Фон Зект продолжал свою дальнейшую службу на южном участке восточного фронта с группой армий эрцгерцога Иосифа до 1917 года. С 1915 по 1917 годы фон Зект продемонстрировал большие стратегические и политические навыки в той войне. Он хорошо взаимодействовал с австрийцами и болгарами. Он показал хорошее понимание политической ситуации, сообщив в 1915 году, что, как только болгары разгромят сербов, своих традиционных врагов, и захватят их территории, их цели в этой войне будут выполнены. Единственное практическое обоснование наличия болгарских войск на этом ТВД состояло в использовании их на салоникском фронте для сдерживания там значительных сил Антанты.{123}

В письме своему другу Иоахиму фон Винтерфельдту в августе 1916 года фон Зект предсказал, что в России по окончании войны произойдет политический переворот. Он указал, что одной из самых больших проблем России была слабость командного состава среднего уровня.{124} Австрийский князь Виндишгратц написал о Зекте следующие слова: «Он был одним из немногих, действительно разобравшихся в проблемах наших взаимоотношений и понял не только слабости Австрии, но и причины этих слабостей.»{125} Эрц-герцог Иосиф заметил в 1917 году, что «Людендорф видит в Зекте конкурента... на мой взгляд Зект обладает большими военными талантами, чем Людендорф».{126} Фон Зект также поддерживал и свою репутацию превосходного тактика. Когда верховное командование выпустило новые тактические директивы, написанные прежде всего под влиянием опыта, полученного на западном фронте, фон Зект проанализировав их, подкорректировал тактические директивы Людендорфа применительно к условиям, преобладавшим на фронте, где воевал сам Зект.{127}

В декабре 1917 верховное командование назначило фон Зекта в Турции на пост начальника штаба Оттоманской армии, пост, который он занимал до конца войны. Фон Зект, по словам его артиллерийского офицера (позднее генерала Эрнста Кестринга), оказался в ситуации без каких-либо перспектив впереди.{128} Фон Зект приписывал свое назначение ревности к нему со стороны Людендорфа.{129} Однако фон Зект, сделал максимум из возможного, и, используя свои политические и стратегические таланты, развивал тесные рабочие отношения с турецкими генералами, в особенности с военным министром Энвер-Пашой.{130} Многие генералы полагали, что человек со способностями фон Зекта мог бы найти применение на более важном участке фронта, но все назначение в Турцию вероятно лишь укрепило репутацию генерала. Он был непрерывно связан с победами, с 1914 по 1917 год, и в конце войны не имел никакого отношения ни к Людендорфу, ни к его неудачной стратегии.

После перемирия фон Зект оказался очевидным кандидатом на должность начальника Генерального штаба. Однако непосредственно в ходе послевоенного переворота он был назначен в Кенигсберг руководить пограничным командованием «Север». Будучи поставленным во главе этого командования, созданного для реагирования на послевоенное угрозы, фон Зект должен был организовать эвакуацию немецких войск из России, антибольшевистские военные действия балтийских стран и оборону восточных границ от русских и поляков. В период с января по апрель 1919 года фон Зект успешно эвакуировал немецкую армию из России и навел порядок в восточных областях.{131}

С апреля по июнь 1919 года фон Зект был представителем Генерального штаба на Версальской мирной конференции, где неудачно попытался смягчить требования союзников, направленные на фактическое разоружение Германии.{132} После того, как немцы в июне 1919 года приняли условия Версальского соглашения, фон Зект был назначен председателем Комиссии по организации армии мирного времени, которая должна была реорганизовать германскую армию в соответствии с версальскими условиями.

Фон Зект также являлся действующим руководителем Генерального штаба. В ноябре 1919 года он официально распустил Генеральный штаб по приказу командования войск Антанты, заняв должность руководителя его фактического преемника, Войскового управления (Truppenamt).{133} В должности руководителя фон Зект начал программу, направленную на осмысление и переработку основ германской военной доктрины в соответствии с опытом Первой мировой войны и собственными идеями фон Зекта. В марте 1920-го, после неудавшегося капповского путча, был уволен генерал Вальтер Рейнхардт, самый большой противник фон Зекта в политике, тактике и вопросах организации армии, а фон Зект был поставлен во главе армейского командования. На этой должности фон Зект подчинялся только министру обороны и президенту. Таким образом, вплоть до своей отставки в 1926 году, фон Зект мог менять организацию армии и системы ее обучения так, как он этого хотел.

Хотя фон Зект разъяснил многое из своих военных теорий в речах, армейских документах и послевоенных книгах (таких как «Мысли о солдате» и «Рейхсвер»), его основные идеи были ясно сформированы уже в 1919 году. В его докладе перед высшим армейским командованием от 18 февраля фон Зект кардинально порвал с немецкой военной традицией, защищая создание маленькой, элитной, профессиональной армии, основанной на принципах добровольного комплектования, а не всеобщей воинской обязанности.{134} (Важно отметить, что фон Зект был твердо убежден в необходимости создания элитной профессиональной армии и превосходстве способов ведения маневренной войны уже за три месяца до того, как Антанта в Версале обязала немцев иметь профессиональную армию.) Мысли Зекта о войне и организации армии стали базой для военной доктрины Рейхсвера между войнами.

Фон Зект предложил армию в составе 24 дивизий и числящую минимум 200 000 солдат: «Отдавая себе полный отчет в этом, я хотел бы видеть существующую призывную армию замененной на профессиональную, если хотите, разновидность наемной армии.»{135} Доброволец первоначально вербовался бы на двухлетний срок, при этом условия материального вознаграждения, проживания и так далее, должны были быть достаточно благоприятными, чтобы гарантировать соответствующую долю новичков каждый год. Возможность введения воинской повинности рассматривалась бы только в том случае, если бы ощущался недостаток в добровольцах.{136} Добровольческая армия должна была получить лучшие оружие, снаряжение и учебные тренажеры.{137} Для фон Зекта одним из преимуществ высокопрофессиональной и дисциплинированной армии была ее надежность при поддержании внутреннего порядка и власти правительства — важный довод в феврале 1919 года, когда Германия переживала волну коммунистических революций, включая провозглашение в Баварии советского правительства и гражданскую войну на улицах Берлина.

Профессиональная армия была бы дополнена национальной милицией, основанной на обязательном для всех здоровых восемнадцатилетних мужчин прохождении трехмесячной программы военного обучения, с кратковременным дополнительным обучением в течение последующих двух лет. Для офицеров милиции были бы организованы специальные курсы. Милиция прежде всего мыслилась в качестве средства создания военнообученного резерва на случай массовой мобилизации и ее подразделения не планировалось использовать в качестве вооруженной силы кроме как в критическом положении.{138}

Фон Зект был воспитан в традициях Мольтке и Шлиффена, которые утверждали, что войну можно выиграть, только разгромив вражескую армию и что первичными средствами для достижения этой цели являются наступление и маневр. Фон Зект принял основной принцип Мольтке-Шлиффена: «солдат знает только одну цель войны: разгром вражеской армии.»{139} Однако фон Зект порвал с Мольтке и Шлиффеном в вопросе важности массовой армии. Большие кампании Мольтке главной целью имели достижение численного превосходства над противником на поле битвы. Таковое было достигнуто использованием быстрой мобилизации и резервных войск наряду с регулярной полевой армией. Эти факторы на удивление хорошо проявили себя при Кениггреце 1866-го года и во французской кампании в 1870 году. Позже, фон Шлиффен и Генеральный штаб также разработали план, который гарантировал германской армии превосходство в численности при вторжении во Францию, особенно на правом фланге, где немцы ожидали решающие сражения.