Вторая американская экспедиция состоялась в 1935 году. И немецкого ученого опять пригласили в состав ее участников. Финансировали экспедицию Филадельфийская академия естественных наук и частично Германия. Маршрут экспедиции пролегал вдоль русла реки Янцзы, что значительно облегчало передвижение. Но в самом начале пути между американцами и немцами случились серьезные разногласия на идеологической почве. Американцы уехали назад, немцы же со свойственным им упорством продолжили путь на запад. Дойдя до истоков Янцзы, экспедиция свернула на юг, к истокам другой великой реки Юго-Восточной Азии, Меконга, и, сделав огромный круг (до Лхасы оставалось 14 дней пути), вернулась в Китай.
Шеффер стал автором ряда блестящих научных открытий. Он первым из европейцев описал антилопу оранго, карликового голубя и голубую овцу. Также он изготовил чучела неизвестных и редких птиц. Триумф немецкого исследователя был полный. Его удостоили чести выступить с докладом в Азиатском обществе (Индия) клуба Гималаев.
В докладе отчетливо выразились расистские настроения Шеффера. Особый акцент был сделан им на "арийском" и "кавказском" подвидах людей, которые много веков назад смешались с народами тибетского происхождения.
За участие в этих двух американо-немецких экспедициях Гиммлер присвоил ему звание оберштурмфюрера СС. Кроме того, в 1937 году Шеффер на основе материалов, привезенных из Тибета, защитил диссертацию.
Тогда же рейсхфюрер СС лично предложил ему работать в оккультном институте "Аненербе", посулив неограниченные финансовые возможности. Однако Шеффер проявил самостоятельность и начал готовить собственную экспедицию в Лхасу. Вышестоящие начальники были очень недовольны выбором Шеффера и организовали бюрократическую волокиту. Особенно сложным оказался вопрос финансирования.
И тем не менее энергичный Шеффер деньги нашел. Финансировать его согласились немецкие промышленники. 80 процентов требуемых средств дал "Совет по рекламе", и 20 процентов - другие промышленники. За это Шеффер должен был осуществить скрытую рекламу германских товаров.
В экспедиции принял участие антрополог-расист Бруно Бергер. Он имел свою программу исследований - изучение останков нордических переселенцев в Тибет с севера, классификация рас в Тибете на предмет выявления остаточных признаков нордических черт, определение "полноценных" рас, "смешанных" и "неполноценных", а также исследование влияния климата на психику и физиологию людей. Особое внимание он собирался уделить измерению черепов тибетских аристократов, так как, по его убеждению, они должны были обладать характеристиками нордического типа.
Шеффер упорно работал над организацией чисто немецкой экспедиции. Когда вопрос о финансировании проекта был успешно решен, его и других участников 10 сентября 1938 года пригласил к себе Гиммлер. На секретном совещании присутствовали: сам Генрих Гиммлер, Эрнст Шеффер - руководитель экспедиции (зоология, ботаника), Карл Винерт (геофизика), Бруно Бергер (физическая антропология, расовая теория), Эрнст Краузе (оператор), Эдмонт Гир (технический руководитель).
О чем там совещались Гиммлер и участники экспедиции, осталось тайной. Задачи рейхсфюрером ставились в устной форме, без протокола.
В конце апреля экспедиция в полном составе прибыла в Калькутту. Здесь друг Шеффера американский ученый Долан дал ему четыре тысячи долларов.
Необходимо отметить одну важную деталь, которая ускользнула от внимания западных авторов, описывавших эту экспедицию. В Калькутте с Шеффером оказалось еще 12 человек. Имена двух известны - это Каронихи (переводчик), тибетец из Берлина, посланник лам из Лхасы, и Ева Шмаймюллер (тябетолог). Имена десяти других участников неизвестны. Известно лишь, что один был радистом, еще двое - профессиональными разведчиками. Смысл участия остальных также остался неизвестным. Дело в том, что эти десять безымянных участников экспедиции оформлялись не через "Аненербе", а через отдел гестапо IV-Е-2, ведающий странами Запада, Севера, Юга и Востока. Эти люди были заброшены с расчетом на длительную работу.
Обстановка в Азии в 1938 году накалялась с каждым днем. Шеффер оказался на острие пера западной прессы; о его заслугах в науке забыли, называли "шпионом". Спас экспедицию мистер Голд, занимавший высокий пост в английской администрации. Благодаря его вмешательству экспедиция Шеффера без особых приключений добралась до Лхасы, где была встречена с распростертыми объятиями тибетскими властями. Шеффер сумел организовать так называемую "Встречу западной и восточной свастик".
По этому поводу растроганный регент Тибета Квотухту написал примечательное послание Гитлеру:
"Глубокоуважаемый господин (король) Гитлер, правитель Германии, господствующий над обширными странами. Да пребудут с Вами здоровье, радость покоя и добродетель!
Сейчас Вы трудитесь над созданием обширного государства на расовой основе. Поэтому прибывший ныне руководитель немецкой Тибетской экспедиции сахиб Шеффер не имел ни малейших трудностей в его пути по Тибету, ни в осуществлении своей цели установления личных дружественных отношений; более того, мы надеемся на дальнейшее расширение дружественных отношений между нашими правительствами.
Примите, Ваша Светлость, господин (король) Гитлер, наши заверения в дальнейшей дружбе в соответствии со словами, сказанными Вашей стороной.
Это Я подтверждаю Вам!
Написано 18 числа первого тибетского месяца года Земляного Зайца (1939 год)".
Гитлеру были посланы подарки: серебряная чашечка с крышечкой, на тонкой ножке, украшенная драгоценными камнями; асоб - собака особой тибетской породы терьеров; аши - шелковый платок (обязательный подарок в Тибете, делается в знак уважения).
Экспедиция пробыла в Тибете свыше двух месяцев, осуществила огромную работу, посетила священное место Тибета Ярлинг и спешно собралась в обратный путь. Радиосвязь по линии Лхаса - Берлин была налажена, а Гиммлер торопил с возвращением: назревала Вторая мировая война. Шеффер, конечно, об этом не знал, но приказу подчинился.
В Мюнхене Шеффера встретили сам рейхсфюрер и пресса. Успех экспедиции был очевидным, хотя Шамбалу так и не удалось обнаружить. Более того, как видно из отчетов Шеффера, он даже усомнился в ее существовании.
Рейхсфюрер Гиммлер обласкал Шеффера и дал ему новое поручение: подготовить для заброски в Лхасу группу из тридцати эсэсовцев, которые должны были переправить туда оружие для 1000-2000 тибетцев; главной задачей этого партизанского отряда было атаковать английско-индийские погранпосты на границе с Непалом и блокпост англичан в самой Лхасе.
Данный приказ свидетельствует о том, что Эрнст Шеффер при встрече с регентом Тибета вел разговор не о погоде, а о конкретных политических задачах: Германия обещала поддержать Тибет в его вооруженной борьбе с английскими захватчиками. Это подтверждает и телеграмма в Берлин, в которой Шеффер просит Гиммлера ускорить пересылку в Лхасу "подарков для Далай-ламы", подразумевая под этим оружие и стационарное радиооборудование. Но из-за грянувшей войны в Европе этим планам не суждено было осуществиться.
Во время войны над Эрнстом Шеффером стали сгущаться тучи. По всей видимости, это были интриги тех нацистских идеологов, которые не могли простить ученому скептического отношения Шеффера к Шамбале, краеугольному камню расистских учений. Против Шеффера выступил и участник экспедиции Бруно Бергер, активно поддерживавший предположение, что праарии, протонорманы пришли в Тибет с севера.
Бергер писал:
"Экспедиция, где каждый может преследовать свои личные научные цели, слишком индивидуалистическая, чтобы быть национал-социалистической".
Бергер исподволь стал готовить свою экспедицию в Тибет с целью проведения исследований в расовом духе. Для аргументации своих доводов он использовал антропологические измерения трехсот тибетцев и бесчисленные гипсовые слепки с их черепов.