На обратном пути эскадра Кинга трижды подверглась бомбежкам. Однако только крейсер «Перт» получил попадание, из-за которого у него вышло из строя котельное отделение. Всем кораблям удалось добраться до Александрии не в последнюю очередь потому, что в течение всего дня 3 истребителя ВВС обеспечивали им прикрытие в воздухе. Они успешно отогнали пикирующие бомбардировщики и даже сбили 2 самолета. На следующую ночь 3 эсминца капитана 1 ранга Стивена Арлисса вывезли из Сфакии еще 1400 солдат, при этом два из них получили тяжелые повреждения. Каннингхэм уже впал в отчаяние от многочисленных потерь, понесенных флотом. Но ему ничего не оставалось, как только продолжать операцию.
Донесения с Крита извещали, что арьергардные части генерал-майора Уэстона успешно сражаются и отступают по труднопроходимой местности в полном порядке, в связи с чем 30 мая генерал-майор Фрейберг прислал из Сфакии запрос о последней эвакуации оставшихся 3000 человек в ночь с 31 мая на 1 июня. Эта цифра значительно превышала предварительные оценки. У Каннингхэма уже практически не осталось кораблей для такой операции из-за понесенных потерь и полученных повреждений. После консультаций с Уэйвеллом он решил отправить все уцелевшие корабли, но при этом известил Фрейберга, что они едва ли смогут забрать более 2000 человек. В принципе, моряки были готовы забрать всех, кто сможет уместиться на борту, но их беспокоили ужасные потери в людях, которые неизбежно последуют при прямых попаданиях бомбами в корабли, переполненные солдатами. Тем более что большая скученность людей на палубах очень затрудняла действия зенитной артиллерии.
В ночь с 30 на 31 мая Уэйвелл приказал генералу Фрейбергу возвратиться в Египет. Каннингхэм отдал аналогичный приказ капитану I ранга Морзу. Оба прибыли в Александрию на летающей лодке «сандерленд», оставив генерал-майора Уэстона командовать войсками на острове.
В 6.00 31 мая соединение контр-адмирала Кинга в составе крейсера «Феб», минного заградителя «Абдиель» и 3 эсминцев вышло из Александрии для завершающей эвакуации. В то же время Арлисс, возвратившийся со своими эсминцами из Сфакии, доложил, что там остаются еще примерно 6500 человек. Соответственно, вслед Кингу пошла радиограмма с приказом, увеличить максимальное число людей, подлежащих погрузке, до 3500 человек. Вскоре после этого к Каннингхэму пришла целая делегация во главе с премьер-министром Новой Зеландии Фрэйзером. сопровождаемая Уэйвеллом и Фрейбергом. После некоторых препирательств между ними Кинга нагнала третья радиограмма с разрешением загружаться до предела. Одновременно Каннингхэм информировал Адмиралтейство, что по завершении эвакуации в ночь с 31 мая на 1 июня, он собирается сделать паузу в морских операциях, поскольку даже если корабли Кинга обойдутся без повреждений, число боеспособных кораблей в составе Средиземноморского флота сократится до двух линкоров, 1 крейсера, 2 крейсеров ПВО, 1 минного заградителя и 9 эсминцев.
Около 20.00 генерал-майору Уэстону на Крите отправилась персональная радиограмма командующего сухопутными силами с информацией, что предстоящая ночь является последней, когда будет осуществляться эвакуация, поэтому ему предоставляются полномочия разрешить всем солдатам, которые остаются, сдаться в плен.
По пути к Сфакии эскадра Кинга трижды подверглась атакам самолетов. Ни одна из бомб не упала поблизости. Тот факт, что их сбросили очень далеко от кораблей, свидетельствовал, что истребители ВВС хорошо сделали свое дело. Корабли прибыли в Сфакию точно по заданному графику в 23.20, и в 3.00 1 июня отправились обратно, приняв на борт около 4000 человек. Многих пришлось оставить. Ночью генерал-майор Уэстон, согласно полученной от Уэйвелла инструкции, возвратился на летающей лодке в Египет, вручив оставшимся старшим по званию письменный приказ с разрешением сдаться в. плен. Как зачастую бывает в таких ситуациях, в числе солдат, оставленных на Крите, оказались как раз те, кто так отважно сражался в арьергардных боях на всем пути от залива Суда, прежде всего, отряд командос особого назначения и около 1000 морских пехотинцев.
Эскадра Кинга проделала обратный путь в Александрию без приключений, но прощального удара Средиземноморскому флоту все же избежать не удалось. С целью обеспечения более основательного зенитного прикрытия в утренние часы из Александрии вышли крейсеры ПВО «Калькутта» и «Ковентри». Они присоединились к возвращавшимся кораблям. В 9.00. когда до Александрии оставалось около 85 миль, радар «Ковентри» засек самолет, приближавшийся с севера, Примерно через 20 минут два «Ю — 88» нырнули в пике, зайдя в атаку со стороны солнца. Пачка бомб с первого самолета прошла мимо «Ковентри», но 2 бомбы со второго попали в «Калькутту». Получив смертельный удар, крейсер сразу осел и буквально через несколько минут скрылся под водой. «Ковентри» удалось подобрать 255 человек из состава экипажа погибшего корабля, которых он и доставил в Александрию.
Утром 1 июня Каннингхэм получил радиограмму от адмирала Паунда с сообщением, что если остался сколько-нибудь приемлемый шанс эвакуации военных формирований в ночь с 1 на 2 июня, его следует использовать. Каннингхэм ответил, что по данным генерал-майора Уэстона, уже покинувшего Крит, около 5.000 солдат, оставшихся на острове, неспособны к дальнейшему сопротивлению из-за физического перенапряжения и отсутствия пропитания. По этой причине, а также потому, что корабли в дальнейшем присылаться не будут, они получили инструкцию сдаться в плен. В той же ответной радиограмме Адмиралтейству командующий указал, что из боеспособных кораблей в его распоряжении остались только 2 линкора и 5 эсминцев, остальные либо серьезно повреждены, либо слишком тихоходны.
И все же эвакуация Крита на этом не закончилась. «Гленджил» оставил в Сфакии 3 десантных баржи. В ночь с 8 на 9 июня одна из них пристала к берег)1 близ Сиди-Баррани, имея на борту майора морской пехоты Дж. Гаррета, 5 других офицеров и 134 солдата. Они отплыли с Крита 1 июня и проделали 230 миль, имея минимум воды, продовольствия и горючего. Когда машина стала бесполезной, остаток пути они прошли под парусом, изготовленным из простыней и других подручных материалов. В тот же день еще одна партия из 5 офицеров и 148 солдат добралась на каике до Мерса-Матруха. Две другие десантные баржи с «Глепджила». имея на борту в общей сложности 100 человек, достигли египетского берега 10 и 11 июня. Отважные морские пехотинцы и из безвыходного положения сумели найти выход.
В общей сложности флоту удалось вывезти в Египет 16.500 английских, австралийских и новозеландских солдат. В битве за Крит Средиземноморский флот заплатил очень большую цену. Крейсеры «Глочестер». «Фиджи». «Калькутта», эсминцы «Джуно», «Грейхаунд», «Кашмир», «Келли», «Хереуард» и «Империал» были потоплены. «Уорспайт». «Бархэм», «Формидебл», «Дидо», «Келвин» и «Нубиан» получили повреждения, на устранение которых потребовалось несколько месяцев. «Перт», «Найяд», «Карлисл», «Нэпир», «Киплинг» и «Декой» стояли в ремонте несколько недель. Повреждения «Хэвока», «Кингстона» и «Нубиана» удалось ликвидировать в течение суток. Погибли свыше 2,000 матросов и офицеров. Такие потери были равнозначны участию всего флота в большом эскадренном сражении с сомнительным исходом.
Настроение у командующего было прескверное. Он отправил высшему морскому командованию в Лондоне подробное донесение о битве за Крит, в заключении которого сделал приписку: «Возможно, Адмиралтейство предпочтет сменить командование флотом здесь. Я ни в коем случае не сочту себя уязвленным, тем более что в результате событий последних дней доверие плавсостава к моему стилю руководства, возможно, было поколеблено».
Относительно «поколебленного доверия» Каннингхэм явно преувеличил. 2 июня он получил личную радиограмму от генерала Уэйвелла, с содержанием которой предполагалось ознакомить весь личный состав флота: «Я хочу выразить лично вам и всем, кто находится в вашем подчинении, глубочайшее восхищение и благодарность от лица всей армии на Ближнем Востоке за великолепную работу, проделанную Королевским флотом по вывозу войск с Крита. Мастерство и самоотверженность, с которыми осуществлялась труднейшая операция, никогда не будут забыты и сделают связь между двумя родами вооруженных сил еще более прочной. Примите также наши соболезнования по поводу понесенных вами потерь».
