12 декабря 1666 г. ему был объявлен приговор. Царя и большинства светских сановников не было на церемонии, проведенной в небольшой надвратной церкви Чудовского монастыря. Из духовных лиц не все являлись по своей воле, а Вологодского архиепископа Симеона, притворившегося больным, принесли насильно, завернув в ковер: так он и лежал в церкви в углу, плача о неправедном изгнании блаженного Никона. Принуждаемый подписать приговор, Симеон начертал: "Если это истина — да будет так; если же нет истины — я не утверждаю". Когда после угроз и сетований приговор был подписан, в церковь ввели Никона. Он молчал, пока читали греческий текст, но когда архиепископ Рязанский Иларион стал читать русский перевод, заявил, что "вины его написанные — все ложь и клевета!".
"Убийца, блудник, хищник!" — завопил Иларион, которого сам Никон рукоположил в архиереи. Но осужденный уже сдержал себя: "Чадо, благодать на устах твоих", — кротко сказал он и замолчал. Лишь когда восточные патриархи приказали снять с изверженного черный монашеский клобук, не сдержался: "Хоть собор сей и осудил меня неправедно, хоть дела мои не бывшие обличили меня, но священномонашеский образ я сохраню до исхода души моей. Вы же делайте, что хотите, ибо вы пришельцы здесь, пришли из далечайших стран и с концов земли не для того, чтобы благо или мир сотворить, но пришли из турецкого порабощения как просители, чтобы и себя обеспечить, и туркам дань воздать".
"Вопрошаю вас, откуда вы взяли законы, чтобы так дерзновенно творить? — говорил Никон. — Если бы и был я повинен и осуждения достоин, почему творите сие тайно, как тати?… Или я по благодати Святого Духа паству свою и пастырский жезл в этой церковке восприял?! Истинно, что и саму эту церковку я построил!… Я избранием Пресвятого Духа, желанием и прилежным слезным молением царя Алексея Михайловича, после его страшных клятв… восприял патриаршество в соборной церкви перед всенародным множеством. И если желаете ныне неправедно меня осудить и извергнуть, идем в церковь, где я восприял пастырский жезл!"
"Там или здесь — все едино, — ответили восточные патриархи, — все советом царя и собора архиереев совершается!" Отрабатывая мзду, сановные греки сами кинулись на Никона и содрали с него клобук с жемчужным крестом и драгоценную панагию, усыпанную самоцветами. "Как вы есть пришельцы и невольники, — сказал Никон, — то разделите драгоценности между собой, может, на некоторое время тем отраду себе обретете!"
Боясь народного возмущения, власти не объявили о низвержении Никона. С него даже не сняли архиерейскую мантию и не отняли посоха. Лишь сопровождавшие низвергнутого патриарха архимандриты кричали на него, требуя молчать, а стрельцы хватали тех, кто проявлял к Никону сочувствие. Царь не появился, но прислал ссыльному деньги и теплую одежду, прося благословения себе, царице и всему их дому. Алексей Михайлович опечалился, не получив благословения, но был более озабочен тем, как избежать смуты: велел объявить, будто "Никон патриарх пойдет из Кремля в Спасские ворота и по Сретенке". Народ удалился в эту сторону, а быстрые кони повлекли возки с Никоном и его спутниками через Каменный мост в Арбатские ворота столицы. Более тысячи стрельцов участвовало в этой операции. Алексей Михайлович думал, что отделался от Никона [31].
Заточенный в Ферапонтов монастырь Никон был уверен, что Алексей Михайлович не сможет забыть "собинного друга" и устрашится небесной расплаты за свои деяния. Это сознание поддерживало ссыльного многие годы. Через наказы охранявшим Никона приставам царь то мучительствовал над опальным, то осыпал его подарками, моля "о умирении… благословении и прощении". Узник обещал простить государя при личной встрече и подписывался: "Смиренный Никон, милостью Божиею патриарх". Не идя на риск встречи с Никоном, Алексей Михайлович просил прощения даже в завещании. Опальный был непреклонен и к покойнику: "Воля Господня да будет! Раз он здесь с нами прощения не получил, то в страшное пришествие Господне судиться будем!" На воздвигнутых вокруг Ферапонтова больших крестах он писал: "Никон Божией милостью патриарх… в заточении за слово Божие и за святую Церковь на Белеозере в Ферапонтове монастыре в тюрьме" [32].
Молодой царь Федор Алексеевич привел в ужас духовенство, пожелав освободить Никона, чтобы тот мог достроить Новый Иерусалим [33]. Третий после Никона патриарх Иоаким отказал царю наотрез. Он добился следствия над Никоном по 300 обвинительным статьям и заточения его в угарной келье Кирилло-Белозерского монастыря [34]. Лишь при известии о смертельной болезни опального царь именным указом освободил Никона и всех его товарищей из заточения [35], позволив вернуться в Новый Иерусалим.
Толпы людей приветствовали его на пути по Шексне и Волге, мечтая принять благословение. Никон уже привычно командовал царскими чиновниками, но 17 августа 1681 г. скончался в пути. Царь Федор Алексеевич перенес его гроб в Новый Иерусалим, похоронил как патриарха и добился на Востоке разрешения поминать в этом чине. Через полгода после смерти Никона были сожжены Аввакум, Лазарь, Епифаний и другие борцы за старую веру, проклятые как еретики "соборищем" 1666 — 1667 гг., которое свалило их врага и объявило о Расколе русской церкви.
