14 июня — в газетах опубликовано сообщение ТАСС, опровергающее слухи о нападении Германии на СССР.

— приказал всем флотам перейти на боевую готовность № 2, базам и соединениям — рассредоточить силы и усилить наблюдение за водой и воздухом, запретить увольнение личного состава из частей и с кораблей. Корабли приняли необходимые запасы, привели в порядок материальную часть, было установлено определенное дежурство. Весь личный состав остался на кораблях. Была усилена политработа среди краснофлотцев в духе постоянной готовности встретить и отразить врага.

июнь — направил начальника ГМШ ВМФ И.С. Исакова на ЧФ для участия в военных учениях, проводившихся с целью отработки высадки десанта и его отражения.

20 июня — ГВС ВМФ (председатель Н.Г. Кузнецов) принял решение об ускорении строительства военно-морских баз, особенно для Северного флота, об усилении противовоздушной обороны флота, разведки и дозорной службы, об увеличении состава Северного флота.

до начала войны — разработаны и введены в действие на всех флотах «Наставления» по организации боевой деятельности Военно-Воздушных Сил, подводных лодок и различных классов надводных кораблей.

21 июня (в 21.50) — связался с флотами, узнал обстановку и приказал (по телефону) действовать без промедления при получении приказа о переходе на высшую боевую готовность.

21 июня (в 23.00) — вызван к наркому обороны и проинформирован о возможном нападении в эту ночь фашистов. Приказал телеграммой флотам немедленно перейти на оперативную готовность № 1 и еще ранее — устно по телефону — перейти на готовность № 1, не дожидаясь телеграммы. Кроме приказа по телефону и телеграммой, отправил более пространную вторую телеграмму для военных советов флотов следующего содержания: «В течение 22—23 июня возможно внезапное нападение немцев. Нападение немцев может начаться с провокационных действий. Наша задача не поддаваться ни на какие провокационные действия, могущие вызвать крупные осложнения. Одновременно флотам и флотилиям быть в полной боевой готовности встретить возможный внезапный удар немцев или их союзников. Приказываю перейти на оперативную готовность № 1. Тщательно маскировать повышение боевой готовности. Ведение разведки в чужих территориальных водах категорически запрещаю. Никаких других мероприятий без особого распоряжения не проводить. Кузнецов». Таким образом, высшая боевая готовность № 1 была объявлена на флоте в 00 час. 00 мин. 22 июня.

22 июня (в 03.07) — вражеские самолеты совершили налеты на главную базу в Севастополе и на Измаил с целою заблокировать ЧФ. Сбросили на входной фарватер базы и в Северной бухте электромагнитные мины. Их встретил огонь зенитной артиллерии. В полной боевой готовности встретили шквальный огонь с румынской стороны корабли Дунайской флотилии. Воздушным атакам подверглись также Лиепайская и Рижская ВМБ КБФ. Магнитные мины были сброшены с самолетов в районе Кронштадта. Были сброшены бомбы в районе главной базы СФ — Полярное. Однако нападение фашистской Германии не застало ВМФ врасплох. Флот не потерял ни одного корабля. Флоты и флотилии начали действовать согласно предвоенным планам обороны.

22 июня (в 03.15) — нарком ВМФ получил первое телефонное сообщение от командующего ЧФ Октябрьского Ф.С. о том, что на Севастополь совершен налет.

После звонка из Севастополя — пытался по телефону доложить обстановку И.В. Сталину, которого не нашел. Разговаривал с Маленковым Г.М. Последний перепроверил сведения Кузнецова, звонил в Севастополь.

22 июня (до 05.17) — под свою ответственность нарком ВМФ приказал передать флотам официальное извещение, что Германия начала нападение на наши базы и порты, которое следует отражать силой оружия.

22 июня в первые часы начала войны — приказал через ГМШ всем флотам: «Немедленно начать постановку минных заграждений по плану прикрытия». Первоначально намечалось ставить мины у германских военно-морских баз: Мемеля, Гдыни, Данцига. По распоряжению наркома план был изменен. Минные постановки авиация производила у финских баз и портов и на коммуникациях в шхерном районе, по которым из Германии следовали транспорты с войсками и боеприпасами. В течение июня — июля авиация КБФ поставила несколько заграждений из 105 неконтактных мин на фарватерах в районе Аландских шхер и на подходах к Турку. Сторожевые корабли, тральщики и торпедные катера выставили еще 128 контактных мин на выходах из шхер у островов Утэ и Эре. В середине сентября в этом районе подорвался и затонул финский броненосец береговой обороны «Ильмарине». Всего на центральной минно-артиллерийской позиции было поставлено 3059 контактных мин образца 1908 и 1926 годов и 498 минных заграждений. На Ирбенской позиции и в Рижском заливе было поставлено 1178 контактных мин и 40 минных заграждений.

— состоялся разговор с флотами и управлениями наркомата; «Больше оперативности, следить за каждым шагом противника, действовать решительно, не дожидаясь указаний сверху», — потребовал нарком.

— приказал ГМШ не терять управления флотами, контролировать положение на них, быть в курсе всех распоряжений Наркомата обороны.

— приказал заместителю начальника ГМШ В.А. Алафузову чаще информировать Генеральный штаб о событиях на флотах.

с 23 июня и по 10 июля — входит в Ставку Главного Командования.

23 июня — вызван к И.В. Сталину, в присутствии членов Политбюро и наркома обороны доложил о положении на флотах.

24 июня — обсудил с начальником ГМШ И.С. Исаковым развитие событий на флотах с анализом положения.

— по приказу № 1371 наркома ВМФ начальник ГМШ адмирал И.С. Исаков направлен в Ленинград в качестве заместителя Главкома по морской части. В годы войны нарком направлял на флоты начальника ГПУ ВМФ И.В. Рогова, адмиралов: Л.М. Галлера, Г.И. Левченко, В.А. Алафузова и др.

25 июня — приказал военному совету Северного флота начать военные действия против Финляндии.

26 июня — поставил задачу Черноморскому флоту обеспечить морские перевозки, и в первую очередь — топлива.

27 июня — принял решение о создании трех позиций обороны в восточной части Финского залива на линии о. Гогланд — губа Кунда для прикрытия Ленинграда, связанных единством замысла и явившихся серьезным препятствием для противника в попытках прорваться в восточную часть залива к Ленинграду.

29 июня — приказал Сааремаа и Хийумаа оборонять при любых условиях обстановки на сухопутном фронте, держаться за каждую пядь земли даже в условиях возможного окружения.

30 июня — приказал Черноморскому флоту уничтожить объекты нефтепромышленности в Плоешти.

июнь — сформирована Ладожская военная флотилия.

июнь — начало июля — приказал (по запросу Генштаба) выделить орудия калибра от 100 до 152 мм и отправить их под Вязьму.

3 июля — приказал в связи с нарушением связи между флотом и фронтом выставить на основных дорогах заслон морской пехоты, активно использовать авиацию для разведки, не ослабевая содействия войскам 8-й армии. Оборонять до конца Ханко, Эзель, Даго, район Таллина, отвести на восток и эвакуировать корабли и имущество, нужное для обороны.

5 июля приказал в целях успешного использования сил и средств Балтийского флота для защиты Ленинграда создать командование морской обороной Ленинграда и озерного района (МОЛ). Тяжелая сложилась бы в те дни обстановка в тылу Ленинграда с востока, в районе Невской Дубровки, если бы здесь не была вовремя создана флотом мощная Невская артиллерийская позиция Северного берега, не было бы кораблей, поддержавших нашу героическую пехоту. Невская группа армейских войск начала создаваться лишь в сентябре. Создание Невского укрепленного района из сил армии и флота сыграло колоссальную роль в обороне города.

12 июля — приказал поставить на ТОФ оборонительные минные заграждения для прикрытия от нападения с моря в направлении Владивосток, Владимир-Ольга, Советская гавань и Петропавловск-Камчатский.

13 июля — совместно со Сталиным И.В. и Шапошниковым Б.М. подписал с советской стороны соглашение, заключенное 12 июля 1941 г. между правительствами СССР и Великобритании о совместных действиях в войне против Германии, что явилось первой крупной акцией на долгом и трудном пути создания коалиции.