Ломоносов разрабатывает проект привилегий Академии наук, проект нового университетского и гимназического регламента. Проект привилегий предусматривал дарование Академии наук независимости «в произвождении ученых дел».

Ученым и учащимся предоставлялось «без вычету жалованья» на весь июль месяц «летнее прохлаждение и отдохновение дабы в течении трудов годичного обращения на несколько освободиться от утомления мыслей», то есть, говоря нашим языком, ежегодный отпуск. Академии жаловалась мыза, где ученые могли проводить лето и где они «не преминут чинить физические, особливо экономические примечания и опыты». После смерти профессоров их вдовы получали годовое жалованье умершего или одну шестую часть оклада до конца жизни.

Ломоносов стремился обеспечить участие русских ученых в управлении страной, развитии ее промышленности и культуры. «Академики не суть художники, но государственные люди», — писал он. Устанавливается присутствие академиков в различных государственных коллегиях, канцеляриях и комиссиях с присуждением им надлежащего ранга и уплатой им «окладного жалованья» сверх получаемого от Академии содержания.

Ломоносов прилагал все усилия к тому, чтобы привлечь к науке как можно больше русских людей. Но чтобы обеспечить этот приток, нужно было решительным образом изменить положение в Академии наук, при котором одни не хотели идти в академическую науку, ибо она не сулила никаких служебных успехов, а других не пускали.

В своей записке о преобразовании Академии Ломоносов говорил, что «дворяне детей своих охотнее отдают в Кадетский корпус нежели в Академию. Ибо положив многие годы и труды на учение не имеют почти никакой надежды далее произойти как до капитана». «Пускай бы дворяне в Академическую службу вступать не хотели, — писал Ломоносов, — то по последней мере вступали бы разночинцы. Однако тому по силе нового стата быть нельзя», — возвращается он к старому больному вопросу и снова приводит свои аргументы о необходимости допустить в Академию положенных в подушный оклад. Он полным голосом говорит о том, что право заниматься наукой принадлежит человеку, независимо от его социального происхождения. «В Университете тот студент почтеннее, кто больше научился, а чей он сын, в том нет нужды».

Ломоносов замышляет грандиозное дело — торжественную инавгурацию Петербургского университета — его публичное открытие с провозглашением всех дарованных ему прав и привилегий. Из скрытой в недрах Академии наук захудалой школы должен был возникнуть полноправный второй университет России. Представленный Ломоносовым проект университетского регламента обсуждался в созванном по его требованию экстраординарном академическом собрании. Большинство профессоров согласилось с Ломоносовым. «Чем скорее, тем лучше», — писали анатом Алексей Протасов и астроном Степан Румовский.

Ломоносов начинает готовиться к торжеству. Он отдает переписать привилегию «на пергаменте», покупает пять аршин тафты, книжечки червонного листового золота, тертое серебро, кармин и другие краски для украшения переплета. Ломоносов заранее вызывает из Голландии адъюнкта Протасова, наказав ему «не ставиться в докторы» за границей, а получить это ученое звание на торжественном открытии Петербургского университета. И хотя Тауберт наотрез отказался подписать ордер на отзыв Протасова, объявив: «Какие де здесь постановления в докторы! Не будут де его почитать», Ломоносов настоял на своем, и Протасов приехал из Голландии. Торжества должны были начаться с публичного экзамена, гимназистов «к произведению в студенты» и экзамена «в градусы», то есть на получение ученых степеней. Затем следовало избрание проректора, диспуты и речи, «чтение привилегий», «обед с пальбою и музыкою». В заключение Ломоносов предлагал напечатать описание торжеству и разослать копии с привилегией во все университеты Европы. Одновременно должно было состояться и провозглашение привилегий Академии наук и принятие нового устава Академии. Представляя на утверждение Елизаветы университетскую привилегию, Шувалов намеревался добиться назначения Ломоносова вице-президентом Академии.

День инавгурации Петербургского университета должен был завершить труд всей жизни Ломоносова.

Ломоносов готовил благодарственное слово. Уцелевший конспект сохраняет следы одушевления, с каким его набрасывал Ломоносов. Ломоносов вкладывал в него все свои заветные мечты, думы и помыслы о благе России, о значении для нее науки. Открытие университета для него всенародный праздник. Ломоносов перечисляет огромные государственные задачи, которые можно разрешить только с помощью широчайшего распространения наук: «Сибирь пространна. Горные дела. Фабрики. Ход Севером. Сохранение народа. Архитектура. Правосудие. Исправление нравов. Купечество и сообщение с ориентом… Земледельство, предзнание погод. Военное дело». И тут же с горечью и гневом восклицает: «И так безрассудно и тщетно от некоторых речи произносились: куда с учеными людьми деваться». В конце своей речи Ломоносов предполагал сказать: «Желание. И Российское бы слово от природы богатое, сильное, здравое, прекрасное, ныне еще во младенчестве своего возраста… превзошло б достоинство всех других языков. Желание, чтобы в России науки распространились… Желание, чтобы от блещущего Е. В. оружия воссиял мир — наук питатель».

Ломоносов провидит славное будущее и величие России. «Предсказание. Подвигнется Европа, ученые возвращаясь в отечество станут сказывать: мы были во граде Петровом…» Он верит, что придет время, когда вся Россия станет главнейшим источником мировой культуры, «и как из Греции, так из России» будут заимствовать величайшие приобретения наук и искусства.

Ломоносов с нетерпением ждал дня инавгурации и надеялся произнести свою речь еще в 1760 году. Но дело тянулось нестерпимо медленно. Прошел почти год, когда в феврале 1761 года канцлер М. И. Воронцов подписал, наконец, привилегию. Теперь оставалось получить только подпись императрицы. Ломоносов знал по своему опыту, что это не так просто, и беспокоился. Чтобы побудить Елизавету подписать привилегию, Ломоносов пытается через И. И. Шувалова вручить ей «просительные стихи», в которых ратует за науки. Но Елизавета безмолвствовала. Уже начиная с 1758 года она сильно прихварывала. Часами сидела она перед зеркалами, ревниво наблюдая малейшие превращения своего лица, терзаемая мыслыо, что красота ее исчезает. Она не переносила черный цвет. Слово «смерть» никогда не произносилось в ее присутствии. В столице был запрещен погребальный звон, и похоронные процессии не смели двигаться по улицам, прилегающим к дворцу. Елизавета часто впадала в тоску и оцепенение и была равнодушна ко всему окружающему. Однако Ломоносов не переставал надеяться. Он рассчитывал на помощь И. И. Шувалова. В течение всего лета 1761 года Ломоносов неоднократно ездил в Петергоф, где жила императрица. С каждой новой поездкой у него оставалось все меньше надежд, что Елизавета найдет время подписать давно заготовленную бумагу. О том, как было ему тяжело, свидетельствуют оставленные Ломоносовым «Стихи сочиненные на дороге в Петергоф, когда я в 1761 году ехал просить о подписании привилегии для Академии, быв много раз прежде за тем же».

Это было переложение одного из стихотворений Анакреонта, отвечавшее собственным грустным раздумьям Ломоносова. В стихотворении поэт обращается к кузнечику, безмятежно скачущему в траве:

Время шло. Инавгурация университета откладывается. Против Ломоносова в Академии строят новые козни. Из мелких столкновений вырастают крупные ссоры.