Антиох вновь начал войну в Келесирии. В битве при Панионе в 200 году до нашей эры египетские войска были разбиты. После этой победы Антиох без труда овладел Келесирией, Финикией, Палестиной. Сопротивление ему оказал лишь город Газа.
Захват македонянами полисов в Эгейском море, Фракии и Малой Азии, которые принадлежали Птолемеям, ставил под угрозу снабжение Афин хлебом и ущемлял интересы Родоса и Пергама. Из-за этого началась война коалиции Родоса и Пергама против Македонии. Однако перевес явно был на стороне македонян. Усиление Македонии вызвало обеспокоенность в Риме.
Балканский полуостров стал местом римской экспансии после их победы во второй Пунической войне. В правящих кругах Рима полагали, что наиболее уязвимым местом Восточного Средиземноморья является Греция. Однако подчинять Грецию Рим мог лишь в борьбе с Филиппом. Поэтому римский сенат начал деятельную подготовку к войне с Македонией.
Формальным поводом к началу военных действий послужило обращение Египта, Пергама и Родоса за помощью к Риму. В конце 200 года до нашей эры римские войска высадились в Иллирии. Первые два года война между Римом и Македонией шла с переменным успехом. Филиппу удалось сохранить в своих руках Коринф и даже взять Аргос — важнейшую крепость в Пелопоннесе.
Кроме того, воюющие стороны на протяжение всего этого времени вели упорную дипломатическую борьбу. Широкое использование римлянами лозунга «свободы» греческих полисов способствовали тому, что в 199 году до нашей эры на сторону Рима перешел Этолийский, а в 198 году до нашей эры и Ахейский союзы.
В 197 году до нашей эры римская армия под командованием проконсула Тита Квинкция Фламинина при поддержке союзников нанесла сокрушительное поражение Филиппу V в сражении при Киноскефалах. Вскоре был заключен мирный договор. По его условиям македоняне теряли все захваченные ими территории в Малой Азии, Эгейском море и Греции. Владения Филиппа ограничивались лишь территорией собственно Македонии. Кроме того, Филипп обязался выдать весь флот, уплатить контрибуцию в 1000 талантов и дать в заложники римлянам своего младшего сына.
В результате второй Македонской войны мощь державы Филиппа и ее влияние в Греции были подорваны, но еще не сломлены до конца.
Уже в ходе мирных переговоров с македонянами обнаружились противоречия между римлянами и их союзниками. Римляне были склонны диктовать свои условия не только побежденному Филиппу, но и своим союзникам, без поддержки которых они едва ли смогли бы разгромить македонян.
Судьбы отнятых у Филиппа V городов решались римским сенатом и непосредственно сенатской комиссией, направленной в Грецию под председательством Тита Фламинина. Требования союзников учитывались лишь в той мере, в какой это было выгодно римлянам.
На истмийских играх в 196 году до нашей эры римляне с помпой провозгласили «свободу» всех эллинов. В то же время римляне по собственному усмотрению устанавливали границы греческих государств. Одни города они передавали Ахейскому союзу, другие — Этолийскому, третьи — царям иллирийцев и их соседей афаманов. Провозгласив свободу Коринфа, римляне оставили свой гарнизон в его крепости Акрокоринфе.
Под властью римлян остались также важные в стратегическом отношении города Деметриаду в Фессалии и Халкиду на острове Эвбея. Рим не создавал официально особой администрации для управления Грецией, но с помощью сенатской комиссии и послов вмешивался в ее внутреннюю жизнь.
В Фессалии, где борьба между аристократией и демосом была настолько ожесточенной, что народные и судебные собрания постоянно сопровождались вооружёнными столкновениями, Фламиний провел выборы совета и судей на основе цензового принципа. Таким путем Фессалийская лига была перестроена по образцу аристократического Ахейского союза.
Пока шла война с Филиппом, римляне заключили союз с правителем Спарты Набисом. Но как только их положение в Элладе окрепло, они потребовали от других своих союзников объявления войны Набису под предлогом «освобождения греческих городов от тирании Спарты».
В результате военных действий в 195 году до нашей эры Набис был вынужден отказаться от Аргоса и других подвластных ему городов на побережье Пелопоннеса, а также от всех владений на Крите, ограничившись областью собственно Спарты.
В результате второй Македонской войны римляне захватили в Греции огромные богатства. Только во время триумфа Фламинина было продемонстрировано 18270 фунтов серебра и 3714 фунтов золота в слитках, 84 тысячи серебряных тетрадрахм и 14514 полотых «филиппиков», а также огромное количество медных и мраморных статуй, серебряных и золотых вещей.
В благодарность за «освобождение» греческие государства отправили в Рим 114 золотых венков и пернули купленных ими у карфагенян пленных римлян. Ахейскому союзу эти дары обошлись в 30 талантов. Римляне захватывали у побежденных не только движимое имущество, но иногда и земельные владения, возвращая их потом лишь за выкуп.
Такая деятельность Рима вызвала недовольство греческого населения. Против римлян открыто выступили этолийцы, обделенные римлянами при разделе владений Филиппа. Крайне неуверенно чувствовали себя проримские группировки в Беотии. Это недовольство особенно ярко проявилось, когда на Балканский полуостров высадилась армия Антиоха III.
После покорения Келесирии Антиох начал готовиться к войне с римлянами. Но он не спешил помочь своему союзнику Филиппу. В то время, как Филипп упорно сражался с римлянами на Балканах Антиох отправил свои сухопутные силы в Сарды. С помощью флота он захватил приморские города Киликии, Ликии и Карии, которые принадлежали Птолемеям.
Эти действия Антиоха III заставили римлян после победы при Киноскефалах в 197 году до нашей эры поспешить с заключением мирного договора с Филиппом V. Тем временем, закрепившись в Эфисе, Антиох начал подчинять города, которые только что были отвоеваны римлянами у Македонии в Малой Азии и Фракии.
Антиох предвидел неизбежность войны с римлянами, поэтому стремился упрочить отношения с соседями. Он заключил союз с галатами и разослал послов для переговоров с греческими государствами. Антиох рассчитывал создать широкую антиримскую коалицию. В этих планах его поддерживал Ганнибал, который был вынужден бежать из Карфагена в Сирию, чтобы не попасть в руки римлян.
Однако римляне проявили значительно большую дипломатическую активность, перетягивая на свою сторону всех возможных союзников Антиоха. В результате этой дипломатической войны население греческих полисов разделилось на два враждебных лагеря. По этому поводу Тит Ливий писал:
«Знатные и все вообще благонамеренные стоят зa союз с римлянами и довольны настоящим положением, а толпа и те, дела которых не соответствуют их желаниям, хотят всеобщего переворота».
Власть в большинстве греческих государств находилась в руках проримских группировок. Поэтому Антиоху удалось привлечь на свою сторону лишь Этолию и Беотийский союз. Даже Македония, еще не оправившаяся после поражения во второй войне с Римом, выступила против своего бывшего союзника и направила свои силы против этолийцев.
Войну между Римом и государством Селевкидов началась на территории Греции. Средняя и Северная Греция подверглись грабежу со стороны враждующих чужеземных армий. В Фермопильском ущелье войска Антиоха были наголову разбиты. Сам Антиох с незначительным отрядом бежал в Эфес. Он попытался укрепить Лисимахию и Херсонес, чтобы не допустить переправы римлян через Геллеспонт.
Однако вскоре сирийский флот потерпел поражение у Мионнеса. Антиох покинул Фракию и отступил в глубь Малой Азии. Решающее сражение между Антиохом и римлянами произошло в 190 году до нашей эры при Магнесии. Несмотря на численное превосходство, армия Антиоха вновь потерпела жестокое поражение.
В 188 году до нашей эры Антиох был вынужден заключить мир на условиях, продиктованных римским командованием в лице консула Люция Корнелия Сципиона — брата Публия, победителя Карфагена. Одновременно капитулировали и союзные Антиоху этолийцы.