Среди жалобщиков было и несколько прежних однокашников Ломоносова, вызванных вместе с ним в Петербург из Славяно-греко-латинской академии, — Прокофий Шишкарев, Никита Попов и Михаил Коврин.

Подписи Ломоносова под доношением Нартова не было. Он недавно прибыл из-за границы и не мог бы дать подробных показаний по всему делу. Но в сердце его кипели те же страсти и то же озлобление против чужестранцев. И недаром Герард Миллер в составленной им на немецком языке истории Академической канцелярии утверждал, что «господин адъюнкт Ломоносов был одним из тех, кто подавал жалобу на господина советника Шумахера, и вызвал тем назначение следственной комиссии».

Ломоносов по-прежнему жил в Боновском доме.

В декабре 1741 года умер Амман. После его смерти «академическим огородом» стал ведать Иоганн Сигизбек, преподававший ботанику в Петербургском госпитале. Сигизбек стал академиком в апреле 1742 года, воспользовавшись замешательством, наступившим в эти бурные времена. Ему оказал покровительство лейб-медик Елизаветы Лесток. Этого было вполне достаточно, чтобы вызвать приступ расположения у Шумахера.

Сварливый и мелочный Сигизбек был лишен научного кругозора. Все его воззрения были необычайно старомодными. Астроном-любитель, он ухитрился написать полемическое сочинение против Коперника, в котором отстаивал ветхозаветное представление о неподвижной Земле. Он сочинил «ученый труд», названный им «Ботанософия» (1737), в котором выступил против учения Линнея о существовании пола у растений и построенной на этом системы классификации. Главным доводом благочестивого Сигизбека было то, что бог никогда бы не допустил в растительном царстве подобной безнравственности и что столь нецеломудренная система не может быть изложена перед юношеством.

Линней не остался в долгу. Вскоре Сигизбек получил из Швейцарии от Линнея пакет с семенами неизвестного растения, загадочно названного Cuculus ingratus» («Неблагодарная кукушка»). Сигизбек поспешил высеять семена на своем «огороде» и с нетерпением ждал, что появится. Когда же семена взошли, то оказалось, что это хорошо известное ему растение, названное некогда Линнеем в честь самого Сигизбека «Siegesbeckia orientalis».

Сигизбек был взбешен. Проживающий в Петербурге шведский барон Стен Белке упрашивает Линнея как-нибудь задобрить Сигизбека. «Нам в Швеции важно быть с ним в дружбе, — писал он в мае 1745 года из Або, — по крайней мере до тех пор, пока профессор Стеллер не вернется из Камчатки и Америки. Он уже без задержки едет обратно, нагруженный коллекциями и семенами. Сигизбек единственный человек, через которого мы можем получить долю в том, что Стеллер привезет». Но Линней объявил, что не согласен заискивать перед Сигизбеком за самую большую коллекцию растений из всей Сибири.

В Петербургском ботаническом саду было несколько сот редчайших растений, полученных из глубин Азии, Сибири, Монголии и Китая, которые были неизвестны еще науке. Западноевропейские ботаники буквально охотились за ними и старались всеми правдами и неправдами достать их семена в Петербурге и таким образом без особого труда воспользоваться результатами многолетних русских академических экспедиций. Сигизбек вел себя в Боновском доме самовластным хозяином и держал всех служащих «огорода» на положении челяди. Он расположился здесь с большим и буйным семейством — женою, тремя взрослыми сыновьями и пятью дочерьми. Сыновья балбесничали и наводили страх на окружающих. Однажды они ворвались в квартиру солдата Якова Тычкова, разгромили ее, кощунствовали над православными иконами и ставили к ним сальные свечи.

Кроме Сигизбека, в том же Боновском доме ютился различный мелкий академический люд, по большей части немцы, зависевшие от Шумахера, перероднившиеся друг с другом и жившие тесным замкнутым мирком. Среди них был садовник Иоганн Штурм, староста василеостровской евангелической церкви.

Против всей этой компании у Ломоносова давно накопилось раздражение. Под вечер 25 сентября Ломоносов, разыскивая украденную у него епанчу, зашел к Штурму. Здесь шла какая-то пирушка. Гостей было много: переводчик Иван Грове, лекарь Брашке, унтер-камерист Люрсениус, переводчик Шмит, бухгалтер и книгопродавец Прейсер, бухгалтер Битнер, столяр Фриш и копиист Альбом. Ломоносова встретили заносчиво. Началась перебранка. Разгорячившийся Ломоносов, «схватя болван, на чем парики вешают», повел себя, как Василий Буслаев на Волховом мосту, и пометал всю компанию. Штурм побежал «караул звать», но, воротившись, «застал гостей своих на улице битых». Жена его, хотя и была на сносях, выскочила из окошка. Ломоносов разбил зеркало и рубил двери шпагою. Пятеро караульных солдат и староста Григорий Шинаев с трудом доставили его на съезжую. Штурм и его служанка подали «в бою и увечье» письменные объявления. Но и Ломоносову это побоище обошлось не дешево. Он не явился на вызов Академической канцелярии, а академический врач Вильде засвидетельствовал, что он «за распухшим коленом выйти из квартиры не может, а особливо для лома грудного сего делать отнюдь не надлежит», и прописал ему «для отвращения харкания крови» потребные лекарства. Перетрусивший Иоганн Штурм боялся отлучиться из дому, опасаясь гнева Ломоносова.

Дело это не возбудило никаких последствий, так как над Академией грянул долгожданный гром.

30 сентября 1742 года Елизавета подписала указ о назначении следственной комиссии по делу Шумахера. 7 октября Шумахер был заключен под караул в его собственном доме. Вместе с ним был арестован Прейсер. Кунсткамера, библиотека, книжная лавка со всеми находившимися в них вещами и приходо-расходными книгами были опечатаны.

Правителем Академической канцелярии стал Нартов. Нартовым руководило искреннее стремление служить заветам Петра. Он поднял на большую высоту академические мастерские, которые снабжали оптическими приборами, точными весами, астролябиями, компасами, термометрами, чертежными принадлежностями развивающуюся русскую промышленность, горное дело и мореходство. Он мечтал о превращении Академии наук в огромную мастерскую, выпускающую нужные и полезные инструменты и приборы. Подозрительные и часто бесплодные умствования заезжих иноземцев были ему не по душе, и он не видел от них пользы для России.

Ломоносов не одобрял некоторые поступки Нартова, прекратившего из экономии издание первого научно-популярного журнала на русском языке — «Примечание к Ведомостям» — и вообще замышлявшего «каждой науки по одному оставить, достальных же излишних от Академии отпустить». Ломоносов понимал, что Нартов может увести Академию на неверный путь, сузить и упростить ее задачи. Но Ломоносов не мог не сочувствовать демократическим побуждениям Нартова и вполне разделял его неприязнь к иноземцам. И он втягивался в борьбу на стороне Нартова.

В Академии наук царила настороженная тишина. Самое незначительное происшествие отзывалось громким эхом и еще более накаляло атмосферу. Нартов распорядился опечатать архив Конференции и проверять состояние печатей. Понятым при этом бывал и Ломоносов, принимавший участие в просмотре бумаг, когда их нужно было вынуть или вернуть в архив. Все это было не по нутру академикам, жаловавшимся в следственную комиссию, что адъюнкт Ломоносов, переводчик Горлицкий и другие «сообщники» Нартова «им во отправлении их дел мешали».

В результате столкновений Ломоносова с академиками в феврале 1743 года он был исключен из Конференции. Не помогло и вмешательство Нартова, которому открыто не подчинилась Конференция. Ко всему этому присоединилась и крайняя нужда. Почти целый год в Академии никому не платили жалованья. Еще в феврале 1743 года Ломоносов и Тредиаковский подали в канцелярию отчаянную просьбу: выдать им в счет годового жалованья — Тредиаковскому десять рублей, а Ломоносову «сколько заблагорассудится». Последовало определение: «первому выдать 10, а второму пять рублей из книжной лавки».

В Академии наук все напряженно ждали, чем разрешится следствие над Шумахером. Торжество сторонников Нартова оказалось преждевременным. В назначенную по делу Шумахера комиссию попали заведомо снисходительные люди: простоватый генерал-лейтенант С. Л. Игнатьев и князь Б. Г. Юсупов, отличавшийся рабской преданностью Бирону.