В конце августа 1901 г. крейсера «Светлана» и «Варяг» сопровождали императорскую яхту «Штандарт» с Николаем II, приглашенным на маневры германского флота в Данцигской бухте. В маневрах участвовали четырнадцать броненосцев — эскадренных и береговой обороны — не считая крейсеров и миноносцев. Флаг-капитан императора А.Ф. Гейден отметил хорошее состояние кораблей, чёткие организацию, маневрирование и меткую стрельбу германского флота — потенциального противника русских на Балтике. ¹⁰² Зато в следующем году Вильгельм II и его адмиралы — Генрих Прусский и А. Тирпиц, наблюдая маневры на Ревельском рейде, с удовольствием отметили отсутствие у российского флота боевой эскадры. Хотя двум императорам в Ревеле были представлены новейшие броненосцы «Ретвизан» и «Победа», более крупные, чем любой корабль германского флота, было ясно, что они вскоре уйдут на Дальний Восток. Вильгельм II сознательно возбуждал дальневосточные амбиции своего дальнего родственника — российского императора, которого льстиво называл «Адмиралом Тихого океана».

В июне 1902 г. броненосец «Победа» посетил Портсмут, где намечался традиционный парад флота, посвященный коронации английского короля Эдуарда VII. Из визитов иностранных кораблей в Россию наиболее примечательным было посещение в 1901 г. Кронштадта французской эскадрой под командованием адмирала Жерве.

В 1898 г., несмотря на отсутствие плана операций Балтийского флота на случай войны с Германией, было принято решение использовать Либаву в качестве передового пункта базирования новых крупных кораблей флота. В целях повышения боеготовности, по примеру Черноморского флота, зимой эти корабли находились в состоянии вооружённого резерва. 12-часовая готовность к выходу в море обеспечивалась постоянным пребыванием на борту одной трети команды.

Первыми в 1898/1899 гг. зимовали в Либаве броненосцы «Петропавловск», «Адмирал Ушаков» и мореходная лодка «Храбрый». В 1899/1900 гг. там базировались уже четыре броненосца — «Полтава», «Севастополь», «Адмирал Ушаков» и «Адмирал Сенявин». Такая дислокация кораблей в корне изменяла развертывание флота с началом боевых действий. В зимние месяцы обеспечивались как активные операции в южной Балтике, так и усиление эскадр в Средиземном море или в Тихом океане. Подобное было совершенно невозможно при базировании всего флота в замерзаемом на пять месяцев Кронштадте. В то же время корабли в Либаве при внезапном начале войны с Германией могли оказаться в ловушке: порт находился в опасной близости от границы, а отступление на север для соединения с эскадрой из Кронштадта было проблематичным из-за ледостава и превосходства в силах германского флота. Уже в 1900 г. Германия имела в кампании в европейских водах семь броненосцев, в том числе четыре эскадренных и три береговой обороны. Правда, русско-французский союз подавал надежду на частичное сковывание германских морских сил французской Северной эскадрой, которая насчитывала шесть эскадренных броненосцев. Однако в первые годы XX столетия германский флот быстро прогрессировал — в кампании 1904 г. Вильгельм II держал под вымпелами уже девять эскадренных броненосцев, два новых броненосных и шесть бронепалубных крейсеров. Фактическая же боеготовность российского флота на Балтике зимой 1904 г. не позволила даже отправить подкрепления на Дальний Восток.

Боеготовность Черноморского флота в целом была несколько выше, чем Балтийского. Его главные силы проводили зимнее время в вооружённом резерве в Севастополе. Четыре летних месяца четыре эскадренных броненосца с минными крейсерами, канонерскими лодками и миноносцами плавали в составе Практической эскадры. Ежегодно в кампании находились от 7,5 до 9 тыс. офицеров и матросов, около 3 тыс. из которых практиковались в Учебном отряде. Сменивший Н.В. Копылова главный командир Черноморского флота вице-адмирал С. П. Тыртов (1898–1903) не внёс ничего нового в тактическую подготовку эскадры, которая к тому же затруднялась из-за отсутствия быстроходных крейсеров. Эскадренные стрельбы, в том числе боевыми снарядами, выполнялись по береговым укреплениям. Периодически проводились совместные с армией маневры по сценарию Босфорской экспедиции: нападающая сторона при поддержке артиллерии броненосцев высаживала крупные десанты в районе Севастополя.

Своеобразные итоги отработки совместных действий с армией были подведены после сентябрьских маневров 1904 г. под руководством главного командира Черноморского флота вице-адмирала Г.П. Чухнина (1904–1906 гг.). В состав десантной экспедиции входили броненосный (шесть эскадренных броненосцев), крейсерский (два крейсера, мореходная лодка, транспорт, четыре миноносца), минный (два минных крейсера, одиннадцать миноносцев), транспортный (шесть транспортов) флоты и 3172 человека десанта при восьми орудиях из состава Одесского военного округа. Высадка производилась в районе Ялты и показала достаточно высокий уровень организации, достигнутый благодаря прежним маневрам и обеспечивший согласованные действия как армии и флота, так и флотских соединений между собой. На берегу высадкой распоряжался комендант побережья, определявший места высадки людей и вооружения. Перевозочные десантные средства — десантные боты и паровые катера — подчинялись командиру морского батальона. Вместе с тем, в отчёте была отмечена необходимость реорганизации всего «десантного транспортного дела» — устарелость и плохая конструкция ботов и катеров Военного ведомства при хорошей погоде затянули высадку более чем на 12 часов. При противодействии противника это могло привести к «полной неудаче десанта».

Отчёт содержал важный вывод: «В основание десантного дела необходимо положить принцип непрерывной и быстрой высадки». Для его реализации предлагалось построить специальные десантные понтоны, соединяющие транспорты с береговыми причалами, и моторные катера.

Командование Черноморским флотом вице-адмирала Н.И. Скрыдлова (1903–1904) было отмечено эскадренной стрельбой по береговым укреплениям на Тендровской косе. 2 сентября 1903 г. броненосцы «Три Святителя», «Ростислав», «Двенадцать Апостолов» и «Екатерина II» с дистанций от 20 до 9 кб выпустили по макету трёхорудийной батареи 130 чугунных снарядов, из которых попали около 40 %, поразивших брустверы и «болванов» — обозначение прислуги. При этом 8 снарядов разорвались сразу после вылета из стволов «без вреда для орудий» и три были найдены не взорвавшимися. ¹⁰⁵ К этому тревожному факту в Морском министерстве отнеслись формально: решение о замене чугунных снарядов стальными было уже принято, оставалось только осуществить его на практике. Между тем, чугунные снаряды в большом количестве сохранялись в боекомплекте всех броненосцев и крейсеров. Вообще, из опыта ежегодных учебных стрельб Черноморского флота, по Тен-дровским укреплениям были сделаны неверные — слишком оптимистичные выводы об эффективности разрыва снарядов отечественной морской артиллерии. Сами стрельбы, как и стрельбы Учебно-артиллерийского отряда на Балтике, по условиям проведения были далеки от обстановки эскадренного сражения.

В 1898 г., с уходом броненосцев на Дальний Восток, эскадра Средиземного моря была преобразована в Отряд судов, которым командовал один из младших флагманов Балтийского флота. В эскадре состояли эскадренный броненосец «Император Александр II», а позднее — «Император Николай I», по одной балтийской и черноморской мореходной канонерской лодке и минный крейсер. Отряд пользовался гостеприимством дружественной Греции — портом в Пирее и стоянкой в бухте Суда на Крите. В районе Крита обычно проводились и учебные стрельбы.

Отряд судов в Средиземном море, поддерживая там политическое влияние России, приобретал серьёзное военное значение в случае конфликта с Турцией, флот которой находился в упадке. В то же время мощный английский Средиземноморский флот, опираясь на Александрию, Мальту и Гибралтар, при неблагоприятной обстановке мог быстро заблокировать или уничтожить сравнительно малочисленные российские корабли. В 1898–1903 гг. Средиземноморский отряд сохранял роль резерва для быстрого усиления эскадры Тихого океана, а само море служило своеобразной «перевалочной базой» для кораблей, идущих с Балтики на Дальний Восток. Зимой 1899/1900 гг. здесь побывал броненосец «Петропавловск», зимой 1900/1901 гг. — «Севастополь» и «Полтава», в 1901/1902 гг. — «Пересвет», а в 1902/1903 гг. — отряд контр-адмирала Э. А. Штакельберга, включавший «Ретвизан» и «Победу».