В 82 году до н э. Помпей был отправлен с большим войском и 120 кораблями в Сицилию против Перперны, который сразу же оставил остров. В это время был схвачен и казнен Карбон. Помпей окончательно уничтожил сторонников Мария в Сицилии, а затем, переправившись в Африку, пошел против Домиция Агенобарба и в течение 40 дней покончил с ним.
После окончания похода Сулла послал письмо Помпею, в котором потребовал распустить войска и ждать себе преемника. Однако воины, среди которых Помпей пользовался необычайной популярностью, отказались повиноваться приказам из Рима. Чтобы не раздражать войска, Сулле пришлось смириться, и он даже послал приветствие Помпею, именуя его Великим. В 79 году до н э. Помпей первым в римской истории, не будучи в звании сенатора, получил триумф. После смерти Суллы Помпей не стал примыкать ни к одной партии или группировке, а остался простым солдатом, исполняющим волю Рима.
В 77 году до н э. он был отправлен против Лепида на север Италии, где осадил Мутину. Лепид не смог противостоять Помпею и бежал в Сардинию, где и скончался. Однако Помпей не пожелал распускать армию, с которой воевал против Лепида, и стал ожидать полномочий для отправки в Испанию против Сертория и Геренния. Но поскольку Помпей никогда еще не находился ни на одной из гражданских должностей, сенат не решался на это назначение и уступил только вынужденной необходимости.
Получив наместничество в восточной Испании, поскольку в западной Испании в это время стояли войска Метелла, Помпей летом 77 года до н э. перешел Альпы и осенью вышел на левый берег Эбро. Серторий попытался не допустить соединения противников и не пропустить Помпея за Эбро, однако его позиции оказались прорванными, а в сражении при Валенции Геренний был разбит, потеряв более 10 тысяч человек.
В 75 году до н э. Метелл двинулся в восточную Испанию для соединения с Помпеем. И Серторий, и Помпей хотели, чтобы сражение произошло до подхода войск Метелла. Серторию было невыгодно соединение сил противника, а Помпей не желал делить славу победителя с другим полководцем. Их встреча произошла на реке Сукроне, день близился к закату, и сражение началось уже вечером. Исход этой битвы в первый день не был определен, ни одному из полководцев не удалось одержать полной победы. Помпей в ходе сражения получил ранение и чуть не был взят в плен. На следующий день оба полководца снова выстроили войска для продолжения битвы, но в это время к Помпею подошли легионы Метелла, и Серторий приказал своим войскам рассеяться.
В 74–73 годах до н э. борьба на Эбро шла с переменным успехом – легких побед не было. Она закончилась лишь на следующий год со смертью Сертория, которого убили во время пира его же военачальники. Последние отряды серторианцев были распущены Помпеем. Перперна, воевавший на стороне Сертория, был взят в плен, и испанские города стали открывать ворота перед войсками Помпея. Война в Испании не принесла Помпею новой славы, поскольку он играл в ней второстепенную роль, не проявляя прежней решительности и быстроты. Причиной этого было небрежное отношение к нему сената, не посылавшего своевременно в армию денег, боеприпасов и провианта.
После возвращения в Италию Помпей участвовал в заключительном этапе борьбы с восставшими рабами под руководством Спартака. К моменту его прихода основные силы восставших были уже разгромлены Крассом, но слава победителя Спартака досталась Помпею. Затем он соединился с оптиматами, которым обещал в случае достижения консульства провести законы в демократическом духе с целью отмены конституции Суллы. Подойдя с войском к Риму, Помпей потребовал себе консульства и триумфа, а солдатам – предоставления земельных участков. Это позволило ему выиграть выборы. Согласно новым правилам, принятым по предложению Помпея, народные трибуны восстанавливались в своих правах, всадники получали одинаковое с сенаторами право участия в судах, цензорам возвращена была прежняя власть.
Войско было целиком на стороне Помпея, римское население также было благожелательно настроено к нему. Все это заставляло противников молчать. Однако и сам Помпей не решался пойти на крайние шаги и, достигнув ближайшей цели, распустил войско и сложил с себя полномочия консула.
До 67 года до н э. Помпей жил как частный гражданин, но в том году сенат принял два закона, предложенных сторонником Помпея Габинием: первый – об отозвании Лукулла из Азии, где велась война с Митридатом, второй – о назначении главнокомандующего для борьбы на море с пиратами. Последний закон был предложен непосредственно для Помпея.
Согласно этому закону, главнокомандующему в предстоящей войне давалась на три года власть над всем Средиземным морем и его береговой полосой по всей его окружности, а также предоставлялось право пригласить 15 сенаторов в звании преторов и квесторов и право производить неограниченный набор войска. Главнокомандующий мог распоряжаться столичной и провинциальной кассами, единовременно получая 144 миллиона сестерциев.
Несмотря на сильное противодействие со стороны противников Помпея – Пизона, Катулла и других, избрание Помпея было восторженно встречено римским населением. Помпею было даже разрешено увеличить свое вооружение и вместо 15 иметь с собой 24 претора. Весной 67 года до н э. Помпей с сильным войском (120 тысяч пехоты и 5 тысяч всадников) на 500 кораблях вышел в море. Для более успешной борьбы и поиска пиратов Помпей предварительно разделил морскую «территорию» на 13 округов и поручил каждый отдельный округ специальному легату.
На первом этапе Помпей решил очистить от пиратов сицилийские и африканские воды. Это ему удалось сделать за 40 дней. Затем с 60 лучшими кораблями Помпей отправился в сердце пиратов – Киликию, где взял Антикрат. Были уничтожены стоянки и замки пиратов, захвачено около 400 кораблей и истреблено до 10 тысяч человек. Так завершилась война в области восточного бассейна Средиземного моря, и уже летом того же года на Средиземноморье началась мирная жизнь, торговля вновь стала процветать.
Сразу же после окончания войны с пиратами Помпей стал ожидать полномочий для войны с понтийским царем Митридатом VI Евпатором. По предложению одного из главных сторонников Помпея Гая Манилия народное собрание приняло предложение о назначении Помпея наместником Вифинии и Киликии и о возложении на него ведения войны против Тиграна II Армянского и Митридата с сохранением за ним прежних полномочий. Этот закон единодушно был принят всем населением Рима. До этого никогда такая громадная власть не сосредоточивалась в руках одного человека.
До начала военных действий Помпею удалось заключить союз с парфянами. Пойдя им на незначительные уступки, он добился того, что парфяне разорвали союз с Митридатом и Тиграном. Выступив с 50-тысячным войском к Понту, Помпей начал занимать города и стремился сразиться с основными силами Митридата, но тот отходил все дальше на восток, не вступая в сражение. По численности войска Митридата уступали римлянам – у него было всего 30 тысяч пехоты и 2 тысячи конницы, поэтому на сражение Митридат не решался. Все-таки Помпей смог настичь Митридата у Никополя и разгромить. С небольшим отрядом Митридату удалось бежать и добраться до Синории – крепости, где хранились царские сокровища. Он решил просить убежища у Тиграна, но, узнав, что в помощи Тигран ему отказал и даже объявил награду за голову Митридата в 100 талантов, решил бежать к своему сыну на север Понта.
В это же время Помпей занял Армению и продиктовал Тиграну II условия мира, согласно которым к Риму отходили Финикия, Каппадокия, Сирия, Киликия, Софена и Кордуена. К 66 году до н э. почти вся Азия к западу от Евфрата была в руках римлян.
В 65 году до н э. войска Помпея прошли по всему южному Кавказу, усмиряя восстания албанских и иберийских племен. Затем Помпей вернулся в Понт, где взял города, сохранявшие верность Митридату. Однако полной победы Помпей смог добиться лишь в 63 году до н э., когда Митридат умер. Помпею осталось лишь закрепить за собой сделанные завоевания, прежде всего на окраинах, и организовать приобретенные области. В Римской республике появились провинции Вифиния и Понт, Киликия (с Памфилией и Исаврией) и Сирия (с Финикией и Палестиной).