Похоже, что Баязид стремился завершить план отца по изгнанию венецианцев из остававшихся у них аванпостов. Нафпактос сдался после наступления с моря и с суши 28 августа 1499 года, и османы укрепили узкий вход в Коринфский залив двумя стоящими друг против друга крепостями, так же как они укрепили другие свои стратегические фарватеры Босфор и Дарданеллы. Сама Венеция была потрясена в октябре вылазками, проникшими на ее территорию вглубь на 30 километров. В начале 1500 года венецианский эмиссар добивался возвращения Нафпактоса на аудиенции при османском дворе, лишь для того чтобы быть проинформированным, что султан собирается завладеть всеми венецианскими аванпостами на восточном побережье Адриатического моря и сделать Адриатику границей между его владениями и Венецией; позже в этом году Модон, Корон и Пилос (Наварино) на побережье юго-западной части Пелопоннеса были взяты в результате нападения османов с моря.
Оставив в стороне свои разногласия и после большого количества дипломатических прений Венеция, папство и Венгрия образовали союз против османов в мае 1501 года. Венеция все еще владела островами Кипр, Крит и Корфу, число ее более мелких владений сокращалось. Это усилило атаки республики на османские территории: позднее, в том же году объединенные французско-венецианские силы высадились на Лесбосе, расположенном у северо-западной части Малой Азии, но были отброшены. В следующем году венецианские силы высадились на юго-западном побережье Малой Азии у Фетхие (Макри) и разграбили прилегающие территории. Несмотря на помощь союзников, Венеция не могла пойти дальше этих незначительных демонстраций силы; она попросила мира, и соглашение, заключенное в 1503 году, приблизило Баязида к достижению цели – вытеснить Венецию с Балкан.
Победу в войне с Венецией принесли Баязиду морские силы, но они нуждались в восстановлении, и он приступил к полномасштабной реконструкции своего флота. Были построены более легкие, более маневренные корабли, их личный состав значительно увеличился. В течение нескольких лет не предпринималось никаких серьезных морских операций, флот был задействован для того, чтобы держать морские пути открытыми, защищая торговые и другие суда от пиратства, как свои, так и иностранные, ходившие в восточных водах Средиземного моря.
Наличие мощного флота открыло для османов новые перспективы, как когда-то для европейских государств. После того как Васко да Гама обогнул мыс Доброй Надежды в ноябре 1497 года и добрался до Индии следующей весной, коммерческие интересы Португалии вошли в конфликт с многовековой арабской торговой системой в Индийском океане; в частности, они угрожали контролю мамлюков над торговлей специями из Южной и Юго-Восточной Азии. Усилия мамлюков на море оказались недостаточными, чтобы защитить свои интересы: в том же году, когда португальцы активизировались в Индийском океане, в восточной части Средиземного моря стало расти число пиратских нападений с острова Родос, и победа родосского флота над мамлюкским конвоем с грузом дерева с берегов Северной Сирии в 1508 году продемонстрировала беспомощность мамлюков на море. Мамлюки были вынуждены обратиться за помощью к Баязиду, таким образом Баязид смог добиться того, что был не в состоянии взять силой: признание его превосходства над мамлюками в борьбе за господство на Ближнем Востоке. В 1510 году посольство к османскому двору было вознаграждено дополнительной помощью оружием и продовольствием для мамлюкского флота. В дополнение к компетентности в морском деле, османы владели артиллерией, равной той, которую использовали европейцы; они снабдили флот мамлюков пушками против португальцев, а также послали своих офицеров командовать мамлюкским флотом.
Эта неспособность мамлюков защитить свои корабли от португальцев дала Баязиду прекрасную возможность вмешиваться в дела мамлюков и преследовать свои интересы. Его мотивы были различными: доступ османов в Индийский океан позволил бы ему участвовать в прибыльной торговле специями, в то время как поддержка мамлюков препятствовала бы их союзу с новым врагом, появившимся на восточной границе, – шахом Сефевидов Исмаилом, – а также нейтрализовала любую возможную помощь мамлюков его сыну Коркуду, который, будучи недовольным провинцией, которой его назначили править, уехал в Каир в 1509 году, возможно готовясь бросить вызов власти Баязида. Расчеты Баязида оправдались.
Хотя появление португальцев в Индийском океане и последующее проникновение туда османов положило начало длительной вражде между ними, оба государства осознавали значительные финансовые и стратегические выгоды от вовлечения сил в ту часть мира, которой до настоящего времени мало интересовались. Более того, вмешательство Баязида в дела мамлюков открыло путь к завоеванию его сыном Селимом Сирии и Египта несколькими годами позже. Но пока иранское государство Сефевидов представляло угрозу для основ османской легитимности, настолько же опасную, как и вышеописанные. Борьба за превосходство внутри исламского мира во всех отношениях была настолько же напряженной, как и вражда между христианскими и мусульманскими государствами, и за первые триста лет существования представляла более серьезную угрозу для Османской империи.
Если ранняя стадия правления Баязида зависела от судьбы его брата Джема, то последние годы были отравлены появлением кызылбашей («Красные головы»). Термин «Кызылбаши» использовался для описания тех, кто носил высокие, красные колпаки с двенадцатью складками, как способ выразить свою приверженность двенадцати имамам шиитского ислама. В отличие от Караманидов и Аккоюнлу, которые вместе с мамлюками и османами являлись сторонниками суннитского ислама, новая сила, поднимавшаяся на восточных границах османов, набиравшее силу государство Сефевидов, разработала мировоззрение, основанное на верованиях шиитского меньшинства мусульман. Религиозные практика и обычаи суннитов и шиитов отличаются мало – основное различие доктринальное: шиитский ислам ограничивает главенство исламским сообществом семьей пророка Мухаммеда и не признает легитимность династий Омейядов и Аббасидов, которые унаследовали эту роль. Приверженцы вероучения о «Дюжине» верят в то, что двенадцатый имам, лидер мусульманского сообщества, был попросту скрыт от своих последователей с момента своего исчезновения в 940 году н. э. и снова появится, чтобы возвестить Царство Небесное на земле. Это убеждение было исламским эквивалентом мессианских движений на заре новой Европы.
Государство Сефевидов получило свое название от шейха Сефи Аль-Дина Исхака, основателя религиозного ордена Сефевидов, появившегося в Ардебиле в северо-западном Иране. Шейх Сефи Аль-Дин умер в 1334 году, и историческая традиция приписывает основание государства, вдохновителем которого он был, 1501 году, когда четырнадцатилетний шах Сефевидов Исмаил возглавил армию, захватившую Тебриз, столицу остатков государства Аккоюнлу, у его правителя, приходившегося шаху двоюродным братом. Это была решающая битва в долгой войне за престолонаследие между принцами Аккоюнлу, которая началась еще до рождения Исмаила после смерти Узун Хасана (который приходился Исмаилу дедом по материнской линии) в 1474 году и усилилась в последние годы XV столетия. Превращение Сефевидов со времени шейха Сефи аль-Дина и временем Исмаила – от того, что современные ученые характеризуют как «более или менее условная суннитская суфийская организация, постепенно обзаводившаяся учениками и имуществом, необязательно в одухотворенной форме» – в государство, проявляющее крайнюю неприязнь к османам вкупе с радикальной позицией по отношению к тому, что обычно называют суннитским «ортодоксальным» исламом – все еще плохо осмыслено. Разумеется, использование термина «ортодоксальный» для характеристики ислама османов, или «неортодоксальный» для описания ислама Сефевидов, в равной степени не может передать смысл разновидностей религиозных практик в регионе, где правила проводить в жизнь «истинные» ритуалы были рудиментарны и где книжный ислам слабо влиял на народные верования.