Идею образования особых отделов на основе объединения армейских чрезвычайных комиссий и органов Военного контроля всецело одобрил Ф. Э. Дзержинский. Окончательной договоренности о слиянии этих органов представители Главного командования Красной Армии, Реввоенсовета Республики и ВЧК достигли 13 декабря 1918 года в Серпухове, где в то время была ставка Главкома. 19 декабря 1918 года вопрос об объединении обсуждался на Бюро ЦК РКП(б) с участием В. И. Ленина. Бюро приняло решение согласиться с выработанным Революционным военным советом Республики предложением об объединении органов ЧК и Военного контроля в Красной Армии. В это же время образуется руководящий орган советской военной контрразведки — Особый отдел Республики. 6 февраля 1919 года ВЦИК принял первое Положение об особых отделах.

Первым начальником Особого отдела назначается Михаил Сергеевич Кедров — видный военный деятель Коммунистической партии. В революционную борьбу он включился еще юношей. До революции был одним из первых создателей боевых дружин большевиков, охранявших партийные митинги от провокаций охранников и черносотенцев, и руководителем ряда боевых операций, проводившихся по заданию Центрального Комитета партии. М. С. Кедров — один из тех, кто стоял у истоков создания Красной Армии. Человек весьма образованный, он обладал незаурядными знаниями в различных областях, в том числе и в военной, имел дипломы врача и юриста.

После Октябрьской революции до назначения на пост главы военной контрразведки М. С. Кедров занимал ряд ответственных военных постов в Советском государстве. Он был наркомом по демобилизации старой армии, членом коллегии Наркомата по военным и морским делам, командующим войсками участка «завесы». Коммунистическая партия посылала М. С. Кедрова на самые ответственные посты военной и партийной работы, где требовались люди, обладающие военными навыками, личной отвагой и мужеством. Назначение его на пост руководителя органов советской военной контрразведки было с одобрением встречено военной общественностью, хорошо знавшей и уважавшей М. С. Кедрова за партийную принципиальность, боевой опыт и военные знания.

К весне 1919 года закончилось слияние фронтовых и армейских ЧК с местными органами Военного контроля. С образованием особых отделов чрезвычайные комиссии в армии и органы Военного контроля свое существование прекратили. Они выполнили свою функцию и сошли с исторической сцены. Им на смену пришли качественно новые органы военной контрразведки.

Создание особых отделов явилось важной вехой в борьбе с подрывной деятельностью иностранных разведок и контрреволюцией. Оно позволило сосредоточить руководство в одном аппарате, создало реальные возможности для исключения параллелизма, для более правильного подбора и расстановки кадров, сосредоточения их в решающий момент на наиболее острых и опасных участках борьбы с внешними и внутренними врагами.

Из ЧК и органов Военного контроля в особые отделы влилось значительное количество коммунистов. Это были люди, беззаветно преданные идеям коммунизма, закаленные в политической борьбе с врагами партии и Советского государства. Они обладали определенным политическим чутьем и навыками конспирации. Многие из них за время работы в ЧК и Военном контроле приобрели большой опыт борьбы с врагами Советской власти. Вначале на все должности начальников особых отделов фронтов и армий были временно назначены бывшие начальники соответствующих органов Военного контроля.

Подбору и расстановке кадров в особых отделах и в последующем уделялось большое внимание. Центральный Комитет Коммунистической партии и Советское правительство прекрасно понимали, что от укомплектования особых отделов кадрами и их качества во многом зависит эффективность борьбы с контрреволюцией и шпионажем в Красной Армии и в конечном счете результаты ее действий против интервентов и белогвардейцев. Учитывая это, на объединенном заседании 10 июня 1919 года Политбюро и Оргбюро ЦК РКП(б) поручили Организационному бюро выделить для работы в особом отделе обороняющей Петроград 7-й армии несколько коммунистов, обладающих необходимыми данными. Спустя некоторое время Центральный Комитет партии выносит рекомендацию Организационному бюро ЦК усилить Особый отдел ВЧК ответственными работниками. 13 июля 1919 года на объединенном заседании Политбюро и Оргбюро ЦК РКП(б) вырабатываются требования к качествам, которыми должны обладать ответственные работники особых отделов. Согласно принятому постановлению коммунисты, назначаемые на руководящие должности в особые отделы, должны быть хорошо знакомы с военной обстановкой и армейской средой, владеть методами конспиративной работы и иметь стаж практической деятельности в советских контрразведывательных органах.

Назначение в августе 1919 года в соответствии с решением ЦК РКП(б) Ф. Э. Дзержинского начальником Особого отдела ВЧК также свидетельствовало о большом значении, которое придается партией этой должности. Одновременно Ф. Э. Дзержинский являлся Председателем ВЧК и наркомом внутренних дел. Необходимость направления на работу в особые отделы коммунистов отмечалась на I Всероссийском съезде особых отделов в декабре 1919 года. Нам надо бороться за то, говорил на этом съезде Ф. Э. Дзержинский, чтобы наша партия для работы в особые отделы давала выдающихся своих членов с большим партийным стажем. В принятой I съездом особых отделов резолюции содержалась просьба к Центральному Комитету партии обязать политические отделы армий и фронтов систематически направлять для работы в особые отделы наиболее опытных коммунистов. Такую же работу по укреплению партийными кадрами особых отделов должны были проводить Политическое управление Реввоенсовета Республики и местные крупные партийные организации.

2 марта 1920 года ЦК РКП(б) направил местным комитетам партии и политическим отделам армии и флота письмо об укреплении кадрами особых отделов, в которое была включена значительная часть приводившейся резолюции I съезда особых отделов. Поддерживая тем самым решение съезда, Центральный Комитет предложил всем политотделам армий и флотов, а также Политуправлению РВСР и крупным партийным организациям командировать для работы в особые отделы наиболее ответственных, испытанных партийных работников.

В связи с новым походом Антанты весной 1920 года, когда вновь возникла потребность в кадрах для особых отделов, Реввоенсовет Западного фронта обратился в ЦК РКП(б) с просьбой направить коммунистов для работы в особые отделы фронта. Рассмотрев эту просьбу, Политбюро ЦК 10 мая предложило заместителю Председателя ВЧК В. Р. Менжинскому усилить особые отделы Западного фронта путем переброски работников из других мест, в частности с Восточного фронта. Со своей стороны ЦК РКП(б) также послал в особые отделы Западного фронта группу ответственных партийных работников. Всего в мае — августе 1920 года Центральным Комитетом в особые отделы было направлено свыше ста коммунистов[18]. Командировались в Особый отдел коммунисты и Политуправлением Реввоенсовета. Направляя членов партии для работы в особые отделы, Коммунистическая партия придавала также большое значение укреплению в них принципов социалистической законности. В этих целях вновь созданные особые отделы организовывались и действовали в Красной Армии на основе Положения о них, утвержденного Президиумом ВЦИК 6 февраля 1919 года, и изданного в развитие и дополнение этого Положения Постановления Совета Рабочей и Крестьянской Обороны от 13 мая 1919 года, подписанного Владимиром Ильичей Лениным.

В разработке Положения принимали участие представители Реввоенсовета Республики, Наркомата по военным и морским делам и ВЧК. В соответствии с Положением вся борьба как с контрреволюцией, так и со шпионажем в армии и флоте отныне возлагалась на особые отделы. Общее руководство этой борьбой всей системы особых отделов на территории, где располагались наши войска, а также в оккупированных иностранными державами и занятых белогвардейцами областях осуществлялось Всероссийской чрезвычайной комиссией через Особый отдел ВЧК. Его начальником назначался один из членов коллегии ВЧК по согласованию с Реввоенсоветом Республики. Реввоенсовет мог выдвинуть на пост начальника Особого отдела и своего кандидата, что согласовывалось с ВЧК. Особый отдел ВЧК выполнял все поручения Реввоенсовета под его непосредственным контролем.