Опасаясь того, что Баязид может привлечь на помощь Иран, Сулейман стремился получить фетву (правовую оценку), которая давала законную возможность убить сына, и приказал губернаторам малоазиатских провинций мобилизовать свои войска и оказать поддержку Селиму. Он обещал значительное повышение жалования и быстрое продвижение по службе любому, кто будет завербован в армию. Армии противоборствующих сторон сошлись неподалеку от Коньи, причем войска Селима имели численное превосходство и были лучше вооружены. На второй день Баязид бежал с поля битвы в направлении Амасьи, где он еще мог рассчитывать на поддержку.

Несмотря на мирный договор, заключенный с султаном в 1555 году, шах Тахмасп предложил ему убежище в Иране. Услышав об этом, Сулейман направил губернаторам пограничных провинций приказ взять Баязида под стражу, но чтобы добиться от них сотрудничества, ему снова пришлось использовать побуждающий стимул. В июле 1559 года Баязид и четыре его сына бежали на восток, в Иран. До последнего он надеялся получить прощение, но Сулейман остался равнодушен к его мольбам. В отчаянии Баязид обратился к великому визирю Рустем-паше:

Предоставление убежища Баязиду при дворе Тахмаспа казалось шаху подходящим способом отомстить Сулейману за то, что в 1547 году он использовал против него брата, Алкаса Мирзу. Селим принимал непосредственное участие в попытках вернуть Баязида, и в течение следующих трех лет семь османских делегаций совершили поездки ко двору Сафавидов, чтобы убедить Тахмаспа отказаться от принца. В 1562 году он наконец уступил, согласившись обменять Баязида и его сыновей на большое количество золотых монет и роскошных подарков, из которых великолепно украшенные клинок, кинжал и пояс, а также гнедая лошадь и пять арабских жеребцов ему должны были вручить после того, как Селим получит известие о том, что Баязид и его сыновья переданы под опеку его посланников. Но прежде чем это случилось, они были убиты в столице Тахмаспа, Казвине, доверенным лицом Селима, и посланникам были переданы их тела. В отличие от старшего брата Мехмеда, которому хотя бы после смерти была оказана благосклонность, мятежник Баязид и его сыновья были похоронены за стенами провинциального малоазиатского города Сивас.

Достигнутое благодаря Амасийскому договору 1555 года равновесие в отношениях между Османской империей и Сафавидами продолжалось до 1578 года, и даже предложение шаха Тахмаспа предоставить убежище принцу Баязиду не смогло его нарушить. Турки могли урегулировать свои отношения с иностранными державами, заключая с ними договоры, но у себя дома они никогда не могли полностью искоренить недовольство и беспорядки, будь то волнения на религиозной почве или волнения, вызванные другими причинами.

Когда Сулейман взошел на трон, он объявил, что его правление будет эпохой правосудия, но в 1526–1527 годах в Малой Азии вспыхнуло массовое восстание. Главной причиной этих беспорядков стала перепись, проводившаяся с целью определения количества доходов от налогообложения в Киликии. Местное население считало эту перепись пристрастной. Вооруженных сил, которыми располагала провинция, оказалось недостаточно для того, чтобы подавить беспорядки, и из Диярбакыра туда были направлены подкрепления, но мятеж уже охватил всю восточную Малую Азию и приобрел явное религиозно-политическое звучание, когда с призывом взяться за оружие обратился Календер-шах, дервиш из секты Каледери и духовный последователь почитаемого мистика XIII века Хаки Бекташа. Распорядившись, чтобы пути отхода в Иран были перекрыты, Сулейман послал усмирять мятежников самого великого визиря, Ибрагим-пашу. Пока он скакал на восток, османские силы сумели рассеять мятежников. Это стоило жизни нескольким помощникам губернаторов провинций, которые были среди убитых в перестрелке, имевшей место 8 июня 1527 года, неподалеку от города Токат, расположенного в центральной части северной Малой Азии. В конце июня Ибрагим-паша и его войска столкнулись с мятежниками и разбили их.

Подавлялись и менее активные формы несогласия. В 1527 году фетва шейхульислама[20] Кемальпашазаде, обладавшего высшей религиозной властью в империи, стала причиной смертной казни ученого Молла Кабиза, приводившего доводы из Корана и из устных преданий, в которых Пророку приписывалось утверждение, что в духовном отношении Иисус превосходит Мухаммеда. Слушая предварительный допрос Кабиза из-за ширмы, установленной в зале заседаний имперского совета, султан Сулейман высказал Ибрагим-паше свое недовольство тем, что какого-то еретика привели туда, где находится сам султан. Кабиз не стал отказываться от своих убеждений, и после еще одного допроса его казнили. Такую же фетву Кемальпашазаде дал в 1529 году, когда рассматривалось дело молодого проповедника по имени шейх Исмаил Мушаки, идеи которого пользовались популярностью и находили поддержку. Среди этих идей была мистическая доктрина «единства бытия», согласно которой человек был Богом – доктрина, которую за сто лет до этого, в годы гражданской войны, поддерживал шейх Бедреддин. Султан Мехмед I считал ее крайне разрушительной, такое же беспокойство она вызывала и у высшего духовенства во времена правления султана Сулеймана. Как и шейха Бедреддина, Мушаки обвинили в ереси и вместе с двенадцатью единомышленниками казнили на Ипподроме. Согласно расхожему мнению, он был мучеником, и даже спустя тридцать лет деятельность его последователей все еще раздражала османские власти.

То, насколько далеко духовное самовыражение может отклоняться от канонов поддерживаемой властями веры, и способы определения того, что является ересью, решали не сами «еретики», а власть предержащие. Османское государство относило определенные верования к «еретическим», возлагая на них ответственность за неблагоприятные политические последствия, и в то же самое время оно могло проявлять к ним снисходительность, когда политические последствия считались незначительными. Поэтому, когда территориальные споры между Османской империей и державой Сафавидов на некоторое время затихли, «ересь» кызылбашей перестала быть проблемой, которая требовала применения военной силы против своего соседа, и постепенно стала рассматриваться как исключительно внутренний вопрос. После окончания проведенной Сулейманом в 1533–1535 годах восточной кампании имела место значительная миграция кызылбашей в Иран, а те из них, кто остался в пределах Османской империи, подверглись преследованиям. Фетва шейхульислама Абуссууда, который с 1545 по 1547 год был преемником Кемальпашазаде, утверждала, что они являлись отступниками. Каноническим наказанием за это была смерть. Между прочим, среди тех, кто поддержал фетву, данную Кемальпашазаде в отношении проповедей Мушаки, был и Абуссууд-эфенди. В своем стремлении навязать официально принятую форму ислама правящие круги Османской империи не щадили своих инакомыслящих.

В ранний период своего правления султан Сулейман полагался исключительно на советы Ибрагима-паши и Хюррем Султан. После казни Ибрагима-паши Хюррем по-прежнему оставалась ближайшим доверенным лицом своего мужа. Таким же доверенным лицом стала и их дочь, Михримах, являвшаяся супругой Рустем-паши, который с 1544 по 1561 год почти непрерывно занимал пост великого визиря. Благодаря тому, что Рустем-паша был зятем султана, он получил огромную власть, но и нажил множество врагов. Он лучше, чем Ибрагим-паша, понимал придворные обязанности, и хотя он, как и Хюррем, был причастен к тому, что принц Мустафа был казнен, это стоило ему лишь кратковременного отстранения от своих обязанностей, что было сделано для того, чтобы утихомирить сторонников покойного принца. Вскоре он был восстановлен в должности. Рустем-паша еще больше укрепил свой авторитет тем, что умело манипулируя монетной системой, зерновым рынком и продавая должности, увеличивал доходы государства. Он скопил огромное личное состояние, и, согласно утверждениям современников, в период его пребывания в должности взяточничество стало нормой. Когда Рустем умер, его похоронили в храмовом комплексе Шехзаде, построенном в память о сыне Сулеймана Мехмеде, что было явным признанием того высокого мнения, какого был о нем Сулейман.