поділені на 5 груп, котрі, в свою чергу, поділялися на райони. Існували такі повстанські групи: перша: центральні регіони Правобережної України, з центром в Березовці (5 районів); друга: південно-західний регіон Правобережжя з центром у Жмеринці (5 районів); третя: центральна Україна з центром у Гребінці (4 райони); четверта: південно-східні території УСРР, з центром в Павлограді (5 районів); п'ята: північно-східні регіони України, з центром у Харкові (3 райони). Зрозуміло, що чисельність кожного з цих підрозділів не була однаковою і залежала від ступеня розвитку повстанського руху в регіоні. Самі повстанські райони не являли собою стаціонарні угруповання, їх сили постійно курсували в межах певної території. ППШ навіть висував вимогу до груп пересуватися щодоби на 70-80 верст [705].
Органами оперативного управління груп і районів були штаби відповідних рівнів. У них на зразок структури ППШ пропонувалося створювати оперативні, розвідувальні, адміністративно-політичні, пропагандистсько-інформаційні, господарчі відділи. Штаби груп підтримували зв'язок з ППШ, керували штабами районів. Останні ж керували підрайонами, окремими повстанськими загонами й підпільними організаціями [706].
Співробітники управлінської ланки ППШ розробляли документи, спрямовані на впорядкування організаційно-штатної структури повстанських формувань, їх штабів, більш чітке встановлення завдань кожному повстанському формуванню. Так, в "Інструкції начальникам районів" передбачалося, що вони отримують права командирів бригад, підлягають командирам груп і на довіреній їм території поєднують функції військової й цивільної влади. Сам район поділявся на курені та сотні. До компетенції командирів груп входила організація мобілізації населення, розвідки, диверсійно-терористичної діяльності, пропагандистської роботи, зв'язку з іншими формуваннями.
Згідно з "Інструкцією начальникам груп" командири цих вищих повстанських з'єднань підлягали безпосередньо ППШ і за правами прирівнювалися до командирів дивізії. Вони координували оперативну роботу районів, підсумовували розвідувальні дані, мали право ревізувати роботу на рівні районів. Були вироблені штати повстанських штабів. Штат районного штабу складали: начальник району, начальник штабу, старшина для доручень, референти (зв'язку, з оперативної і розвідочної роботи), 10 зв'язкових і 10 інформаторів-агітаторів. Район поділявся на 4-5 територіально-бойових одиниць - куренів, один з яких мав бути гарматним (3 батареї з 4-ма гарматами в кожній). Управління курінної ділянки складалося з курінного, його заступника та ад'ютанта. До куреня входили 5-6 піхотних, одна кінна і одна кулеметна сотні. Управління сотні включало командира, його заступника і 4-х командирів підрозділів. До штабу командуючого повстанською групою входили командуючий, начальник штабу, старшина для доручень, референти за напрямками роботи (оперативний, розвідчий, господарчий).
Таким чином, склад штабів повстанських формувань призначався для керування головними напрямами роботи повстанського руху - від бойових операцій до підривної пропаганди. Території, на яких базувалися партизанські угруповання, повинні були служити і мобілізаційною базою для розгортання під час широкого виступу регулярних повстанських частин і з'єднань, котрі за структурою наближалися до загальновійськових. Потенційно в разі повного розгортання повстанські сили виростали до (із розрахунку по 5 районів в групі) 100-125 куренів (батальйонів), в тому числі - 20-25 артилерійських куренів (дивізіонів). У цілому це дорівнювало приблизно 10 тогочасним розрахунковим дивізіям.
