Зная, что Кутузов не согласен с его решением, Прозоровский прибыл к главному корпусу и взял на себя командование войсками.
9 апреля 1809 г. русская армия приступила к осаде Браилова, начав инженерные работы, в ходе которых строились редуты и оборудовались артиллерийские батареи.
17 апреля началась интенсивная бомбардировка Браилова. Прозоровский назначил штурм крепости на 3 часа ночи с 19 на 20 апреля.
Всего для штурма было выделено 8 тысяч человек, что было явно недостаточно, если учесть, что гарнизон крепости составлял 12 тысяч человек.
Однако с самого начала операция пошла не по плану. Сигнальная ракета по ошибке была запущена не в 3 часа ночи, а на 4 часа раньше (в 23 часа 19 апреля). Штурм не удался. Русские понесли очень большие потери — 2229 человек убитыми и 2250 человек ранеными. Узнав о неудаче, Прозоровский впал в истерику, рыдал, рвал на себе волосы. Кутузов, как мог, успокаивал его: «Не такие беды бывали со мной. Я проиграл Аустерлицкое сражение, решившее участь Европы, и то не плакал». Тем не менее ответственность за неудачный штурм Браилова Прозоровский возложил на Кутузова и добился его отстранения от командования корпусом. В июле 1809 г. М. И. Кутузов был назначен литовским генерал-губернатором.
7 мая Прозоровский снял осаду с Браилова и два месяца бездействовал, спокойно наблюдая, как турки расправляются с его союзниками сербами. Лишь в конце июля фельдмаршал решил переправиться за Дунай.
Генерал А. А. Засс овладел Исакчей, а 2 августа — Тульчей. В тот же день (2 августа) генерал М. И. Платов занял Бабадах.
9 августа в лагере за Дунаем Прозоровский умер. Вместо него командующим армией был назначен генерал от инфантерии князь П. И. Багратион.
Первой операцией русских войск при новом главнокомандующем стала осада крепости Мачин. 14 августа отряд генерал-лейтенанта Е. И. Маркова подошел к Мачину. В отряде состояло 5 тысяч человек, 20 батарейных и 6 конных пушек, 2 мортиры и одно осадное орудие.
Крепость Мачин была окружена четырехугольным ретраншементом, на углах которого находились четыре бастиона. Впереди ретраншемента проходил ров глубиной 4 метра. Внутри крепости находилась цитадель. Крепость защищал гарнизон, состоящий из 600 человек при
13 орудиях, установленных в бастионах и на ретраншементе.
Утром 16 августа была начата бомбардировка крепости. На следующий день к Мачину подошли суда русской Дунайской флотилии, пушки которой открыли огонь по крепости.
Вечером 17 августа гарнизон Мачина капитулировал. Русские захватили 338 пленных, 13 орудий, 1500 ядер и 250 пудов (4,1 тонны) пороха.
22 августа войска генерала Платова после двухдневной бомбардировки овладели крепостью Гирсово. Сразу же после занятия Гирсово русские начали строить понтонный мост через Дунай.
В конце августа русские войска численностью 5 тысяч человек при 40 орудиях под командованием генерала Засса подошли к крепости Измаил. В крепости был 4,5-тысячный гарнизон и 221 орудие. Кроме того, у стен крепости стояли турецкие гребные суда с 36 орудиями.
31 августа русская осадная батарея начала обстрел крепости. С 5 сентября в обстреле Измаила принимали участие и суда русской Дунайской флотилии, которые подошли к крепости с обеих сторон (по течению и против течения). Бомбардировка с небольшими перерывами продолжалась до 13 сентября, когда комендант Челиби-паша предложил начать переговоры о сдаче.
14 сентября русские войска вошли в Измаил. По условиям капитуляции его гарнизону было разрешено возвратиться в Турцию.
В крепости русские захватили 221 орудие, 9 судов, вооруженных 36 пушками, 5551 пуд (около 91 тонны) пороха и много снарядов.
Всего за время осады русская артиллерия сделала 857 выстрелов.
4 сентября Багратион разбил под Россеватом 12-тысячный турецкий корпус. 11 сентября Багратион осадил турецкую крепость Силистрию. В начале октября Багратион получил сведения, что к Силистрии якобы движется сам великий визирь с большим войском. В связи с этим
14 октября Багратион снял осаду с Силистрии и отвел войска на левый берег Дуная.
Отступление Багратиона дало повод Александру I снять его с должности командующего армией. Основной же причиной отставки был конфликт Багратиона со своими корпусными командирами А. Ф. Ланжероном и М. А. Милорадовичем.
Французский эмигрант граф Ланжерон был природным интриганом. Под Аустерлицем он интриговал против всех, от Пфуля до Кутузова. К русским генералам он вообще относился с презрением. Милорадович отличался личной храбростью, но был глуповат, ежедневно в Бухаресте организовывал грандиозные попойки с дамами. Багратиону в январе 1810 г. удалось добиться отзыва Милорадовича. Но месяц спустя и сам Багратион был уволен «в отпуск» на два месяца.
Четвертым по счету командующим Молдавской армией стал генерал от инфантерии Н. М. Каменский, сын фельдмаршала М. Ф. Каменского.
Кампанию 1810 г. Каменский закончил отступлением с Дуная в глубь Валахии. 4 февраля Каменский заболел лихорадкой и слег в постель. Его обязанности стал временно исполнять граф Ланжерон. 16 апреля Каменский выехал в Одессу, где и умер 4 мая 1811 г. 35 лет от роду.
Пятым главнокомандующим армии назначается Михаил Илларионович Кутузов. 7 апреля 1811 г. он прибыл в Бухарест и принял командование армией. Обстановка на театре военных действий накануне приезда Кутузова была крайне неблагоприятной. Из-за угрозы нападения Наполеона половина войск (пять дивизий) Молдавской армии перебрасывалась к западной границе. В распоряжении Кутузова оставалось всего четыре дивизии, несколько казачьих полков и Дунайская флотилия. Всего 70 батальонов, 80 эскадронов, 14 казачьих полков, 4 роты пионеров, 2 понтонные роты, 5 рот осадной, 5 рот батарейной и 4 роты конной артиллерии. Общая численность войск составляла 46 тысяч человек с 218 орудиями (132 пеших, 48 конных и 38 осадных).
Эта немногочисленная армия к тому же была разбросана по Дунаю на тысячекилометровом фронте от Черного моря до крепости Видин. Кроме того, часть русской армии была занята обороной Никополя, Рущука и Силистрии. Естественно, что при таком расположении армии нельзя было успешно обороняться, и тем более наступать.
Кутузову противостояло 70 тысяч турок под командованием великого визиря Ахмеда-паши. Первоначальный план турецкого командования заключался в том, чтобы, нанеся главный удар из Софии через Видин и вспомогательный из Шумлы через Разград на Рущук, выйти к Дунаю, а в дальнейшем, развивая наступление на Бухарест, занять Валахию, Молдову и Бессарабию.
Кутузов решает перейти к обороне, собрать все силы в кулак и ждать наступления Ахмеда-паши. С этой целью по его приказанию были срыты укрепления Никополя и Силистрии, и основные силы армии сосредоточены между Бухарестом и Рущуком. В крепостях Килия, Браилов и Измаил оставлены отдельные сравнительно малочисленные отряды пехоты с артиллерией. В Рущуке оставлено 12 батальонов пехоты, в районе Журжи — 3 батальона пехоты и батальон улан, а в 25 км от Журжи сосредоточен резерв армии — корпус генерал-лейтенанта Ланжерона, который можно было использовать для обороны центра или правого фланга фронта.
В начале июня 1811 г. турецкая армия под командованием Ахмеда-паши оставила Шумлу и, не встретив сопротивления со стороны русских войск, подошла к деревне Писанцы в 15 км от Рущука, где встала лагерем. Этим создавалась угроза захвата крепости Рущук, выхода турецкой армии к Дунаю и переправы ее на левый берег.
Своевременно узнав о намерениях турецкого командования, Кутузов 19 июня скрытно переправил главные силы армии на правый берег Дуная и занял позицию в 4 км южнее Рущука. В составе главных сил было 32 батальона, 40 эскадронов и 3 казачьих полка, что составляло немногим более 15 тысяч человек со 114 орудиями. В турецкой армии насчитывалось около 60 тысяч человек и 78 орудий.
Утром 22 июня 1811 г. свыше 70 орудий противника открыли интенсивный огонь по всему фронту русской армии. Вскоре турецкая конница стремительно атаковала центр и оба фланга русских войск. Однако сильным артиллерийским и ружейным огнем эта атака была отбита. Несмотря на первую неудачу, турецкое командование повторило атаку, направляя на этот раз главный удар на правый фланг русских войск. На правом фланге завязалась ожесточенная борьба. Турецкие войска, используя сильно иссеченный рельеф местности, во что бы то ни стало пытались выйти в тыл русских войск и отрезать пехоту от кавалерии. Русская пехота, построенная в каре, во взаимодействии с артиллерией стойко отражала все атаки.
