В конце 1946 года Эйтингон получил новое задание руководства разведки. Он был направлен в китайскую провинцию Синьцзян (Восточный Туркестан) для оказания помощи китайским коммунистам в установлении полного контроля над этой провинцией. Дело осложнялось тем, что дубань (правитель) Синьцзяна Шен Шицяй получил в свое время от Советского Союза крупную партию вооружения, включая авиацию, для борьбы против японских интервентов. Но, когда китайские коммунисты очистили север страны от японцев, Шен Шицяй переметнулся на сторону Чан Кайши. В Синьцзяне развернулось мощное сепаратистское движение мусульман-уйгуров, которым оказывали активную поддержку британская разведка и режим Чан Кайши. На помощь органам безопасности компартии Китая в подавлении сепаратистского движения и прибыл Эйтингон. Совместно с китайскими коммунистами ему удалось создать диверсионные группы, общее руководство которыми осуществлял Герой Советского Союза Николай Прокопюк. Эти группы эффективно противодействовали мятежникам. В итоге к 1949 году, когда Наум Эйтингон был уже в Москве, уйгурские сепаратисты потерпели полное поражение.

В 1947 году генерал-майор Эйтингон был вновь назначен заместителем П. А. Судоплатова, возглавлявшего отдел по диверсионной работе за границей. В послевоенные годы ему пришлось принимать активное участие в разработке и реализации оперативных мероприятий, в частности, по ликвидации литовских националистических бандформирований.

Следует отметить, что в конце 1940-х годов в Прибалтийских республиках, освобожденный Красной Армией от немецко-фашистских оккупантов, было неспокойно. Здесь орудовали банды националистов, которые получали широкую помощь, в том числе военную, от спецслужб Великобритании и США. В Литве активно действовала так называемая Литовская освободительная армия, руководимая Верховным комитетом освобождения Литвы. С 1944 по 1956 год литовские «лесные братья» убили 25 тысяч человек, 23 тысячи из которых были их соотечественниками. В эту республику неоднократно выезжал Эйтингон. Под его руководством литовские чекисты разработали и реализовали ряд успешных агентурных комбинаций по образцу операций «Трест» и «Синдикат».

В конце 1940-х годов британская разведка МИ-6 разработала долгосрочную операцию «Лиотэ», направленную на разложение населения стран социализма, в первую очередь — СССР. Автором операции «Лиотэ» был заместитель директора МИ-6 полковник Валентайн Вивьен. Для подрывной работы против СССР на территории Западной Украины и в Прибалтике в рамках МИ-6 был создан специальный отдел «Нора» во главе с британским подданным русского происхождения Маккибином. Помимо засылки в Прибалтику и Западную Украину вооруженных агентов английских спецслужб из числа местных националистов, включая военных преступников, находившихся в международном розыске, а также поставок оружия и взрывчатки действовавшим там бандам террористов, отдел «Нора» занимался ведением «черной пропаганды» на Советский Союз с использованием аэростатов и воздушных шаров, начиненных листовками, а также организацией пропагандистских радиопередач на канале Би-би-си.

В частности, в конце 1940-х годов отдел «Нора» осуществил заброску на территорию Западной Украины и в Литву организаторов националистического подполья Матвейко, Лукши и Охримовича. С помощью британских спецслужб в Западную Украину был также переброшен бывший гауптштурмфюрер СС Шухевич. Однако советская внешняя разведка через свои возможности в британских спецслужбах получила сведения на Шухевича и Йозаса Лукшу. С февраля 1951 года поиск Лукши в Литве осуществляли две специальные оперативные группы, в состав которых входили командированные из Москвы подчиненные Наума Эйтингона. Это агентурно-оперативное мероприятие продолжалось несколько лет. Генерал-майору Эйтингону пришлось трижды выезжать в Литву, чтобы на месте руководить ходом операции. В конце концов чекистам удалось заманить Йозаса Лукшу в засаду и уничтожить его.

В отчете руководству МГБ СССР от 19 января 1953 года министр госбезопасности Литвы генерал-лейтенант Петр Кондаков докладывал:

«Особенно положительные результаты в ликвидации бандитизма были достигнуты после применения таких форм агентурной работы, как создание агентурно-боевых групп, направленных против банд, оперативное использование тайно задержанных бандитов и их вербовка нашей спецагентурой в качестве легендированных представителей банд, штабов и центров сопротивления… В результате нам удалось взять под агентурный контроль самые серьезные организационные бандитские единицы, уничтожить организационную структуру оставшихся формирований, парализовать их активную террористическую деятельность».

18 апреля 1953 года министр госбезопасности Литвы сообщал в МГБ СССР, что чекисты его министерства за неполных четыре месяца этого года провели 240 агентурно-оперативных комбинаций, захватили 72 руководителя националистического подполья, из которых 18 были перевербованы, 23 националиста использованы для других оперативных целей, а остальные арестованы для предания суду.

После ликвидации бандформирований и уничтожения входивших в них военных преступников вооруженная борьба в республиках, занимавших западные территории СССР, постепенно приобрела характер законспирированного противоборства между спецслужбами националистов и стоявшими за ними МИ-6 и ЦРУ США и советской контрразведкой.

Помимо борьбы с националистами в Литве, Эйтингону пришлось решать в те годы много других важных задач.

В сентябре 1950 года отдел, возглавляемый П.А. Судоплатовым, был преобразован в Бюро № 1 МГБ СССР. Эйтингон был утвержден заместителем Судоплатова. В его обязанности входила организация боевых операций против стратегических объектов вероятного противника в случае возникновения новой войны, включая американские ядерные объекты на территории Европы. Эйтингон занимался созданием строго законспирированных боевых агентурных групп за рубежом, закладкой тайников с оружием для этих групп, с тем чтобы в случае нападения на СССР Соединенных Штатов, которые планировали открытую агрессию против стран социализма, вывести из строя стратегические объекты на территории стран НАТО, организовать диверсии против военных складов и на транспортных коммуникациях.

Однако занимаемое Эйтингоном высокое положение и значительные успехи в работе не смогли уберечь его от серьезных неприятностей. К началу 1950-х годов обстановка в самом МГБ значительно осложнилась. Еще в 1947 году было принято негласное решение руководства МГБ не принимать на офицерские должности в органы госбезопасности лиц еврейской национальности. Михаил Рюмин, ставший заместителем министра госбезопасности по следственной работе в результате разоблачения им так называемого «сионистского заговора в МГБ», состряпал очередное дело, на сей раз — «врачей-вредителей», которые якобы хотели убить Сталина.

В 1951 году, когда Эйтингон находился в командировке в Литве, была арестована его родная сестра, работавшая врачом. Ее приговорили к 10 годам тюремного заключения «за отказ лечить русских пациентов и содействие сионистскому заговору».

В сентябре 1951 года, возвратившись из очередной командировки в Литву, оказался за решеткой и сам Наум Эйтингон. Ему было предъявлено обвинение в том, что он обучал врачей-заговорщиков ведению террористических действий против Сталина и членов советского правительства. Санкцию на его арест дал сам Сталин.

Полтора года Наум Эйтингон провел в тюрьме. Виновным себя не признал. Из тюрьмы он вышел только после смерти Сталина в марте 1953 года. По распоряжению Берии Эйтингон был восстановлен в органах госбезопасности и в партии, ему возвратили все правительственные награды, он снова стал заместителем П. А. Судоплатова, возглавлявшего 9-й (разведывательно-диверсионный) отдел МВД СССР.

В июне 1953 года Лаврентий Берия был арестован. Вслед за ним по «делу Берии» были арестованы Павел Судоплатов и Наум Эйтингон, а также ряд других ответственных сотрудников МВД СССР.

Эйтингон вновь оказался за решеткой. Четыре года он провел в Бутырской тюрьме без суда. В марте 1957 года Эйтингон был осужден Военной коллегией Верховного Суда СССР к 12 годам лишения свободы. На заседании суда в последнем слове он сказал: