29 марта 1999 г. Путин был назначен секретарем Совета Безопасности РФ с сохранением должности директора ФСБ. Так что с точки зрения карьерного роста работу Путина в ФСБ следовало признать успешной. Что же касается борьбы с преступностью, то здесь возникли проблемы. В период директорства Путина в ФСБ в России были совершены следующие крупные преступления (почти все оставшиеся нераскрытыми):

Убийство на даче под Смоленском президента Ассоциации российских производителей бриллиантов Александра Шкадова (1 августа 1998 г.).

Покушение на мэра Махачкалы Саида Амирова (8 августа 1998 г.).

Взрыв у здания приемной ФСБ на Лубянке (13 августа 1998 г.). По обвинению в организации этого взрыва в 1999 г. был арестован Александр Бирюков из левацкой группы "Новая революционная альтернатива", признанный впоследствии параноидальным шизофреником.

Убийство главного редактора журнала "Юридический Петербург сегодня" Анатолия Левина-Уткина (20 августа 1998 г.).

Убийство во дворе Центральной мечети Махачкалы муфтия Дагестана Саид-Мухаммада Абубакарова и его брата (21 августа 1998 г.).

Убийство в Подмосковье президента Российского общественного фонда инвалидов военной службы Алексея Вуколова (3 сентября 1998 г.).

Очередное покушение в Махачкале на Саида Амирова (4 сентября 1998 г.).

Убийство в Санкт-Петербурге заместителя председателя городского Комитета по потребительскому рынку Евгения Агарева (28 сентября 1998 г.).

Похищение в Грозном (29 сентября 1998 г.) и убийство (3 октября 1998 г.) заместителя представителя правительства РФ в Чечне Акмаля Саидова.

Убийство радиоуправляемой миной президента АО "Петербургская топливная компания", бывшего кандидата на пост губернатора Санкт-Петербурга Дмитрия Филиппова, доверенного лица Геннадия Селезнева (умер 13 октября 1998 г. от ран, полученных 10 октября).

Ранение в Санкт-Петербурге в результате покушения советника и спонсора Селезнева Михаила Ошерова (16 октября 1998 г.).

Убийство в Москве гендиректора ЗАО "Томс-Нефть-Восток" Александра Берлянда (20 октября 1998 г.).

Убийство в Московской области следователя спецпрокуратуры Юрия Кереся (20 октября 1998 г.).

Покушение в Грозном на муфтия Чечни Ахмад-Хаджи Кадырова (26 октября 1998 г.

Убийство заместителя гендиректора АО "Челябэнерго" Николая Щапина (1 ноября 1998 г.).

Убийство начальника транспортной милиции Новороссийска Евгения Федорякина (5 ноября 1998 г.).

Убийство в Москве советника губернатора Кемеровской области Александра Гонтова (18 ноября 1998 г.

Убийство в Санкт-Петербурге Галины Старовойтовой (28 ноября 1998 г.)

Покушение на убийство первого зампрефекта Центрального округа Москвы Петра Бирюкова (28 ноября 1998 г.).

Убийство в Чечне трех англичан и одного новозеландца (иностранные специалисты были похищены 3 октября 1998 г., а их обезглавленные тела обнаружены 10 декабря).

Покушение на адвоката Петра Кучерену (16 декабря 1998 г.).

Взрыв автомобиля у посольства США в Москве (17 января 1999 г.).

Поджог здания УВД в Самаре 10 февраля 1999 г. Во время пожара погибло 57 сотрудников УВД.

Убийство в Москве редактора журнала "Российский адвокат" А. Полякова (4 марта 1999 г.).

Похищение в Грозном полномочного представителя МВД России генерала Геннадия Шпигуна (5 марта 1999 г.).

Погром в синагоге в Новосибирске (в ночь с 8 на 9 марта 1999 г.).

Взрыв на рынке во Владикавказе, более 60-ти человек убито, более 100 ранено (19 марта 1999 г.).

Покушение на первого заместителя главы администрации Омской области Андрея Голушко. Голушко тяжело ранен (22 марта 1999 г.).

Попытка обстрела из гранатомета посольства США в Москве (28 марта 1999 г.). Один из террористов впоследствии дал интервью, в котором рассказал об участии в теракте и был арестован и осужден.

Убийство в Махачкале заместителя генерального прокурора Дагестана Курбана Булатова (31 марта 1999 г.)

Повторный взрыв под стеной здания приемной ФСБ на Лубянке (4 апреля 1999 г.). По обвинению в организации этого взрыва были впоследствии осуждены три девушки из подпольной группы "Новая революционная альтернатива".

Убийство в Санкт-Петербурге главного координатора ЛДПР по Петербургу и Ленинградской области Геннадия Туманова (9 апреля 1999 г.).

Покушение на председателя Республиканского суда Карачаево-Черкессии Ислама Бурлакова (13 апреля 1999 г.).

Попытка взорвать офис Иосифа Кобзона в гостинице "Интурист", ранено 16 человек (26 апреля 1999 г.).

Минирование еврейского театра "Шолом" в Москве (10 мая 1999 г.).

Покушение на заместителя начальника Северо-западного РУБОПа Санкт-Петербурга полковника Николая Аулова и его жену. Оба тяжело ранены выстрелом из снайперской винтовки (26 мая 1999 г.).

Второе покушение на муфтия Чечни Ахмад-Хаджи Кадырова (конец мая 1999 г.).

Убийство атамана реестрового Всевеликого войска Донского Геннадия Недвигина (6 июня 1999 г.).

Убийство мэра г. Дедовска Московской области Валентина Кудинова (22 июня 1999 г.).

Убийство мэра г. Кызыла, лидера тувинского отделения партии ДВР Генриха Эппа (21 июля 1999 г.).

Обстрел из гранатомета дома приемов ЗАО "Логоваз" в Москве (8 августа 1999 г.).

Лишь одну операцию Путин провел успешно: по снятию со своего поста генерального прокурора России Юрия Скуратова. Почему коррумпированный генеральный прокурор России решил бороться с коррупцией в Управлении делами президента и самим Ельциным, сказать трудно. То ли из-за лояльности Коржакову, то ли из-за политических симпатий коммунистам, то ли под давлением Евгения Примакова, являвшегося тогда премьер-министром, крайне негативно относившимся и к Ельцину, и к его окружению, часто называемому "семьей", в том числе и к управделами президента Павлу Бородину. Уж в чем точно нельзя было заподозрить ни Скуратова, ни всех следующих генпрокуроров России, это в искреннем желании бороться с коррупцией в верхних эшелонах власти, что в общем-то генпрокуроры обязаны были делать по должности.

8 октября 1998 г. Скуратов возбудил уголовное дело по фактам коррупции в Управлении делами президента. Совместно со швейцарскими коллегами российские следователи выявили ряд злоупотреблений при подписании и осуществлении контрактов по реставрации Кремля и обновлении салона самолета президента, в том числе счета с многомиллионными вкладами на имя Павла Бородина, его дочери и зятя. Расследования Скуратова буквально пошатнули трон Ельцина. Все чаще и чаще в Думе звучало слово "импичмент".

Однако спустя шесть месяцев после начала расследования было возбуждено уголовное дело в отношении самого Скуратова, который обвинялся в поступках, несовместимых с его должностью и званием. Дело в том, что в распоряжении ФСБ в марте 1999 г. оказались видеозаписи, на которых "человек, похожий" на Скуратова в абсолютно голом виде занимался любовью с двумя столь же голыми "девушками по вызову". В ночь с 1 на 2 апреля 1999 г. заместитель прокурора города Москвы возбудил в отношении Скуратова уголовное дело. Поспешность в возбуждении уголовного дела объяснялась просто - швейцарские следователи быстро продвигались в расследовании незаконной деятельности швейцарских фирм, осуществлявших работы по выполнению контрактов с Кремлем, и необходимо было как можно быстрее прекратить это расследование. Сделать это можно было лишь сменив генерального прокурора, отставку которого по закону должна была утвердить верхняя палата российского парламента - Совет Федерации. Процедура была сложная и долгая.

В отличие от российских коллег швейцарские следователи довели расследование до конца. Итогом его явился получивший широкий международный резонанс арест в США Павла Бородина, прибывшего туда на процедуру инаугурации президента Джоржа Буша, с последующей его экстрадицией в Швейцарию. В ходе следствия и судебного разбирательства была вскрыта коррупционная схема, используемая Бородиным и его швейцарскими подельниками. Бородин по решению швейцарского суда был оштрафован на примерно 375 тысяч долларов, но вины своей не признал и от уплаты наложенного на него штрафа отказался. Отказалась вносить штраф за Бородина и Россия. Деньги, являвшиеся залогом для освобождения Бородина из швейцарской тюрьмы, были внесены одним из его швейцарских партнеров. В конце концов дело закончилось фарсом.