Возраставшие потребности эскадры Тихого океана вызвали появление новых учебных подразделений. Так, в 1897 г. крейсер 2-го ранга «Крейсер» под командованием капитана 2-го ранга Г.Ф. Цывинского начальник эскадры назначил для подготовки строевых квартирмейстеров. В декабре 1898 г. во Владивостоке была создана уже постоянная Школа строевых квартирмейстеров с шестимесячным зимним курсом обучения. В 1903 г. по ходатайству контр-адмирал В.К. Витгефта крейсер 1-го ранга «Дмитрий Донской» отправился на Дальний Восток в качестве учебно-артиллерийского корабля.

Достаточно высокий уровень развития системы подготовки нижних чинов позволил в военное время успешно обучить многочисленных новобранцев и направить их на корабли. Дополнительные потребности покрывались призывом 6,6 тыс. запасных матросов и унтер-офицеров, которые на кораблях 2-й эскадры Тихого океана составили от 15 до 18 % общей численности нижних чинов. Опасности войны не вызывали возрастания дезертирства, что свидетельствует о достаточно высоком духе рядового состава флота. Немногочисленными «нетчиками», как и до войны, оказались матросы «дурного поведения», зачастую из разряда штрафованных, то есть бывших под судом. Многие нижние чины проявили себя не только храбрыми воинами, способными к самопожертвованию, но также инициативными исполнителями и руководителями, принимавшими самостоятельные решения. Среди них можно назвать боцманмата с броненосца «Победа» Петра Апалинова, кавалера всех четырёх степеней Знака отличия Военного Ордена, или машинного квартирмейстера 1-й статьи с крейсера «Баян» Василия Бабушкина, участника боёв под Порт-Артуром и Цусимского сражения.

Качество подготовки матросов и унтер-офицеров было достаточно высоким. Но достижение его обеспечивалось экстенсивным путём — за счёт увеличения сроков обучения. Неоправданно много времени тратилось на теоретический курс и строевую подготовку. В практическом обучении комендоров не применялись береговые тренажёры, зато во время практического плавания стремились к освоению всех систем артиллерийского вооружения, количество которых из года в год возрастало. Так, в кампании 1900 г. ученики-комендоры старшего класса проходили 21 урок стрельбы из различных орудий, имевшихся на кораблях Учебно-артиллерийского отряда, в том числе из новейших патронных, а также из совершенно устаревших образца 1867 г. ⁷⁷ К сожалению, руководители учебных отрядов — адмиралы З.П. Рожественский, Д.Г. Фелькерзам, Н.И. Небогатов, П.П. Молас — не смогли оценить значение специализации в обучении артиллеристов. Характерно, что многие выпускники учебных отрядов, успешно освоив весь курс подготовки, при назначении на корабли флота вновь сталкивались с совершенно незнакомыми им новыми артиллерийскими установками.

Комплектование флота кадровыми сверхсрочнослужащими — старшими боцманами и кондукторами — затруднялось отсутствием системы их подготовки и малыми размерами жалования, которое на берегу составляло 45–55 рублей в месяц. К 1904 г. не удалось заполнить даже утвержденные весьма ограниченные корабельные кондукторские штаты (580 человек). На кораблях эскадры Тихого океана служили 96 старших боцманов и кондукторов — несколько более 0,5 % от количества нижних чинов (17528). Только при комплектовании 2-й эскадры Тихого океана на каждый большой броненосец удалось назначить от 12 до 16 кондукторов. Общее их число на кораблях достигло 268 человек, что составило 1,7 % нижних чинов (15187). Среди кондукторов были настоящие мастера своего дела, такие как инструктор Учебно-артиллерийского отряда гальванёр Иван Алференко, первый радиотелеграфист нашего флота — минёр Андрей Безденежных, комендоры Иван Расторгуев и Владимир Пацирев, командовавшие башнями на броненосце «Орел» в Цусимском сражении.

Перспективы развития флота в 1898 г. вызвали увеличение штата Морского кадетского корпуса до 600 воспитанников. Кроме того, было разрешено ежегодно принимать по 50 человек в младший специальный класс из других военных и гражданских учебных заведений — в основном из реальных училищ и гимназий. Ежегодный выпуск с 52 человек (1898 г.) увеличился до 128 (1904 г.) — то есть более, чем в два раза. Всего в 1898–1905 гг. Морской кадетский корпус выпустил во флот 794 мичмана.

Такой количественный рост, однако, не сопровождался соответствующим улучшением обучения и воспитания. Директора корпуса в 1896–1901 гг. контр-адмирала А.Х. Кригера воспитанники видели только на парадах или в театре, заботы его ограничивались улучшением материальной базы. ⁷⁸ Между тем, естественный процесс развития техники приводил к перегрузке учебных программ специальными дисциплинами, а военно-морской подготовке гардемарин уделялось явно недостаточное внимание. Так, курс Морской тактики, изданный для Морского корпуса в 1898 г. лейтенантом Н.А. Кладо, даже не был вынесен на выпускные экзамены. Дисциплина вообще оставляла желать лучшего, а осенью 1898 г. двое воспитанников покончили самоубийством. После А.Х. Кригера несколько месяцев в 1901–1902 гг. Морской корпус возглавлял контр-адмирал A.M. Доможиров, недавний командир крейсера «Россия» и участник войны в Китае, имевший репутацию одного из выдающихся офицеров флота. Скоропостижная смерть помешала ему провести намеченные преобразования. Сменивший A.M. Доможирова контр-адмирал Г.П. Чухнин (1902–1904 гг.) всё своё внимание сосредоточил на дисциплине, лучшим средством укрепления которой он считал различные наказания. Противоположностью педантичному Г.П. Чухнину был контр-адмирал Н.А. Римский-Корсаков (1904–1906 гг.), известный заботливостью и сердечным отношением к воспитанникам. Им обоим не суждено было приблизить подготовку флотских офицеров к реальным потребностям войны на море. И это при наличии сильного состава преподавателей, в числе которых были такие офицеры, как А.Н. Крылов, В.М. Сухомель, А.П. Шершов, Н.О. Эссен, Н.Л. Кладо и другие.

Важным событием в жизни Морского корпуса стало празднование его 200-летнего юбилея, состоявшегося в январе 1901 г. с участием императора, генерал-адмирала и отца Иоанна Кронштадского. Корпус получил новое знамя и особый нагрудный знак. В параде участвовал взвод кадет, одетых в исторические формы одежды. Памятник основателю Навигационной школы — Петру Великому торжественно открыли в Столовом зале, где состоялся бал с участием шести тысяч гостей. Многочисленные питомцы старейшего учебного заведения страны и гардемарины, принимавшие участие в торжествах, всего через три года оказались в водовороте трагических событий, стоивших жизни десяткам морских офицеров. Война, в свою очередь, вызвала патриотический порыв молодежи — в 1905 г. на 40 вакансий младшего специального класса было подано 300 заявлений. Из ста человек прекрасно выдержавших экзамены особым распоряжением в корпус зачислили семьдесят.

В сентябре 1898 г. 100-летний юбилей отмечало и Морское техническое училище императора Николая I, которое в этом месяце было переименовано в Морское инженерное училище с сохранением «императорской принадлежности». Старшим на сравнительно скромных торжествах в Кронштадте оказался вице-адмирал П.П. Тыртов. Штат училища был доведен до 240 воспитанников и впервые предусматривал должности ротных командиров. Училище испытывало постоянные трудности с набором, так как лучшие выпускники-реалисты и гимназисты предпочитали гражданские учебные заведения. Сказывалась известная неопределённость служебного положения инженер-механиков и кораблестроителей во флоте. Ежегодный выпуск специалистов в 1900–1905 гг. вырос с 28 до 42 человек. Новый начальник училища (с 1900 г.) — генерал-майор А.И. Пароменский, ранее бывший инспектором классов, приложил много усилий к пополнению материальной базы и реальному улучшению обучения и воспитания. Особое внимание он уделял становлению немногочисленных преподавателей, среди которых выделялись кораблестроитель Г.Ф. Шлезингер, инженер-механик А.И. Погодин, К.М. Келпш и Г.Н. Пио-Ульский.