Еще до начала кампании Наполеон получил доклад Посселгуэ. Разведчик сообщил о том, что богатство рыцарей, состоявшее из слитков золота, бриллиантов и других ценностей, стоит несколько миллионов. Таким образом, Бонапарт узнал о важном потенциальном источнике финансирования Египетской экспедиции.

«В 1789 году орден извлекал из различных стран христианского мира от 18 до 20 миллионов ренты (в том числе 7 миллионов из Франции), — пишет Наполеон. — В XIV веке он унаследовал владения тамплиеров. После изгнания его с Родоса Карл V уступил ему три острова — Мальту, Комипо и Гоцо. Это было сделано с условием, что он станет защищать берега Испании и Италии от варварийских пиратов. Ему легко было это сделать. Он мог иметь 6 — 7 линейных 74-пушечных кораблей, столько же фрегатов и вдвое больше мелких судов с тем, чтобы одна треть их постоянно крейсировала перед Алжиром, Тунисом и Триполи. Он мог бы положить конец варварийскому разбою, принудив пиратов жить в мире. В этом случае орден заслужил бы благодарность всего христианского мира. Половины его доходов было бы достаточно, чтобы достигнуть этого великого и благодетельного результата. Но рыцари по примеру других монахов присвоили имущество, которое было им предоставлено ради общественного блага и нужд всего христианского мира. Роскошь приоров, бальи, командоров вызывала возмущение всей Европы».

Рыцари купались в роскоши, между тем «пираты безнаказанно нападали на Сицилию, Сардинию и берега Италии». Орден не смог положить конец этому разбою.

Вернувшись из поездки, Поссселгуэ доложил о состоянии укреплений Ла-Валетты: стены в значительной степени обветшали, пушки заржавели и требовали ремонта. Что касается рыцарей, то они не представляли собой силу, способную противостоять многочисленной современной армии: из 327 членов ордена пятьдесят человек были слишком стары для того, чтобы драться, а около 200 были французами, не желавшими воевать с соотечественниками.

Были получены и другие данные разведки, говорившие о том, что гарнизон Мальты состоит из полутора тысяч бойцов («итальянцев, немцев, французов, испанцев, большей частью дезертиров или авантюристов», — заявляет Наполеон). Регулярным войскам помогают ополченцы, но они, как и солдаты гарнизона, вовсе не готовы рисковать своими жизнями ради защиты непопулярных хозяев острова.

«Эти ополченцы, гордые, как и все островитяне, давно уже чувствовали себя оскорбленными наглостью и высокомерием рыцарей-дворян, — продолжает Наполеон. — Они жаловались на то, что являются у себя на родине иностранцами, не допускаемыми к занятию почетных и доходных должностей. У них не было привязанности к ордену. Они видели во французах защитников своих прав. К тому же сама организация ополчения находилась в небрежении, ибо орден давно уже не опасался вторжения турок и, напротив, боялся установления гегемонии коренных жителей. Если фортификационные сооружения и материальные средства обороны были обширны, то моральный фактор сводил их к нулю».

Появление французской армады напугало островитян. «Никогда Мальта не видела столь бесчисленного флота в своих водах, — вспоминал один из свидетелей. — На большом протяжении от берега морс было покрыто кораблями всех размеров, чье мачты напоминали огромный лес».

Гроссмейстер ордена, старый и дряхлый барон Фердинанд фон Гомпеш, решил послать Наполеону письмо с просьбой прояснить намерения французского главнокомандующего. Этот шаг был явно запоздалым: Бонапарт уже высадил солдат на незащищенную часть основного острова.

До этого Наполеон просил разрешения войти в порт с целью набрать свежей воды для участников экспедиции. Получив неудовлетворительный ответ (разрешение войти в порт лишь четырем кораблям), генерал решил действовать по своему усмотрению.

Кто ему противостоял? «Бальи, командоры, сенешали, должностные лица ордена были стариками, не участвовавшими в войнах, холостяками, проведшими жизнь в самом приятном обществе, — говорит Наполеон. — Очутившись на Мальте, как в ссылке, они желали умереть у себя на родине. Их не вдохновлял ни один из мотивов, в силу которых люди пренебрегают большими опасностями. Что может заставить их рисковать жизнью ради сохранения бесплодной скалы посреди моря? Религиозные чувства? Они были малорелигиозны. Сознание собственной полезности? То гордое чувство, которое побуждает человека идти на жертвы, потому что он защищает родину и себе подобных? Они ничего не делали и никому не приносили пользы».

Высадка войск привела к их стычкам с защитниками Мальты и острова Гоцо. Три француза были убиты.

Главнокомандующий не хотел применять силу и проливать кровь. Чтобы достичь соглашения с фон Гомпешом, Бонапарт использовал неожиданный ресурс. Одним из членов экспедиции был видный геолог и минералог Доломье, чьим именем названы доломиты. В юности он стал мальтийским рыцарем, но затем был заключен в тюрьму за убийство на дуэли другого рыцаря. Наполеон пригласил Доломье для беседы и предложил ему стать парламентером. Доломье выразил крайнее нежелание участвовать в опасном деле. Во-первых, у нет не было опыта ведения подобных переговоров. Во-вторых, он знал, что рыцари могут схватить его и отдать под суд, — ведь он не имел нрава появляться на острове: гроссмейстер ордена помиловал его при условии, что он никогда не вернется на Мальту. Наполеон усугублял ситуацию тем, что предложил Посселгуэ присоединиться к Доломье, — увидев первого, рыцари сразу бы поняли, что имели дело со шпионом.

Опасения оказались верными: узнав обоих, фон Гомпеш пришел в замешательство.

Мучительное состояние неопределенности длилось еще сутки. Гомпеш совещался с рыцарями. Одни высказывались за оборону: имея мощные укрепления и запасы продовольствия па три года, крепость мота держаться. Другие не желали воевать с французами.

«Предателей» отправили в тюрьму. Ночью ситуация вышла из-под контроля руководства ордена: группы ополченцев ринулись на улицы города и начали нападать на рыцарей, встречавшихся на их пути. Очевидно, что население ненавидело своих хозяев и в массе своей сделало выбор в пользу французов.

На следующий день фон Гомпеш капитулировал, выторговав себе ежегодную пенсию в размере трехсот тысяч франков, которую должно было выплачивать французское правительство. Акт о капитуляции был подписан на борту флагманского корабля «Ориент» в 2 часа утра 12 июня. Он предусматривал сохранение за рыцарями их имущества на островах Мальта и Гоцо на правах частной собственности.

 «Город Ла-Валетта, основанный в 1566 году, несколько раз осаждался турками, — писал Наполеон. — Он располагает наилучшим портом Средиземного моря, имеет 30 тысяч жителей, красивые дома, прекрасные набережные, великолепные склады для ржи, изящные фонтаны. Укрепления отличаются большой протяженностью, построены из тесаного камня, все склады — вне пределов досягаемости бомб. Различные фортификационные сооружения, батареи и форты многочисленны и нагромождены друг на друга. Генерал Каффарелли сказал в шутку, осматривая их на следующий день после сдачи: "Хорошо, что в них были люди, чтобы открыть нам ворота". Он намекал на множество рвов, эскарпов и контрэскарпов, которые пришлось бы преодолеть, если бы ворота остались запертыми».

Бонапарт перенес свою штаб-квартиру на сушу и быстро провел реформу управления островом. Для этого он создал комиссию из девяти местных нотаблей и французского комиссара. Главными целями работы этого органа стали сбор налогов и решение вопросов снабжения.

Энергия генерала потрясала всех свидетелей его дел: за семь дней он выпустил 168 рапортов, приказов и депеш. Были отменены феодальные привилегии рыцарства, реформированы монастыри, гарантированы равные права всех жителей острова — христиан, евреев и мусульман. Свобода культов предполагала, что и православные, и иудеи могли открывать свои храмы.

Наполеон освободил 2000 турецких и мавританских рабов, закованных в кандалы и томившихся «на отвратительных галерах». Среди них было много египтян.

Этот шаг имел пропагандистское значение: Бонапарт направил послания французским консулам в Алжире, Тунисе и Триполи и посоветовал им рассказать мусульманским беям о покорении Мальты и освобождении рабов. В ответ власти мусульманских стран могли отпустить на свободу христиан, которых истязали на галерах.