Сам Кортес на протяжении всей жизни пользовался доверием туземцев, для которых он часто выступал в качестве адвоката и которые, по свидетельствам очевидцев, очень уважали и почитали его. Очарование, исходившее от его личности, значительно облегчило быстрое перерождение империи ацтеков. Для того, чтобы испанцы «оставались в стране, а не думали каждый день о том, чтобы покинуть ее и вернуться в Испанию», Кортес издал свои «Распоряжения», согласно которым каждый, женившийся в Испании или на Кубе, должен доставить сюда жену. Холостяки также должны подыскивать себе супругу, если не хотят лишиться своей земельной собственности. Кроме того, все владельцы вновь полученных земель, если хотят сохранить свои привилегии, должны дать обещание в течение восьми лет возделывать свой участок земли. Этим делалась попытка избежать практики, сложившейся, как известно, на островах Вест-Индии, когда испанцы, истощив землю и приведя ее в негодность, отправлялись дальше. Конкистадоры стали колонизаторами. Кортес сам подавал хороший пример и привез с Кубы свою супругу донью Каталину. Правда, она вскоре умерла, и Кортес позднее женился на представительнице одной из самых знатных аристократических семей Испании.

Неприятным происшествием того периода была измена его капитана Кристобаля де Олида, которого Кортес в 1523 году послал с флотилией из шести судов в Гондурас, чтобы на северном берегу основать поселение. Считалось, что эта местность богата золотом, и, кроме того, предполагали, что в районе сегодняшнего Панамского канала имеется пролив, дающий выход в Тихий океан. Олиду предстояло найти возможность выхода в Тихий океан. Но капитану, скорее смелому, нежели умному, по-видимому, ударили в голову самостоятельность и доверенная ему власть. Во всяком случае, он проявил достаточно тщеславия, чтобы основать собственную империю. Но капитан не был вторым Кортесом, а командир его не был Диего Веласкесом. Эрнан Кортес послал в Гондурас несколько кораблей под командованием своего двоюродного брата Франсиско де Лас-Казаса, чтобы наказать мятежника и образумить его. Он осознавал, что на этом примере должен дать другим наглядный урок, чтобы раз и навсегда отбить у них охоту к подобным действиям. Лас-Казасу, который вначале попал в руки Олида, удалось с помощью заговора офицеров убить своего противника.

Тем временем Кортес, долгое время не имевший вестей о ходе карательной операции, решил сам отправиться в Гондурас. Все приводившиеся доводы о том, что в его отсутствие могут возникнуть новые волнения в Мексике, не изменили его решения. Назначив заместителя, он в середине октября 1524 года в сопровождении блестящей свиты, соответствовавшей его положению губернатора и генерал-капитана, отправился в Гондурас. Для собственной безопасности он вез в составе своей свиты в качестве заложников насильно взятых Куаутемока, которому, как правителю, оказывались прежние почести, вождя Таку бы и других представителей высшей мексиканской знати. Его сопровождали также донья Марина, верная спутница и в хорошие, и в трудные времена, и испытанные офицеры Гонсало де Сандоваль и Луис Марин.

Предприятие не ознаменовалось большим успехом. Следует отметить два события: Кортес выдал донью Марину замуж за испанского идальго Хуана Харамильо и в качестве приданого подарил ей землю на родине, у Коасакоалько, где она и жила в дальнейшем. Второе событие бросает тень на характер завоевателя. В Ишансанаке, в провинции Акалан, ацтекский вельможа, обращенный в христианство, сообщил ему о якобы существующем заговоре мексиканцев против белых. В ответ на это Кортес приказал заковать индейских вождей в цепи и допрашивать по отдельности. Во время допросов с применением пыток они сознались лишь в том, что ранее однажды строили подобные планы, которые, однако, не встретили одобрения со стороны Куаутемока и короля Такубы. Но их заверения в своей невиновности успеха не имели. Все они были приговорены к смерти и повешены на ветке старого дерева-великана.

Обвинение, суд военного трибунала, оглашение приговора и приведение его в исполнение последовали в течение неполных 12 часов. Так последний правитель ацтеков умер позорной смертью на виселице 28 февраля 1525 года. Францисканец Торквемада в 1615 году писал в своей «Monarchia Indiana»:

«Если меня спросят о причине этой казни, то я должен сказать, что она была не иначе, как следующей: для Кортеса было большой нагрузкой постоянно охранять этих вождей».

Берналь Диас, бывший участником экспедиции, также не верил в заговор мексиканских вождей. По-видимому, как считает известный историк и знаток иберийской и латиноамериканской истории Р.Конетцке, этот поступок можно объяснить как «срыв под влиянием аффекта вследствие критического положения экспедиции», которая уже в течение нескольких месяцев с трудом пробиралась сквозь болотистую чащу девственных тропических лесов Центральной Америки. При известных условиях случившееся можно рассматривать как чисто политическое убийство, которое было совершено почти в соответствии с советом, данным Никколо Макиавелли в «Государе»:

«Для того, чтобы после завоевания государства, бывшего прежде свободным, безопасно управлять им, достаточно истребить семью прежнего правителя».

Результатом экспедиции в Гондурас был ряд важных географических открытий. Так, был установлен полуостровной характер Юкатана, который до сих пор считался островом. В Никарагуа экспедиция вступила в контакт с идущей из Панамы группой испанцев, которая была послана губернатором Педрариасом Давилой. Это доказывало, что между Мексикой и Панамой не существует пролива в Тихий океан.

Между тем Франсиско де Лас-Казас вновь установил порядок в Гондурасе и подавил мятеж Олида, поэтому Кортес 25 апреля 1526 года смог из Трухильо отплыть обратно в Мексику. После короткого пребывания на Кубе, — старый недруг Диего Веласкес умер вскоре после завоевания Мексики, — в июне 1526 года, после года и девяти месяцев отсутствия, Кортес снова высадился в Веракрусе.

В Мексике его уже объявили мертвым и организовали пышную панихиду, но при этом не забыли конфисковать его имущество. Однако его возвращение вызвало всеобщее ликование, ведь население уже поняло, насколько более справедливым и великодушным правителем был Кортес по сравнению с теми, кто уже считал себя его преемником. Постоянное недоверие испанского двора к конкистадорам и серьезные подозрения со стороны королевских чиновников в самой Мексике не позволили Эрнану Кортесу завершить осуществление своей мечты — распространить власть Испании до Южного моря и до берегов Азии. И это не установило бы еще пределов обширной монархии Австрийского дома. Теперь же отважный завоеватель вынужден разбираться с мелочными и абсолютно несправедливыми обвинениями. Его, принесшего своему монарху в качестве трофея могущественную державу, расширившего владения испанской империи, теперь обвиняют в стремлении к отделению от испанской короны. Эти сомнения в его безусловной лояльности по отношению к испанскому монарху были, разумеется, совершенно необоснованными, ибо Кортес всегда оставался верным слугой своего господина и короля.

Он принял решение самому отправиться в Испанию и лично представлять свои интересы монарху. Он слишком хорошо помнил о своей преданности и об услугах, оказанных им испанской короне, чтобы смириться с позором столь недостойного обращения. В конце мая 1528 года Кортес с внушительной свитой, в которой находились дочь Монтесумы и некоторые другие индейские вельможи, высадился в порту Палое, откуда в 1492 году Колумб отправился в первое путешествие в неизведанные дали океана. В Палосе на Рио-Тинто, согласно сообщению Кортеса, произошла встреча с будущий завоевателем Перу Франсиско Писарро. Здесь его постигла и тяжелая утрата: Гонсало де Сандоваль, его земляк из Медельина, друг и соратник в сотнях сражений, умер через несколько дней после прибытия в молодом возрасте всего в 31 год.